# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.598 0.282 0.080 0.029 0.009 0.002 0.001 2 T 0.177 0.360 0.273 0.135 0.042 0.011 0.002 3 Y 0.009 0.026 0.076 0.228 0.455 0.191 0.014 4 K 0.010 0.109 0.288 0.397 0.148 0.047 0.002 5 L 0.002 0.007 0.017 0.051 0.246 0.590 0.087 6 I 0.003 0.019 0.071 0.216 0.300 0.333 0.058 7 L 0.005 0.020 0.057 0.142 0.289 0.399 0.089 8 N 0.028 0.152 0.351 0.319 0.109 0.037 0.004 9 L 0.037 0.083 0.168 0.292 0.296 0.120 0.005 10 K 0.253 0.380 0.197 0.104 0.054 0.011 0.001 11 Q 0.395 0.408 0.124 0.051 0.018 0.004 0.001 12 A 0.117 0.143 0.256 0.289 0.161 0.032 0.002 13 K 0.378 0.305 0.196 0.086 0.029 0.006 0.001 14 E 0.421 0.334 0.150 0.068 0.022 0.005 0.001 15 E 0.371 0.364 0.152 0.080 0.027 0.005 0.001 16 A 0.060 0.135 0.215 0.288 0.214 0.082 0.006 17 I 0.048 0.097 0.177 0.287 0.265 0.117 0.009 18 K 0.183 0.315 0.269 0.152 0.062 0.018 0.001 19 E 0.107 0.249 0.265 0.236 0.109 0.032 0.003 20 A 0.030 0.064 0.126 0.241 0.296 0.221 0.023 21 V 0.040 0.071 0.161 0.293 0.276 0.142 0.017 22 D 0.183 0.359 0.246 0.126 0.058 0.025 0.003 23 A 0.045 0.074 0.143 0.279 0.288 0.154 0.017 24 G 0.272 0.360 0.197 0.105 0.053 0.012 0.001 25 T 0.164 0.340 0.254 0.157 0.064 0.018 0.002 26 A 0.041 0.059 0.112 0.235 0.346 0.182 0.026 27 E 0.102 0.262 0.274 0.220 0.109 0.031 0.002 28 K 0.179 0.341 0.252 0.158 0.053 0.016 0.001 29 Y 0.035 0.100 0.226 0.316 0.234 0.082 0.008 30 F 0.021 0.034 0.055 0.141 0.336 0.356 0.056 31 K 0.062 0.216 0.299 0.253 0.127 0.040 0.003 32 L 0.062 0.201 0.287 0.265 0.137 0.045 0.003 33 I 0.029 0.089 0.187 0.301 0.267 0.121 0.007 34 A 0.042 0.065 0.145 0.265 0.336 0.136 0.010 35 N 0.254 0.386 0.212 0.103 0.034 0.009 0.001 36 A 0.381 0.316 0.180 0.090 0.026 0.006 0.001 37 K 0.309 0.294 0.213 0.138 0.036 0.009 0.001 38 T 0.231 0.298 0.217 0.146 0.076 0.028 0.003 39 V 0.071 0.067 0.126 0.262 0.307 0.146 0.021 40 E 0.137 0.306 0.274 0.170 0.076 0.033 0.004 41 G 0.065 0.102 0.106 0.188 0.271 0.229 0.040 42 V 0.115 0.245 0.215 0.202 0.138 0.074 0.011 43 W 0.034 0.073 0.135 0.207 0.271 0.239 0.041 44 T 0.058 0.135 0.228 0.246 0.197 0.110 0.025 45 Y 0.050 0.076 0.151 0.247 0.262 0.184 0.030 46 K 0.351 0.352 0.161 0.084 0.037 0.013 0.002 47 D 0.337 0.346 0.166 0.094 0.041 0.015 0.002 48 E 0.109 0.252 0.212 0.237 0.129 0.054 0.007 49 I 0.018 0.068 0.170 0.288 0.276 0.164 0.017 50 K 0.016 0.054 0.114 0.222 0.333 0.232 0.028 51 T 0.029 0.114 0.234 0.256 0.226 0.125 0.016 52 F 0.011 0.023 0.045 0.146 0.280 0.418 0.076 53 T 0.046 0.188 0.266 0.255 0.169 0.071 0.005 54 V 0.036 0.068 0.139 0.289 0.272 0.179 0.017 55 T 0.372 0.326 0.167 0.085 0.039 0.010 0.001 56 E 0.580 0.253 0.087 0.055 0.019 0.005 0.001