# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.059 0.011 0.018 0.038 0.059 0.039 0.008 0.768 2 T 0.061 0.013 0.044 0.054 0.123 0.107 0.009 0.589 3 Y 0.037 0.009 0.046 0.332 0.357 0.034 0.003 0.181 4 K 0.016 0.010 0.087 0.280 0.352 0.073 0.002 0.180 5 L 0.009 0.006 0.062 0.426 0.383 0.016 0.001 0.097 6 I 0.002 0.012 0.140 0.258 0.560 0.005 0.001 0.022 7 L 0.006 0.012 0.158 0.347 0.418 0.010 0.001 0.049 8 N 0.004 0.014 0.095 0.228 0.462 0.017 0.002 0.179 9 L 0.016 0.018 0.093 0.147 0.393 0.044 0.005 0.285 10 K 0.017 0.015 0.041 0.061 0.125 0.230 0.009 0.502 11 Q 0.062 0.019 0.020 0.018 0.037 0.250 0.014 0.579 12 A 0.121 0.097 0.042 0.023 0.044 0.132 0.015 0.526 13 K 0.063 0.176 0.028 0.017 0.037 0.149 0.010 0.521 14 E 0.064 0.205 0.019 0.014 0.029 0.080 0.008 0.581 15 E 0.076 0.461 0.028 0.018 0.031 0.084 0.009 0.293 16 A 0.074 0.535 0.024 0.015 0.026 0.055 0.010 0.261 17 I 0.028 0.746 0.032 0.012 0.027 0.016 0.006 0.134 18 K 0.027 0.698 0.028 0.013 0.022 0.032 0.006 0.174 19 E 0.040 0.748 0.022 0.007 0.011 0.023 0.010 0.139 20 A 0.069 0.737 0.047 0.005 0.011 0.006 0.013 0.112 21 V 0.041 0.727 0.074 0.009 0.009 0.034 0.007 0.099 22 D 0.056 0.643 0.026 0.010 0.013 0.050 0.010 0.192 23 A 0.041 0.766 0.035 0.002 0.006 0.010 0.006 0.134 24 G 0.009 0.328 0.004 0.001 0.001 0.338 0.006 0.314 25 T 0.042 0.299 0.001 0.001 0.001 0.510 0.007 0.140 26 A 0.024 0.955 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 27 E 0.006 0.966 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 28 K 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.040 29 Y 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 30 F 0.007 0.969 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 31 K 0.013 0.916 0.015 0.003 0.002 0.003 0.006 0.041 32 L 0.012 0.954 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.019 33 I 0.019 0.946 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.020 34 A 0.019 0.934 0.016 0.002 0.004 0.002 0.007 0.017 35 N 0.062 0.744 0.032 0.017 0.020 0.009 0.038 0.078 36 A 0.218 0.411 0.028 0.020 0.016 0.022 0.065 0.218 37 K 0.154 0.169 0.062 0.026 0.020 0.100 0.124 0.346 38 T 0.430 0.027 0.065 0.015 0.015 0.070 0.109 0.269 39 V 0.076 0.022 0.437 0.115 0.063 0.085 0.007 0.196 40 E 0.011 0.009 0.135 0.111 0.131 0.139 0.003 0.461 41 G 0.024 0.006 0.133 0.092 0.269 0.032 0.003 0.440 42 V 0.063 0.010 0.316 0.115 0.173 0.146 0.006 0.170 43 W 0.014 0.004 0.142 0.298 0.193 0.032 0.002 0.315 44 T 0.007 0.006 0.132 0.228 0.360 0.082 0.002 0.183 45 Y 0.009 0.005 0.044 0.252 0.363 0.065 0.002 0.260 46 K 0.011 0.008 0.027 0.078 0.161 0.160 0.005 0.550 47 D 0.049 0.010 0.010 0.044 0.059 0.209 0.012 0.607 48 E 0.310 0.032 0.015 0.055 0.072 0.153 0.039 0.325 49 I 0.123 0.081 0.023 0.072 0.097 0.295 0.022 0.286 50 K 0.098 0.051 0.036 0.206 0.346 0.068 0.013 0.181 51 T 0.044 0.028 0.054 0.082 0.187 0.032 0.006 0.567 52 F 0.022 0.015 0.071 0.271 0.326 0.030 0.005 0.261 53 T 0.051 0.009 0.067 0.180 0.250 0.068 0.005 0.370 54 V 0.010 0.007 0.085 0.170 0.243 0.034 0.002 0.451 55 T 0.011 0.007 0.094 0.207 0.328 0.133 0.003 0.216 56 E 0.018 0.005 0.031 0.048 0.074 0.098 0.002 0.724