# TARGET T0498 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.156 0.405 0.184 0.083 0.117 0.018 0.015 0.004 0.014 0.003 0.001 2 T 0.119 0.585 0.178 0.031 0.062 0.014 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 3 Y 0.074 0.688 0.117 0.015 0.083 0.008 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 4 K 0.071 0.672 0.174 0.003 0.025 0.028 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 5 L 0.171 0.480 0.295 0.002 0.007 0.037 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 6 I 0.208 0.660 0.046 0.023 0.019 0.018 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 7 L 0.190 0.504 0.216 0.015 0.046 0.017 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 8 N 0.140 0.178 0.190 0.084 0.056 0.150 0.065 0.004 0.130 0.003 0.001 9 L 0.684 0.040 0.083 0.122 0.010 0.025 0.019 0.005 0.010 0.002 0.001 10 K 0.880 0.015 0.028 0.067 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.679 0.022 0.039 0.218 0.011 0.008 0.013 0.003 0.006 0.001 0.001 12 A 0.551 0.053 0.187 0.133 0.015 0.020 0.023 0.005 0.010 0.003 0.001 13 K 0.553 0.091 0.126 0.151 0.023 0.018 0.016 0.003 0.013 0.005 0.001 14 E 0.672 0.063 0.111 0.075 0.023 0.012 0.019 0.012 0.005 0.008 0.001 15 E 0.660 0.088 0.140 0.060 0.021 0.013 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 16 A 0.673 0.064 0.158 0.048 0.026 0.013 0.005 0.003 0.006 0.004 0.001 17 I 0.875 0.039 0.030 0.032 0.006 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 K 0.926 0.021 0.012 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.858 0.055 0.050 0.013 0.014 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 20 L 0.909 0.019 0.025 0.031 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 V 0.724 0.125 0.058 0.047 0.011 0.017 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 22 D 0.521 0.058 0.086 0.161 0.010 0.084 0.009 0.001 0.066 0.004 0.001 23 A 0.872 0.011 0.022 0.081 0.004 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 24 G 0.913 0.003 0.010 0.043 0.004 0.003 0.008 0.010 0.001 0.005 0.001 25 T 0.883 0.008 0.013 0.073 0.006 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.922 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.828 0.012 0.052 0.093 0.003 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 35 N 0.369 0.021 0.129 0.295 0.015 0.080 0.053 0.008 0.024 0.005 0.001 36 A 0.690 0.021 0.067 0.163 0.008 0.014 0.023 0.006 0.007 0.002 0.001 37 K 0.345 0.022 0.063 0.485 0.009 0.009 0.050 0.011 0.004 0.002 0.001 38 T 0.231 0.050 0.123 0.339 0.043 0.019 0.134 0.040 0.013 0.007 0.001 39 V 0.050 0.432 0.342 0.019 0.023 0.059 0.007 0.001 0.066 0.001 0.001 40 E 0.141 0.109 0.536 0.136 0.007 0.042 0.014 0.001 0.011 0.002 0.001 41 G 0.031 0.046 0.051 0.024 0.404 0.002 0.044 0.263 0.002 0.133 0.001 42 V 0.049 0.701 0.153 0.018 0.050 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 43 W 0.030 0.515 0.314 0.012 0.043 0.051 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 44 T 0.042 0.622 0.183 0.021 0.077 0.031 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 45 L 0.181 0.345 0.247 0.051 0.048 0.066 0.009 0.002 0.049 0.002 0.001 46 K 0.562 0.094 0.158 0.069 0.030 0.026 0.025 0.005 0.017 0.015 0.001 47 D 0.413 0.051 0.087 0.196 0.036 0.026 0.161 0.013 0.013 0.002 0.001 48 E 0.290 0.142 0.166 0.261 0.050 0.027 0.034 0.012 0.014 0.003 0.001 49 I 0.066 0.539 0.229 0.077 0.051 0.017 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 50 K 0.055 0.498 0.249 0.029 0.064 0.043 0.020 0.001 0.037 0.003 0.001 51 T 0.031 0.685 0.165 0.028 0.064 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 52 F 0.017 0.621 0.117 0.019 0.160 0.019 0.007 0.001 0.038 0.001 0.001 53 T 0.009 0.574 0.344 0.003 0.036 0.023 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 54 V 0.021 0.717 0.158 0.010 0.025 0.034 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 55 T 0.041 0.565 0.260 0.022 0.060 0.028 0.003 0.001 0.018 0.002 0.001 56 E 0.116 0.385 0.237 0.030 0.135 0.030 0.019 0.006 0.030 0.012 0.001