# TARGET T0498 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.129 0.198 0.109 0.020 0.301 0.009 0.017 0.049 0.034 0.092 0.042 2 T 0.226 0.157 0.051 0.013 0.295 0.008 0.017 0.059 0.033 0.060 0.081 3 Y 0.144 0.252 0.067 0.019 0.380 0.012 0.013 0.047 0.014 0.024 0.029 4 K 0.148 0.179 0.015 0.002 0.611 0.003 0.006 0.022 0.004 0.002 0.009 5 L 0.378 0.026 0.001 0.001 0.564 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.013 6 I 0.243 0.060 0.006 0.007 0.543 0.022 0.025 0.053 0.007 0.005 0.028 7 L 0.324 0.085 0.013 0.009 0.370 0.018 0.027 0.057 0.013 0.017 0.068 8 N 0.157 0.089 0.037 0.068 0.152 0.039 0.041 0.055 0.041 0.160 0.162 9 L 0.105 0.142 0.111 0.110 0.129 0.036 0.026 0.063 0.073 0.121 0.084 10 K 0.068 0.146 0.081 0.046 0.119 0.049 0.095 0.185 0.141 0.047 0.022 11 Q 0.174 0.101 0.045 0.030 0.164 0.030 0.055 0.092 0.082 0.152 0.075 12 A 0.159 0.126 0.047 0.034 0.194 0.028 0.020 0.099 0.079 0.128 0.085 13 K 0.057 0.070 0.045 0.056 0.078 0.090 0.128 0.271 0.093 0.086 0.025 14 E 0.078 0.106 0.079 0.066 0.156 0.019 0.020 0.181 0.087 0.157 0.051 15 E 0.251 0.107 0.017 0.008 0.311 0.008 0.019 0.168 0.040 0.023 0.047 16 A 0.106 0.138 0.042 0.030 0.232 0.045 0.044 0.261 0.035 0.039 0.028 17 I 0.325 0.042 0.008 0.005 0.291 0.003 0.011 0.170 0.028 0.024 0.093 18 K 0.064 0.117 0.029 0.053 0.112 0.089 0.074 0.369 0.071 0.013 0.009 19 E 0.043 0.090 0.045 0.014 0.139 0.009 0.021 0.453 0.096 0.048 0.042 20 L 0.120 0.042 0.008 0.005 0.096 0.012 0.036 0.488 0.092 0.039 0.061 21 V 0.021 0.118 0.080 0.044 0.077 0.075 0.079 0.336 0.067 0.082 0.023 22 D 0.277 0.206 0.077 0.006 0.230 0.002 0.002 0.063 0.016 0.026 0.096 23 A 0.002 0.016 0.005 0.006 0.007 0.014 0.009 0.580 0.313 0.046 0.003 24 G 0.002 0.016 0.006 0.005 0.004 0.012 0.073 0.771 0.078 0.028 0.004 25 T 0.002 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.006 0.668 0.132 0.168 0.006 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.882 0.106 0.008 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.053 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.961 0.029 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.041 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.964 0.024 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.940 0.043 0.004 0.001 34 A 0.002 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.878 0.076 0.013 0.001 35 N 0.002 0.006 0.010 0.010 0.001 0.022 0.059 0.692 0.166 0.030 0.002 36 A 0.001 0.014 0.018 0.007 0.003 0.021 0.245 0.593 0.092 0.006 0.001 37 K 0.007 0.686 0.231 0.010 0.044 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 38 T 0.095 0.022 0.015 0.054 0.039 0.027 0.016 0.012 0.014 0.272 0.434 39 V 0.072 0.281 0.071 0.064 0.196 0.165 0.055 0.029 0.017 0.026 0.023 40 E 0.059 0.036 0.012 0.209 0.056 0.178 0.178 0.018 0.029 0.107 0.118 41 G 0.063 0.049 0.146 0.304 0.066 0.045 0.027 0.034 0.048 0.145 0.072 42 V 0.107 0.305 0.057 0.013 0.342 0.007 0.028 0.053 0.044 0.025 0.018 43 W 0.324 0.048 0.020 0.014 0.321 0.013 0.021 0.010 0.008 0.053 0.168 44 T 0.034 0.410 0.307 0.034 0.163 0.004 0.005 0.008 0.005 0.021 0.010 45 L 0.095 0.274 0.105 0.024 0.132 0.010 0.013 0.149 0.083 0.071 0.043 46 K 0.022 0.044 0.018 0.015 0.033 0.050 0.096 0.457 0.218 0.027 0.019 47 D 0.025 0.040 0.024 0.014 0.052 0.014 0.041 0.446 0.248 0.072 0.023 48 E 0.044 0.025 0.009 0.007 0.041 0.012 0.064 0.397 0.247 0.130 0.024 49 I 0.073 0.139 0.052 0.025 0.119 0.022 0.050 0.158 0.149 0.166 0.047 50 K 0.076 0.159 0.048 0.024 0.167 0.029 0.063 0.135 0.126 0.121 0.051 51 T 0.213 0.106 0.037 0.014 0.260 0.010 0.031 0.054 0.061 0.127 0.088 52 F 0.169 0.217 0.045 0.016 0.400 0.011 0.020 0.028 0.021 0.032 0.040 53 T 0.165 0.186 0.059 0.014 0.421 0.010 0.014 0.031 0.019 0.033 0.047 54 V 0.216 0.106 0.053 0.036 0.256 0.033 0.034 0.074 0.051 0.053 0.087 55 T 0.082 0.178 0.128 0.048 0.222 0.033 0.042 0.090 0.056 0.078 0.044 56 E 0.133 0.147 0.099 0.031 0.201 0.024 0.031 0.113 0.079 0.078 0.063