# TARGET T0498 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.179 0.195 0.062 0.008 0.385 0.007 0.022 0.031 0.030 0.045 0.036 2 T 0.291 0.110 0.019 0.006 0.424 0.011 0.026 0.019 0.012 0.026 0.055 3 Y 0.280 0.118 0.014 0.005 0.536 0.003 0.004 0.003 0.002 0.006 0.029 4 K 0.211 0.080 0.006 0.002 0.677 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.012 5 L 0.258 0.061 0.003 0.001 0.664 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 6 I 0.335 0.043 0.003 0.002 0.545 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.058 7 L 0.186 0.175 0.039 0.031 0.366 0.051 0.035 0.028 0.007 0.024 0.059 8 N 0.242 0.105 0.042 0.013 0.269 0.005 0.012 0.011 0.008 0.110 0.181 9 L 0.089 0.146 0.081 0.045 0.162 0.021 0.014 0.109 0.134 0.133 0.067 10 K 0.017 0.067 0.028 0.012 0.055 0.035 0.086 0.426 0.213 0.049 0.011 11 Q 0.073 0.114 0.043 0.008 0.099 0.009 0.040 0.283 0.113 0.171 0.046 12 A 0.074 0.093 0.045 0.016 0.092 0.016 0.025 0.382 0.097 0.105 0.053 13 K 0.015 0.118 0.080 0.034 0.038 0.041 0.039 0.488 0.094 0.043 0.011 14 E 0.013 0.027 0.015 0.013 0.024 0.012 0.020 0.696 0.115 0.050 0.015 15 E 0.017 0.034 0.018 0.005 0.037 0.007 0.029 0.755 0.067 0.023 0.008 16 A 0.011 0.011 0.004 0.002 0.012 0.003 0.010 0.843 0.063 0.036 0.005 17 I 0.014 0.011 0.003 0.002 0.020 0.003 0.007 0.816 0.099 0.019 0.006 18 K 0.006 0.006 0.002 0.003 0.010 0.012 0.041 0.798 0.107 0.011 0.003 19 E 0.010 0.018 0.008 0.006 0.029 0.008 0.061 0.756 0.080 0.021 0.003 20 L 0.019 0.016 0.004 0.002 0.035 0.007 0.046 0.745 0.088 0.031 0.008 21 V 0.039 0.071 0.012 0.006 0.057 0.014 0.048 0.541 0.097 0.080 0.033 22 D 0.104 0.104 0.030 0.007 0.127 0.006 0.018 0.304 0.072 0.146 0.082 23 A 0.008 0.041 0.016 0.003 0.021 0.006 0.012 0.625 0.231 0.034 0.005 24 G 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.009 0.038 0.784 0.136 0.017 0.003 25 T 0.002 0.009 0.005 0.002 0.003 0.001 0.012 0.786 0.105 0.071 0.002 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.095 0.011 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.030 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.014 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.021 0.005 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.047 0.005 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.039 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.968 0.014 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.908 0.050 0.018 0.001 34 A 0.005 0.014 0.003 0.001 0.006 0.005 0.029 0.860 0.063 0.012 0.002 35 N 0.009 0.042 0.030 0.010 0.013 0.010 0.029 0.490 0.178 0.171 0.017 36 A 0.010 0.253 0.099 0.024 0.078 0.024 0.078 0.303 0.095 0.032 0.005 37 K 0.052 0.123 0.037 0.014 0.057 0.008 0.028 0.115 0.127 0.315 0.123 38 T 0.090 0.086 0.057 0.039 0.105 0.038 0.074 0.112 0.076 0.240 0.083 39 V 0.216 0.149 0.058 0.025 0.280 0.023 0.019 0.060 0.036 0.058 0.075 40 E 0.029 0.071 0.072 0.211 0.040 0.095 0.172 0.119 0.078 0.085 0.028 41 G 0.057 0.122 0.148 0.202 0.096 0.059 0.012 0.046 0.045 0.165 0.050 42 V 0.154 0.167 0.031 0.005 0.423 0.007 0.024 0.068 0.052 0.034 0.034 43 W 0.216 0.184 0.046 0.006 0.346 0.008 0.014 0.047 0.021 0.031 0.081 44 T 0.125 0.351 0.139 0.011 0.265 0.005 0.009 0.032 0.012 0.024 0.027 45 L 0.114 0.118 0.048 0.024 0.127 0.016 0.014 0.196 0.183 0.113 0.047 46 K 0.020 0.124 0.070 0.040 0.046 0.046 0.047 0.345 0.209 0.042 0.012 47 D 0.048 0.037 0.013 0.007 0.058 0.006 0.034 0.384 0.243 0.138 0.031 48 E 0.084 0.087 0.018 0.005 0.151 0.011 0.044 0.241 0.184 0.145 0.031 49 I 0.177 0.162 0.034 0.006 0.310 0.009 0.020 0.081 0.067 0.083 0.050 50 K 0.156 0.128 0.049 0.016 0.265 0.027 0.057 0.104 0.051 0.078 0.069 51 T 0.226 0.150 0.041 0.010 0.326 0.006 0.017 0.023 0.025 0.084 0.092 52 F 0.130 0.280 0.058 0.009 0.384 0.008 0.010 0.025 0.025 0.032 0.039 53 T 0.125 0.312 0.060 0.002 0.446 0.001 0.004 0.012 0.008 0.012 0.019 54 V 0.349 0.086 0.017 0.006 0.306 0.009 0.024 0.035 0.025 0.033 0.110 55 T 0.058 0.248 0.190 0.077 0.165 0.052 0.050 0.061 0.046 0.034 0.020 56 E 0.120 0.166 0.083 0.024 0.193 0.017 0.033 0.166 0.090 0.058 0.049