# TARGET T0498 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 T 0.382 0.020 0.001 0.011 0.012 0.006 0.568 3 Y 0.740 0.013 0.002 0.012 0.019 0.005 0.210 4 K 0.896 0.002 0.002 0.013 0.015 0.003 0.068 5 L 0.946 0.002 0.002 0.011 0.005 0.002 0.032 6 I 0.949 0.002 0.002 0.009 0.004 0.006 0.029 7 L 0.862 0.006 0.005 0.016 0.021 0.018 0.072 8 N 0.592 0.005 0.011 0.023 0.120 0.078 0.171 9 L 0.196 0.009 0.032 0.029 0.257 0.191 0.286 10 K 0.193 0.028 0.051 0.037 0.234 0.255 0.202 11 Q 0.269 0.039 0.043 0.029 0.166 0.196 0.258 12 A 0.338 0.018 0.039 0.065 0.126 0.127 0.286 13 K 0.306 0.011 0.019 0.128 0.133 0.142 0.261 14 E 0.463 0.007 0.016 0.109 0.149 0.088 0.168 15 E 0.674 0.030 0.010 0.070 0.047 0.031 0.139 16 A 0.720 0.022 0.009 0.053 0.024 0.019 0.154 17 I 0.671 0.009 0.016 0.097 0.049 0.033 0.125 18 K 0.544 0.006 0.022 0.142 0.095 0.037 0.154 19 E 0.485 0.007 0.039 0.217 0.073 0.077 0.102 20 L 0.389 0.022 0.019 0.246 0.088 0.058 0.179 21 V 0.340 0.053 0.017 0.201 0.098 0.054 0.237 22 D 0.096 0.009 0.011 0.185 0.100 0.067 0.531 23 A 0.004 0.002 0.030 0.816 0.035 0.071 0.042 24 G 0.001 0.001 0.012 0.936 0.016 0.028 0.006 25 T 0.001 0.001 0.013 0.941 0.006 0.032 0.006 26 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.013 0.004 27 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 31 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 32 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.014 0.001 33 I 0.001 0.001 0.003 0.941 0.001 0.052 0.001 34 A 0.001 0.003 0.003 0.885 0.016 0.078 0.013 35 N 0.006 0.005 0.018 0.644 0.040 0.168 0.119 36 A 0.013 0.005 0.043 0.302 0.167 0.326 0.144 37 K 0.012 0.005 0.025 0.087 0.192 0.615 0.064 38 T 0.020 0.007 0.013 0.016 0.231 0.459 0.255 39 V 0.163 0.039 0.006 0.006 0.114 0.051 0.621 40 E 0.316 0.024 0.009 0.006 0.189 0.095 0.360 41 G 0.440 0.011 0.012 0.007 0.250 0.066 0.215 42 V 0.725 0.017 0.006 0.006 0.045 0.012 0.189 43 W 0.847 0.025 0.002 0.003 0.018 0.004 0.101 44 T 0.743 0.011 0.003 0.003 0.033 0.006 0.199 45 L 0.622 0.049 0.018 0.019 0.084 0.024 0.184 46 K 0.267 0.011 0.059 0.032 0.166 0.078 0.388 47 D 0.098 0.004 0.173 0.057 0.225 0.325 0.117 48 E 0.199 0.026 0.117 0.071 0.133 0.337 0.116 49 I 0.430 0.011 0.030 0.022 0.148 0.115 0.245 50 K 0.559 0.006 0.012 0.013 0.139 0.048 0.224 51 T 0.696 0.014 0.006 0.006 0.040 0.016 0.223 52 F 0.858 0.008 0.005 0.005 0.026 0.014 0.085 53 T 0.891 0.005 0.001 0.003 0.018 0.003 0.080 54 V 0.692 0.011 0.002 0.005 0.033 0.006 0.251 55 T 0.419 0.015 0.001 0.005 0.007 0.012 0.540 56 E 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.985