# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.071 0.049 0.198 0.167 0.103 0.003 0.077 0.018 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.074 0.012 0.054 0.045 0.041 0.069 0.003 2 T 0.067 0.113 0.073 0.118 0.328 0.002 0.058 0.010 0.001 0.001 0.008 0.008 0.021 0.012 0.031 0.036 0.045 0.023 0.018 0.021 0.008 3 Y 0.189 0.263 0.072 0.053 0.131 0.001 0.021 0.017 0.001 0.001 0.011 0.011 0.025 0.026 0.076 0.036 0.012 0.014 0.015 0.009 0.016 4 K 0.281 0.235 0.057 0.049 0.084 0.001 0.004 0.016 0.002 0.001 0.019 0.021 0.059 0.062 0.069 0.010 0.004 0.003 0.003 0.002 0.018 5 L 0.284 0.335 0.014 0.026 0.104 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.019 0.015 0.054 0.077 0.015 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 6 I 0.188 0.279 0.027 0.060 0.062 0.001 0.003 0.015 0.004 0.001 0.016 0.019 0.052 0.086 0.139 0.016 0.003 0.003 0.005 0.001 0.020 7 L 0.183 0.202 0.039 0.069 0.057 0.003 0.009 0.012 0.018 0.001 0.036 0.036 0.100 0.128 0.053 0.021 0.008 0.003 0.004 0.008 0.011 8 N 0.203 0.178 0.026 0.038 0.215 0.004 0.035 0.019 0.007 0.002 0.008 0.010 0.025 0.049 0.044 0.042 0.015 0.030 0.020 0.026 0.006 9 L 0.051 0.083 0.049 0.068 0.134 0.005 0.035 0.038 0.006 0.004 0.007 0.007 0.016 0.015 0.156 0.034 0.138 0.052 0.048 0.050 0.004 10 K 0.026 0.032 0.143 0.077 0.075 0.012 0.117 0.081 0.003 0.003 0.004 0.003 0.008 0.004 0.087 0.019 0.156 0.031 0.040 0.080 0.001 11 Q 0.018 0.024 0.032 0.040 0.154 0.013 0.258 0.089 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.026 0.013 0.095 0.092 0.063 0.064 0.001 12 A 0.013 0.012 0.063 0.073 0.083 0.007 0.082 0.118 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.039 0.013 0.161 0.071 0.084 0.165 0.001 13 K 0.009 0.011 0.044 0.060 0.094 0.005 0.065 0.180 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.013 0.261 0.042 0.069 0.116 0.001 14 E 0.017 0.019 0.029 0.038 0.098 0.010 0.109 0.373 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.018 0.010 0.158 0.039 0.034 0.031 0.001 15 E 0.009 0.009 0.034 0.040 0.029 0.023 0.107 0.547 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.026 0.003 0.094 0.022 0.019 0.024 0.001 16 A 0.011 0.013 0.018 0.031 0.081 0.013 0.138 0.426 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.011 0.014 0.106 0.052 0.038 0.027 0.001 17 I 0.019 0.019 0.040 0.043 0.054 0.009 0.067 0.349 0.024 0.006 0.003 0.002 0.006 0.007 0.050 0.017 0.105 0.065 0.072 0.042 0.001 18 K 0.023 0.020 0.034 0.037 0.053 0.011 0.090 0.341 0.009 0.003 0.002 0.002 0.005 0.005 0.031 0.009 0.213 0.021 0.032 0.056 0.001 19 E 0.014 0.016 0.015 0.019 0.051 0.036 0.201 0.329 0.008 0.002 0.003 0.002 0.007 0.008 0.025 0.012 0.129 0.069 0.027 0.027 0.001 20 L 0.007 0.009 0.018 0.018 0.030 0.012 0.098 0.370 0.011 0.002 0.004 0.002 0.006 0.016 0.030 0.034 0.139 0.074 0.090 0.031 0.001 21 V 0.007 0.010 0.056 0.017 0.046 0.008 0.037 0.424 0.010 0.001 0.003 0.002 0.008 0.012 0.077 0.020 0.110 0.045 0.050 0.054 0.001 22 D 0.007 0.007 0.014 0.014 0.037 0.008 0.035 0.463 0.027 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.016 0.017 0.080 0.031 0.099 0.129 0.001 23 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.002 0.022 0.294 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.003 0.613 0.006 0.006 0.011 0.001 24 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.114 0.788 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.051 0.011 0.007 0.008 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.025 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.022 0.011 0.009 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.854 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.003 0.002 0.003 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 31 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 32 L 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.038 0.854 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.007 0.004 0.002 0.001 33 I 0.003 0.004 0.004 0.007 0.009 0.019 0.112 0.642 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.089 0.031 0.028 0.008 0.001 34 A 0.005 0.007 0.018 0.016 0.022 0.019 0.145 0.301 0.073 0.019 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.008 0.179 0.063 0.052 0.048 0.001 35 N 0.011 0.010 0.023 0.023 0.056 0.010 0.146 0.072 0.061 0.020 0.002 0.001 0.003 0.004 0.011 0.013 0.158 0.089 0.124 0.161 0.002 36 A 0.003 0.003 0.022 0.028 0.034 0.006 0.135 0.015 0.013 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.012 0.343 0.064 0.092 0.194 0.001 37 K 0.002 0.004 0.018 0.014 0.038 0.006 0.423 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.013 0.019 0.178 0.089 0.063 0.108 0.001 38 T 0.006 0.008 0.075 0.036 0.061 0.003 0.080 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.030 0.043 0.066 0.192 0.186 0.184 0.004 39 V 0.012 0.014 0.076 0.044 0.190 0.002 0.021 0.010 0.003 0.001 0.005 0.005 0.008 0.013 0.038 0.063 0.083 0.044 0.153 0.213 0.005 40 E 0.014 0.020 0.104 0.085 0.122 0.003 0.064 0.010 0.002 0.001 0.008 0.012 0.026 0.022 0.136 0.038 0.193 0.018 0.038 0.079 0.007 41 G 0.045 0.063 0.078 0.052 0.148 0.004 0.195 0.018 0.002 0.001 0.020 0.019 0.042 0.034 0.076 0.048 0.032 0.043 0.030 0.041 0.009 42 V 0.068 0.066 0.106 0.088 0.178 0.003 0.037 0.023 0.002 0.001 0.018 0.020 0.040 0.037 0.100 0.050 0.049 0.037 0.041 0.029 0.008 43 W 0.070 0.090 0.150 0.080 0.202 0.004 0.038 0.025 0.002 0.001 0.015 0.018 0.034 0.030 0.086 0.047 0.028 0.024 0.023 0.028 0.006 44 T 0.083 0.094 0.079 0.076 0.204 0.005 0.039 0.029 0.005 0.001 0.015 0.020 0.043 0.029 0.079 0.033 0.029 0.025 0.039 0.065 0.007 45 L 0.069 0.065 0.066 0.137 0.212 0.002 0.016 0.036 0.002 0.001 0.006 0.008 0.019 0.009 0.049 0.027 0.125 0.017 0.045 0.083 0.004 46 K 0.057 0.056 0.057 0.088 0.144 0.006 0.054 0.109 0.002 0.002 0.003 0.004 0.007 0.006 0.057 0.016 0.179 0.031 0.049 0.071 0.002 47 D 0.041 0.037 0.033 0.047 0.097 0.022 0.216 0.185 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 0.032 0.007 0.164 0.030 0.034 0.032 0.001 48 E 0.024 0.031 0.059 0.078 0.063 0.016 0.247 0.144 0.003 0.005 0.003 0.002 0.006 0.004 0.026 0.010 0.121 0.072 0.047 0.036 0.002 49 I 0.045 0.044 0.046 0.042 0.153 0.009 0.193 0.086 0.006 0.004 0.005 0.004 0.008 0.006 0.025 0.019 0.130 0.049 0.070 0.053 0.003 50 K 0.039 0.050 0.145 0.139 0.080 0.008 0.106 0.044 0.012 0.004 0.006 0.005 0.015 0.011 0.061 0.019 0.103 0.040 0.039 0.065 0.008 51 T 0.041 0.070 0.028 0.036 0.289 0.006 0.137 0.026 0.007 0.002 0.012 0.010 0.026 0.018 0.025 0.066 0.069 0.039 0.042 0.039 0.013 52 F 0.059 0.070 0.154 0.113 0.066 0.005 0.028 0.024 0.006 0.001 0.012 0.012 0.033 0.040 0.148 0.028 0.031 0.044 0.052 0.055 0.018 53 T 0.053 0.056 0.030 0.045 0.354 0.003 0.014 0.018 0.004 0.001 0.014 0.014 0.027 0.051 0.026 0.123 0.024 0.032 0.063 0.039 0.009 54 V 0.034 0.046 0.120 0.102 0.086 0.003 0.014 0.014 0.003 0.001 0.009 0.011 0.024 0.040 0.266 0.039 0.045 0.027 0.048 0.060 0.008 55 T 0.037 0.043 0.049 0.062 0.201 0.004 0.040 0.023 0.004 0.001 0.009 0.010 0.020 0.021 0.057 0.066 0.065 0.034 0.088 0.162 0.005 56 E 0.017 0.017 0.063 0.100 0.088 0.003 0.038 0.023 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.008 0.082 0.029 0.313 0.032 0.061 0.106 0.002