# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.037 0.008 0.402 0.029 0.006 0.003 0.006 0.001 0.024 0.114 0.027 0.265 0.077 2 T 0.086 0.005 0.226 0.024 0.006 0.002 0.017 0.002 0.058 0.047 0.016 0.083 0.427 3 Y 0.300 0.004 0.063 0.047 0.004 0.002 0.041 0.012 0.058 0.022 0.005 0.198 0.243 4 K 0.481 0.001 0.013 0.032 0.002 0.001 0.078 0.033 0.037 0.004 0.001 0.207 0.112 5 L 0.569 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.142 0.060 0.029 0.001 0.001 0.068 0.121 6 I 0.642 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.121 0.080 0.036 0.001 0.001 0.040 0.060 7 L 0.583 0.002 0.014 0.027 0.001 0.003 0.069 0.034 0.029 0.004 0.003 0.166 0.064 8 N 0.256 0.005 0.123 0.016 0.005 0.013 0.031 0.010 0.068 0.033 0.038 0.072 0.330 9 L 0.081 0.009 0.247 0.036 0.018 0.050 0.009 0.005 0.029 0.142 0.154 0.098 0.123 10 K 0.042 0.013 0.163 0.038 0.044 0.122 0.003 0.001 0.012 0.179 0.204 0.099 0.079 11 Q 0.035 0.021 0.181 0.007 0.078 0.116 0.003 0.001 0.007 0.142 0.164 0.060 0.185 12 A 0.019 0.017 0.260 0.013 0.047 0.262 0.002 0.001 0.007 0.111 0.125 0.068 0.069 13 K 0.015 0.007 0.188 0.008 0.053 0.484 0.001 0.001 0.008 0.053 0.079 0.029 0.074 14 E 0.009 0.004 0.049 0.005 0.045 0.756 0.001 0.001 0.004 0.028 0.048 0.017 0.034 15 E 0.012 0.004 0.040 0.004 0.028 0.795 0.001 0.001 0.003 0.021 0.026 0.027 0.039 16 A 0.025 0.005 0.037 0.004 0.045 0.730 0.003 0.001 0.007 0.010 0.029 0.040 0.066 17 I 0.005 0.001 0.040 0.003 0.019 0.838 0.001 0.001 0.015 0.006 0.036 0.007 0.026 18 K 0.008 0.002 0.025 0.009 0.025 0.847 0.001 0.002 0.005 0.014 0.036 0.013 0.014 19 E 0.011 0.003 0.028 0.003 0.037 0.797 0.003 0.002 0.012 0.016 0.053 0.018 0.016 20 L 0.009 0.003 0.036 0.001 0.031 0.775 0.004 0.006 0.015 0.012 0.074 0.007 0.028 21 V 0.012 0.017 0.067 0.009 0.024 0.645 0.004 0.009 0.011 0.034 0.138 0.024 0.006 22 D 0.003 0.005 0.215 0.001 0.031 0.530 0.001 0.002 0.006 0.048 0.142 0.002 0.013 23 A 0.001 0.001 0.028 0.001 0.035 0.815 0.001 0.001 0.001 0.027 0.090 0.001 0.001 24 G 0.001 0.001 0.026 0.001 0.041 0.759 0.001 0.001 0.001 0.038 0.133 0.001 0.001 25 T 0.001 0.002 0.061 0.001 0.032 0.783 0.001 0.001 0.001 0.057 0.064 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 34 A 0.003 0.003 0.035 0.001 0.018 0.762 0.001 0.001 0.003 0.012 0.153 0.003 0.005 35 N 0.003 0.004 0.168 0.002 0.037 0.388 0.001 0.001 0.003 0.080 0.304 0.005 0.008 36 A 0.001 0.001 0.065 0.004 0.024 0.114 0.001 0.001 0.001 0.076 0.710 0.002 0.002 37 K 0.001 0.001 0.054 0.002 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.074 0.839 0.002 0.001 38 T 0.003 0.011 0.410 0.004 0.015 0.014 0.001 0.001 0.011 0.255 0.241 0.011 0.023 39 V 0.019 0.036 0.533 0.015 0.011 0.009 0.007 0.003 0.048 0.124 0.039 0.065 0.091 40 E 0.059 0.034 0.255 0.049 0.016 0.009 0.028 0.009 0.132 0.087 0.045 0.056 0.221 41 G 0.073 0.009 0.225 0.105 0.011 0.011 0.047 0.022 0.109 0.078 0.048 0.161 0.100 42 V 0.153 0.009 0.136 0.033 0.010 0.013 0.059 0.021 0.108 0.033 0.018 0.151 0.257 43 W 0.210 0.020 0.080 0.013 0.007 0.011 0.056 0.019 0.064 0.019 0.008 0.239 0.255 44 T 0.207 0.041 0.109 0.025 0.007 0.015 0.023 0.008 0.035 0.019 0.013 0.196 0.301 45 L 0.058 0.012 0.274 0.014 0.029 0.046 0.006 0.003 0.019 0.043 0.026 0.175 0.294 46 K 0.016 0.007 0.173 0.033 0.152 0.158 0.002 0.002 0.012 0.093 0.229 0.046 0.079 47 D 0.011 0.006 0.057 0.038 0.193 0.150 0.001 0.001 0.002 0.093 0.393 0.030 0.026 48 E 0.025 0.009 0.104 0.009 0.252 0.170 0.002 0.001 0.005 0.078 0.225 0.065 0.056 49 I 0.061 0.029 0.236 0.022 0.145 0.063 0.004 0.001 0.016 0.086 0.089 0.031 0.217 50 K 0.037 0.011 0.179 0.042 0.029 0.025 0.005 0.002 0.022 0.212 0.111 0.289 0.037 51 T 0.045 0.010 0.296 0.015 0.013 0.011 0.011 0.005 0.053 0.088 0.066 0.035 0.352 52 F 0.040 0.016 0.335 0.014 0.003 0.004 0.015 0.005 0.051 0.093 0.007 0.334 0.084 53 T 0.058 0.021 0.248 0.019 0.007 0.007 0.030 0.010 0.104 0.048 0.014 0.108 0.326 54 V 0.031 0.025 0.303 0.015 0.019 0.016 0.026 0.020 0.125 0.056 0.028 0.141 0.196 55 T 0.007 0.017 0.548 0.018 0.019 0.010 0.011 0.008 0.148 0.079 0.020 0.039 0.076 56 E 0.005 0.014 0.399 0.018 0.079 0.058 0.005 0.006 0.082 0.154 0.061 0.054 0.067