# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.068 0.079 0.160 0.586 0.001 0.028 0.005 0.004 0.005 0.001 0.011 0.025 0.018 0.001 0.003 0.007 2 T 0.014 0.072 0.345 0.519 0.001 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 3 Y 0.011 0.012 0.094 0.848 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.023 0.039 0.931 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.014 0.949 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.019 0.029 0.877 0.041 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.024 0.004 0.855 0.030 0.056 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 8 N 0.003 0.067 0.016 0.286 0.050 0.441 0.005 0.035 0.014 0.013 0.026 0.015 0.020 0.001 0.001 0.006 9 L 0.014 0.043 0.010 0.089 0.029 0.166 0.007 0.022 0.011 0.013 0.516 0.033 0.036 0.003 0.005 0.005 10 K 0.013 0.213 0.028 0.081 0.005 0.031 0.003 0.020 0.012 0.006 0.080 0.431 0.052 0.003 0.012 0.011 11 Q 0.035 0.069 0.104 0.103 0.009 0.079 0.025 0.006 0.020 0.009 0.046 0.117 0.265 0.007 0.010 0.096 12 A 0.036 0.025 0.213 0.049 0.009 0.101 0.033 0.008 0.002 0.002 0.090 0.047 0.344 0.009 0.011 0.019 13 K 0.010 0.076 0.042 0.039 0.002 0.135 0.005 0.018 0.004 0.003 0.112 0.158 0.364 0.003 0.016 0.013 14 E 0.012 0.032 0.023 0.050 0.002 0.039 0.004 0.003 0.009 0.004 0.132 0.182 0.476 0.004 0.004 0.024 15 E 0.022 0.019 0.080 0.051 0.001 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 0.042 0.193 0.557 0.001 0.004 0.009 16 A 0.003 0.017 0.071 0.059 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.758 0.001 0.001 0.023 17 I 0.002 0.004 0.018 0.022 0.002 0.064 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.028 0.830 0.002 0.001 0.001 18 K 0.001 0.031 0.012 0.043 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.029 0.844 0.001 0.002 0.004 19 E 0.001 0.004 0.008 0.038 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.882 0.001 0.001 0.012 20 L 0.003 0.004 0.038 0.014 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.884 0.007 0.001 0.011 21 V 0.002 0.016 0.040 0.040 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.025 0.839 0.002 0.007 0.007 22 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.169 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.799 0.003 0.001 0.003 23 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.470 0.010 0.510 0.001 0.002 0.001 24 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.765 0.221 0.001 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.003 33 I 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.844 0.100 0.004 0.018 34 A 0.004 0.006 0.016 0.010 0.002 0.004 0.017 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.724 0.030 0.147 0.027 35 N 0.003 0.008 0.012 0.005 0.019 0.025 0.035 0.007 0.004 0.009 0.007 0.014 0.356 0.371 0.021 0.104 36 A 0.048 0.016 0.013 0.005 0.008 0.016 0.031 0.033 0.004 0.002 0.076 0.010 0.141 0.189 0.377 0.030 37 K 0.019 0.103 0.060 0.013 0.001 0.010 0.016 0.029 0.040 0.011 0.039 0.068 0.099 0.012 0.297 0.184 38 T 0.192 0.041 0.191 0.032 0.004 0.005 0.039 0.001 0.025 0.006 0.006 0.009 0.033 0.002 0.008 0.406 39 V 0.097 0.003 0.394 0.034 0.055 0.078 0.253 0.006 0.001 0.002 0.010 0.003 0.027 0.032 0.003 0.003 40 E 0.006 0.560 0.127 0.134 0.001 0.018 0.002 0.094 0.006 0.001 0.007 0.004 0.008 0.001 0.026 0.006 41 G 0.020 0.011 0.012 0.605 0.004 0.057 0.002 0.002 0.131 0.077 0.015 0.036 0.013 0.001 0.001 0.014 42 V 0.175 0.037 0.321 0.422 0.002 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.011 0.010 0.001 0.001 0.002 43 W 0.002 0.006 0.103 0.751 0.015 0.092 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.006 0.011 0.001 0.001 0.002 44 T 0.010 0.076 0.044 0.600 0.036 0.170 0.003 0.007 0.001 0.001 0.013 0.013 0.021 0.001 0.001 0.004 45 L 0.004 0.058 0.018 0.455 0.024 0.183 0.005 0.021 0.004 0.007 0.151 0.026 0.038 0.001 0.002 0.003 46 K 0.005 0.110 0.024 0.115 0.011 0.284 0.004 0.023 0.010 0.006 0.068 0.230 0.099 0.002 0.003 0.005 47 D 0.008 0.041 0.016 0.057 0.002 0.069 0.002 0.005 0.007 0.002 0.450 0.067 0.252 0.001 0.005 0.015 48 E 0.016 0.133 0.070 0.063 0.004 0.020 0.010 0.002 0.004 0.002 0.066 0.293 0.261 0.009 0.004 0.042 49 I 0.021 0.039 0.229 0.068 0.005 0.036 0.043 0.004 0.002 0.001 0.011 0.032 0.448 0.014 0.032 0.015 50 K 0.008 0.086 0.241 0.150 0.004 0.033 0.034 0.010 0.003 0.002 0.015 0.008 0.298 0.011 0.017 0.080 51 T 0.074 0.094 0.213 0.367 0.002 0.026 0.015 0.005 0.013 0.003 0.008 0.010 0.067 0.004 0.019 0.081 52 F 0.030 0.012 0.588 0.291 0.002 0.010 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.025 0.001 0.004 0.017 53 T 0.021 0.036 0.234 0.567 0.013 0.086 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.002 0.001 0.008 54 V 0.009 0.034 0.049 0.366 0.114 0.289 0.009 0.013 0.001 0.002 0.073 0.004 0.026 0.006 0.002 0.002 55 T 0.003 0.368 0.017 0.194 0.096 0.117 0.016 0.062 0.007 0.003 0.042 0.049 0.014 0.006 0.004 0.003 56 E 0.019 0.061 0.030 0.240 0.049 0.087 0.044 0.099 0.041 0.024 0.169 0.050 0.040 0.006 0.026 0.014