# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.020 0.098 0.002 0.039 0.073 0.142 0.097 0.002 0.001 0.083 0.443 2 T 0.006 0.163 0.001 0.053 0.077 0.234 0.067 0.002 0.001 0.079 0.318 3 Y 0.006 0.105 0.001 0.097 0.273 0.289 0.039 0.001 0.001 0.058 0.131 4 K 0.003 0.057 0.001 0.128 0.202 0.409 0.020 0.001 0.001 0.100 0.079 5 L 0.009 0.073 0.002 0.200 0.196 0.324 0.022 0.002 0.001 0.078 0.094 6 I 0.036 0.092 0.003 0.167 0.240 0.253 0.026 0.003 0.001 0.079 0.100 7 L 0.014 0.051 0.003 0.137 0.243 0.254 0.041 0.002 0.001 0.070 0.185 8 N 0.047 0.158 0.006 0.059 0.103 0.205 0.051 0.006 0.001 0.068 0.296 9 L 0.142 0.197 0.007 0.029 0.078 0.073 0.072 0.013 0.002 0.070 0.317 10 K 0.065 0.187 0.009 0.015 0.081 0.097 0.073 0.009 0.002 0.067 0.394 11 Q 0.088 0.250 0.005 0.013 0.030 0.069 0.062 0.007 0.001 0.045 0.430 12 A 0.071 0.318 0.007 0.013 0.028 0.034 0.056 0.010 0.002 0.050 0.411 13 K 0.098 0.503 0.005 0.008 0.020 0.036 0.040 0.013 0.001 0.033 0.243 14 E 0.093 0.443 0.004 0.008 0.017 0.027 0.038 0.004 0.001 0.073 0.293 15 E 0.020 0.405 0.005 0.028 0.031 0.052 0.062 0.004 0.001 0.055 0.337 16 A 0.042 0.570 0.006 0.013 0.029 0.064 0.032 0.008 0.001 0.069 0.165 17 I 0.110 0.651 0.004 0.015 0.020 0.020 0.021 0.014 0.002 0.037 0.106 18 K 0.056 0.492 0.006 0.009 0.035 0.045 0.027 0.004 0.001 0.125 0.201 19 E 0.047 0.579 0.002 0.028 0.016 0.039 0.031 0.007 0.001 0.051 0.198 20 L 0.046 0.290 0.015 0.017 0.026 0.036 0.070 0.015 0.004 0.165 0.317 21 V 0.028 0.088 0.011 0.028 0.045 0.041 0.085 0.007 0.003 0.361 0.304 22 D 0.070 0.673 0.003 0.005 0.004 0.004 0.018 0.008 0.001 0.047 0.167 23 A 0.026 0.835 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.001 0.021 0.090 24 G 0.017 0.864 0.007 0.001 0.001 0.002 0.010 0.011 0.003 0.031 0.054 25 T 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.019 26 A 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 27 E 0.006 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 28 K 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 29 Y 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 30 I 0.004 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 31 K 0.022 0.522 0.011 0.001 0.007 0.014 0.007 0.002 0.002 0.380 0.031 32 L 0.076 0.699 0.013 0.007 0.009 0.011 0.014 0.009 0.005 0.078 0.078 33 I 0.162 0.316 0.054 0.007 0.032 0.030 0.039 0.022 0.010 0.197 0.132 34 A 0.105 0.053 0.076 0.017 0.027 0.044 0.083 0.015 0.021 0.200 0.360 35 N 0.284 0.059 0.006 0.008 0.011 0.017 0.067 0.004 0.002 0.044 0.499 36 A 0.061 0.019 0.003 0.010 0.012 0.013 0.098 0.004 0.001 0.027 0.753 37 K 0.026 0.017 0.011 0.026 0.028 0.039 0.173 0.003 0.002 0.068 0.607 38 T 0.053 0.029 0.002 0.030 0.026 0.052 0.122 0.003 0.001 0.046 0.637 39 V 0.079 0.023 0.001 0.070 0.035 0.042 0.112 0.003 0.001 0.054 0.580 40 E 0.011 0.015 0.002 0.066 0.067 0.112 0.130 0.001 0.001 0.124 0.472 41 G 0.018 0.041 0.001 0.130 0.053 0.127 0.109 0.002 0.001 0.074 0.444 42 V 0.029 0.039 0.001 0.118 0.143 0.162 0.086 0.003 0.001 0.080 0.339 43 W 0.009 0.023 0.002 0.096 0.139 0.223 0.083 0.002 0.001 0.086 0.338 44 T 0.034 0.060 0.004 0.067 0.149 0.191 0.065 0.003 0.001 0.088 0.338 45 L 0.135 0.119 0.006 0.050 0.089 0.098 0.069 0.011 0.001 0.059 0.362 46 K 0.209 0.082 0.006 0.012 0.045 0.070 0.081 0.008 0.002 0.073 0.413 47 D 0.147 0.030 0.008 0.021 0.040 0.077 0.109 0.006 0.002 0.082 0.477 48 E 0.034 0.012 0.006 0.021 0.061 0.149 0.122 0.002 0.001 0.074 0.518 49 I 0.055 0.006 0.002 0.032 0.068 0.123 0.137 0.003 0.001 0.058 0.516 50 K 0.007 0.003 0.001 0.033 0.215 0.276 0.082 0.001 0.001 0.034 0.350 51 T 0.004 0.001 0.001 0.031 0.108 0.238 0.081 0.001 0.001 0.035 0.501 52 F 0.004 0.001 0.001 0.069 0.388 0.287 0.046 0.001 0.001 0.025 0.180 53 T 0.009 0.002 0.001 0.075 0.195 0.256 0.059 0.001 0.001 0.038 0.365 54 V 0.005 0.001 0.001 0.071 0.212 0.231 0.086 0.001 0.001 0.023 0.370 55 T 0.046 0.003 0.001 0.071 0.079 0.103 0.071 0.001 0.001 0.036 0.588 56 E 0.029 0.003 0.001 0.041 0.064 0.069 0.115 0.001 0.001 0.029 0.648