# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.012 0.021 0.034 0.150 0.237 0.099 0.039 0.409 2 T 0.003 0.059 0.039 0.086 0.360 0.064 0.027 0.362 3 Y 0.003 0.029 0.051 0.269 0.395 0.038 0.051 0.164 4 K 0.003 0.024 0.158 0.232 0.317 0.018 0.163 0.086 5 L 0.004 0.029 0.112 0.294 0.423 0.012 0.058 0.069 6 I 0.015 0.033 0.162 0.283 0.210 0.027 0.107 0.162 7 L 0.020 0.033 0.193 0.228 0.283 0.031 0.072 0.140 8 N 0.052 0.130 0.070 0.070 0.110 0.063 0.142 0.363 9 L 0.118 0.159 0.043 0.049 0.059 0.078 0.145 0.349 10 K 0.058 0.242 0.033 0.032 0.040 0.087 0.079 0.429 11 Q 0.050 0.334 0.017 0.019 0.032 0.060 0.070 0.417 12 A 0.035 0.537 0.014 0.016 0.021 0.048 0.074 0.256 13 K 0.034 0.716 0.005 0.007 0.013 0.025 0.049 0.151 14 E 0.047 0.650 0.011 0.009 0.015 0.027 0.079 0.160 15 E 0.021 0.716 0.016 0.014 0.022 0.024 0.054 0.133 16 A 0.021 0.666 0.026 0.018 0.027 0.022 0.070 0.149 17 I 0.058 0.605 0.027 0.015 0.025 0.027 0.089 0.153 18 K 0.095 0.238 0.042 0.021 0.028 0.062 0.227 0.288 19 E 0.022 0.533 0.038 0.023 0.032 0.044 0.047 0.260 20 L 0.030 0.545 0.029 0.012 0.026 0.044 0.046 0.268 21 V 0.021 0.091 0.071 0.021 0.017 0.061 0.510 0.207 22 D 0.037 0.736 0.013 0.005 0.007 0.026 0.077 0.099 23 A 0.028 0.791 0.009 0.003 0.004 0.021 0.034 0.110 24 G 0.008 0.707 0.021 0.003 0.004 0.025 0.115 0.117 25 T 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.011 26 A 0.009 0.892 0.003 0.001 0.001 0.002 0.082 0.011 27 E 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.011 28 K 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 29 Y 0.002 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 30 I 0.012 0.938 0.002 0.001 0.002 0.004 0.021 0.019 31 K 0.042 0.567 0.036 0.004 0.004 0.018 0.226 0.103 32 L 0.058 0.612 0.035 0.011 0.015 0.030 0.064 0.175 33 I 0.137 0.163 0.052 0.018 0.024 0.063 0.108 0.434 34 A 0.085 0.022 0.045 0.012 0.014 0.099 0.096 0.626 35 N 0.140 0.020 0.007 0.006 0.009 0.076 0.067 0.674 36 A 0.082 0.015 0.010 0.004 0.006 0.106 0.029 0.749 37 K 0.013 0.004 0.071 0.029 0.056 0.117 0.049 0.661 38 T 0.023 0.005 0.055 0.029 0.057 0.084 0.038 0.710 39 V 0.105 0.010 0.100 0.097 0.057 0.120 0.054 0.457 40 E 0.021 0.010 0.101 0.034 0.073 0.089 0.070 0.603 41 G 0.022 0.019 0.053 0.046 0.197 0.095 0.054 0.514 42 V 0.028 0.019 0.117 0.222 0.132 0.091 0.048 0.342 43 W 0.008 0.026 0.141 0.178 0.225 0.071 0.026 0.325 44 T 0.028 0.052 0.055 0.065 0.140 0.099 0.079 0.482 45 L 0.190 0.100 0.028 0.066 0.072 0.083 0.158 0.303 46 K 0.199 0.054 0.009 0.025 0.049 0.082 0.145 0.438 47 D 0.048 0.013 0.021 0.046 0.059 0.096 0.180 0.538 48 E 0.023 0.008 0.050 0.078 0.175 0.122 0.105 0.439 49 I 0.056 0.003 0.030 0.060 0.053 0.107 0.070 0.621 50 K 0.007 0.002 0.082 0.265 0.314 0.051 0.026 0.253 51 T 0.008 0.002 0.061 0.059 0.171 0.068 0.052 0.578 52 F 0.004 0.001 0.096 0.395 0.163 0.064 0.017 0.259 53 T 0.007 0.003 0.239 0.163 0.249 0.048 0.031 0.258 54 V 0.014 0.002 0.088 0.121 0.129 0.078 0.038 0.530 55 T 0.039 0.004 0.172 0.088 0.115 0.089 0.072 0.421 56 E 0.025 0.004 0.084 0.041 0.092 0.090 0.044 0.620