# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.278 0.127 0.061 0.109 0.099 0.080 0.109 0.064 0.039 0.022 0.011 2 T 0.176 0.135 0.072 0.180 0.122 0.082 0.094 0.056 0.044 0.026 0.013 3 Y 0.008 0.011 0.013 0.025 0.033 0.071 0.146 0.142 0.224 0.206 0.122 4 K 0.023 0.082 0.091 0.230 0.210 0.149 0.098 0.055 0.034 0.018 0.011 5 L 0.005 0.006 0.016 0.022 0.043 0.048 0.116 0.203 0.183 0.189 0.169 6 I 0.003 0.006 0.014 0.035 0.063 0.095 0.149 0.153 0.190 0.185 0.106 7 L 0.012 0.008 0.019 0.029 0.047 0.071 0.174 0.152 0.210 0.181 0.097 8 N 0.031 0.112 0.188 0.301 0.173 0.086 0.060 0.025 0.014 0.007 0.003 9 L 0.016 0.020 0.028 0.040 0.061 0.084 0.207 0.161 0.163 0.127 0.092 10 K 0.284 0.157 0.107 0.168 0.108 0.061 0.062 0.029 0.014 0.007 0.003 11 Q 0.220 0.207 0.203 0.198 0.083 0.038 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 12 A 0.048 0.066 0.052 0.076 0.093 0.116 0.159 0.123 0.107 0.095 0.066 13 K 0.139 0.220 0.095 0.168 0.123 0.081 0.088 0.046 0.023 0.012 0.004 14 E 0.255 0.113 0.196 0.172 0.096 0.068 0.055 0.026 0.011 0.006 0.002 15 E 0.147 0.128 0.229 0.214 0.118 0.072 0.054 0.023 0.009 0.004 0.002 16 A 0.042 0.050 0.049 0.085 0.096 0.113 0.195 0.149 0.115 0.069 0.037 17 I 0.020 0.034 0.055 0.075 0.094 0.098 0.182 0.157 0.126 0.103 0.057 18 K 0.050 0.106 0.353 0.230 0.123 0.061 0.038 0.020 0.010 0.006 0.002 19 E 0.118 0.122 0.215 0.225 0.124 0.075 0.067 0.033 0.013 0.006 0.003 20 L 0.023 0.018 0.027 0.051 0.068 0.088 0.172 0.187 0.160 0.115 0.092 21 V 0.027 0.018 0.024 0.041 0.073 0.088 0.166 0.184 0.164 0.128 0.086 22 D 0.018 0.092 0.215 0.179 0.147 0.096 0.101 0.060 0.045 0.031 0.015 23 A 0.010 0.007 0.024 0.039 0.085 0.131 0.255 0.179 0.135 0.082 0.052 24 G 0.544 0.099 0.108 0.101 0.050 0.030 0.037 0.016 0.009 0.004 0.002 25 T 0.024 0.067 0.083 0.202 0.186 0.126 0.167 0.079 0.039 0.017 0.010 26 A 0.002 0.004 0.008 0.012 0.025 0.031 0.092 0.138 0.211 0.248 0.228 27 E 0.063 0.072 0.236 0.209 0.160 0.112 0.094 0.030 0.015 0.008 0.002 28 K 0.014 0.049 0.533 0.223 0.093 0.046 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 29 Y 0.005 0.008 0.020 0.041 0.071 0.125 0.232 0.176 0.146 0.118 0.059 30 I 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.026 0.089 0.117 0.256 0.296 0.189 31 K 0.006 0.025 0.280 0.203 0.198 0.130 0.082 0.038 0.020 0.012 0.005 32 L 0.015 0.021 0.248 0.127 0.121 0.144 0.171 0.077 0.038 0.029 0.010 33 I 0.003 0.006 0.014 0.021 0.032 0.131 0.235 0.141 0.196 0.157 0.064 34 A 0.006 0.006 0.009 0.014 0.022 0.043 0.115 0.126 0.230 0.242 0.187 35 N 0.028 0.085 0.173 0.230 0.183 0.107 0.099 0.047 0.025 0.016 0.007 36 A 0.095 0.148 0.159 0.155 0.123 0.112 0.103 0.048 0.028 0.018 0.010 37 K 0.412 0.184 0.046 0.121 0.078 0.053 0.053 0.031 0.012 0.006 0.004 38 T 0.359 0.181 0.036 0.110 0.072 0.054 0.065 0.048 0.033 0.024 0.018 39 V 0.015 0.014 0.009 0.021 0.032 0.064 0.106 0.103 0.196 0.207 0.232 40 E 0.134 0.257 0.099 0.234 0.152 0.057 0.032 0.018 0.009 0.005 0.003 41 G 0.039 0.029 0.025 0.054 0.062 0.111 0.172 0.146 0.161 0.126 0.075 42 V 0.072 0.079 0.033 0.171 0.169 0.141 0.143 0.088 0.054 0.031 0.019 43 W 0.019 0.011 0.014 0.036 0.050 0.076 0.147 0.176 0.190 0.163 0.118 44 T 0.026 0.076 0.077 0.173 0.169 0.131 0.120 0.079 0.066 0.049 0.033 45 L 0.005 0.006 0.008 0.017 0.032 0.055 0.145 0.141 0.223 0.201 0.167 46 K 0.245 0.233 0.124 0.208 0.099 0.038 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 47 D 0.150 0.119 0.109 0.185 0.122 0.100 0.103 0.050 0.031 0.019 0.011 48 E 0.170 0.120 0.069 0.159 0.115 0.106 0.115 0.065 0.043 0.026 0.012 49 I 0.060 0.072 0.061 0.099 0.084 0.106 0.157 0.113 0.114 0.087 0.046 50 K 0.025 0.055 0.099 0.130 0.118 0.150 0.145 0.104 0.085 0.058 0.030 51 T 0.058 0.111 0.115 0.156 0.116 0.105 0.122 0.084 0.064 0.043 0.024 52 F 0.015 0.012 0.018 0.032 0.052 0.064 0.142 0.225 0.182 0.148 0.110 53 T 0.163 0.143 0.097 0.157 0.110 0.068 0.081 0.073 0.053 0.036 0.020 54 V 0.051 0.030 0.036 0.076 0.099 0.078 0.156 0.173 0.136 0.089 0.073 55 T 0.189 0.163 0.092 0.137 0.111 0.072 0.090 0.062 0.044 0.026 0.015 56 E 0.102 0.070 0.058 0.130 0.134 0.096 0.159 0.113 0.075 0.039 0.026