# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.019 0.004 0.001 0.023 0.038 0.056 0.057 0.001 0.001 0.004 0.797 2 T 0.032 0.004 0.002 0.049 0.061 0.107 0.088 0.001 0.001 0.005 0.651 3 Y 0.035 0.007 0.003 0.129 0.241 0.231 0.083 0.001 0.001 0.004 0.267 4 K 0.010 0.010 0.002 0.236 0.260 0.230 0.071 0.001 0.001 0.004 0.176 5 L 0.011 0.010 0.001 0.309 0.222 0.244 0.038 0.001 0.001 0.001 0.166 6 I 0.009 0.016 0.001 0.418 0.120 0.286 0.023 0.001 0.001 0.002 0.125 7 L 0.004 0.031 0.001 0.393 0.190 0.241 0.028 0.001 0.001 0.003 0.107 8 N 0.008 0.029 0.002 0.175 0.118 0.247 0.102 0.002 0.001 0.004 0.313 9 L 0.030 0.029 0.007 0.137 0.063 0.172 0.108 0.002 0.001 0.006 0.446 10 K 0.018 0.022 0.001 0.025 0.026 0.039 0.287 0.002 0.001 0.006 0.574 11 Q 0.103 0.022 0.003 0.014 0.008 0.016 0.216 0.002 0.001 0.011 0.605 12 A 0.212 0.229 0.006 0.018 0.016 0.023 0.100 0.004 0.001 0.007 0.386 13 K 0.079 0.276 0.012 0.014 0.015 0.027 0.099 0.006 0.001 0.005 0.467 14 E 0.055 0.308 0.013 0.017 0.020 0.027 0.059 0.004 0.001 0.003 0.493 15 E 0.073 0.385 0.009 0.014 0.032 0.034 0.081 0.003 0.001 0.004 0.364 16 A 0.071 0.558 0.006 0.011 0.027 0.029 0.062 0.004 0.001 0.004 0.228 17 I 0.070 0.641 0.007 0.017 0.035 0.051 0.018 0.003 0.001 0.002 0.155 18 K 0.033 0.702 0.008 0.018 0.039 0.049 0.018 0.005 0.001 0.003 0.125 19 E 0.110 0.539 0.011 0.033 0.027 0.035 0.040 0.017 0.001 0.003 0.186 20 L 0.213 0.470 0.009 0.026 0.020 0.034 0.018 0.009 0.001 0.003 0.198 21 V 0.074 0.413 0.065 0.089 0.043 0.054 0.028 0.011 0.001 0.005 0.218 22 D 0.041 0.187 0.019 0.042 0.045 0.070 0.076 0.012 0.001 0.003 0.504 23 A 0.054 0.269 0.035 0.053 0.017 0.065 0.050 0.004 0.001 0.003 0.450 24 G 0.014 0.153 0.001 0.009 0.007 0.012 0.439 0.003 0.001 0.002 0.361 25 T 0.067 0.120 0.002 0.003 0.001 0.003 0.405 0.004 0.001 0.007 0.388 26 A 0.076 0.683 0.001 0.003 0.001 0.002 0.050 0.002 0.001 0.001 0.180 27 E 0.012 0.698 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.002 0.001 0.001 0.184 28 K 0.017 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.124 29 Y 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 30 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 K 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 32 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 I 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 A 0.009 0.972 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 35 N 0.045 0.782 0.006 0.002 0.006 0.006 0.008 0.100 0.001 0.001 0.044 36 A 0.273 0.451 0.051 0.007 0.004 0.007 0.005 0.078 0.001 0.003 0.121 37 K 0.166 0.101 0.056 0.013 0.011 0.006 0.141 0.111 0.001 0.008 0.388 38 T 0.421 0.009 0.178 0.010 0.006 0.006 0.110 0.011 0.001 0.040 0.209 39 V 0.149 0.045 0.096 0.119 0.038 0.043 0.123 0.004 0.001 0.011 0.373 40 E 0.011 0.010 0.011 0.081 0.122 0.124 0.136 0.002 0.001 0.008 0.496 41 G 0.026 0.007 0.006 0.130 0.076 0.126 0.085 0.001 0.001 0.011 0.532 42 V 0.064 0.010 0.004 0.098 0.107 0.136 0.158 0.001 0.001 0.003 0.421 43 W 0.018 0.009 0.002 0.132 0.098 0.135 0.118 0.001 0.001 0.009 0.480 44 T 0.038 0.015 0.003 0.138 0.149 0.204 0.101 0.001 0.001 0.007 0.345 45 L 0.029 0.029 0.005 0.099 0.085 0.195 0.128 0.001 0.001 0.004 0.424 46 K 0.025 0.025 0.001 0.056 0.080 0.165 0.113 0.001 0.001 0.005 0.528 47 D 0.044 0.046 0.001 0.022 0.036 0.054 0.154 0.002 0.001 0.009 0.632 48 E 0.204 0.092 0.002 0.022 0.017 0.042 0.217 0.009 0.001 0.008 0.387 49 I 0.358 0.159 0.007 0.033 0.032 0.069 0.090 0.021 0.001 0.013 0.217 50 K 0.261 0.092 0.021 0.053 0.086 0.092 0.071 0.016 0.001 0.009 0.297 51 T 0.053 0.038 0.057 0.055 0.044 0.075 0.039 0.006 0.001 0.005 0.628 52 F 0.039 0.019 0.012 0.161 0.154 0.176 0.107 0.003 0.001 0.005 0.324 53 T 0.024 0.011 0.005 0.130 0.083 0.107 0.132 0.002 0.001 0.009 0.497 54 V 0.025 0.015 0.006 0.193 0.093 0.186 0.084 0.001 0.001 0.004 0.393 55 T 0.018 0.013 0.002 0.156 0.105 0.170 0.162 0.001 0.001 0.007 0.365 56 E 0.028 0.008 0.002 0.066 0.036 0.050 0.102 0.001 0.001 0.008 0.699