# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.066 0.018 0.028 0.041 0.050 0.074 0.009 0.713 2 T 0.071 0.019 0.058 0.090 0.134 0.098 0.009 0.521 3 Y 0.040 0.018 0.109 0.209 0.222 0.075 0.005 0.322 4 K 0.008 0.017 0.144 0.279 0.362 0.052 0.002 0.135 5 L 0.015 0.043 0.227 0.241 0.275 0.043 0.004 0.151 6 I 0.007 0.040 0.278 0.169 0.414 0.012 0.002 0.077 7 L 0.005 0.031 0.243 0.288 0.366 0.014 0.002 0.052 8 N 0.010 0.065 0.116 0.179 0.261 0.082 0.009 0.278 9 L 0.046 0.067 0.084 0.110 0.390 0.055 0.013 0.235 10 K 0.025 0.073 0.034 0.051 0.081 0.220 0.015 0.501 11 Q 0.069 0.044 0.019 0.017 0.034 0.296 0.025 0.497 12 A 0.180 0.217 0.019 0.014 0.033 0.134 0.013 0.390 13 K 0.061 0.271 0.011 0.011 0.026 0.158 0.008 0.454 14 E 0.045 0.219 0.013 0.009 0.019 0.154 0.009 0.533 15 E 0.073 0.460 0.010 0.009 0.018 0.074 0.009 0.347 16 A 0.061 0.718 0.007 0.006 0.013 0.041 0.007 0.147 17 I 0.022 0.829 0.018 0.006 0.012 0.028 0.004 0.081 18 K 0.009 0.875 0.014 0.004 0.008 0.011 0.003 0.076 19 E 0.017 0.883 0.009 0.004 0.007 0.011 0.005 0.064 20 L 0.031 0.896 0.014 0.004 0.008 0.006 0.007 0.035 21 V 0.036 0.838 0.061 0.009 0.009 0.007 0.007 0.034 22 D 0.035 0.715 0.031 0.009 0.011 0.035 0.019 0.146 23 A 0.095 0.475 0.121 0.006 0.037 0.018 0.025 0.225 24 G 0.028 0.225 0.031 0.004 0.005 0.366 0.024 0.316 25 T 0.120 0.070 0.019 0.001 0.002 0.535 0.034 0.218 26 A 0.072 0.709 0.012 0.001 0.003 0.044 0.003 0.156 27 E 0.016 0.724 0.003 0.001 0.003 0.099 0.002 0.151 28 K 0.021 0.748 0.002 0.001 0.002 0.100 0.004 0.122 29 Y 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 30 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 K 0.002 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 32 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 33 I 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 34 A 0.014 0.938 0.016 0.005 0.004 0.003 0.006 0.015 35 N 0.038 0.759 0.046 0.016 0.012 0.018 0.031 0.080 36 A 0.132 0.516 0.051 0.015 0.026 0.017 0.062 0.181 37 K 0.144 0.169 0.058 0.018 0.017 0.137 0.102 0.355 38 T 0.293 0.024 0.168 0.023 0.015 0.101 0.080 0.297 39 V 0.087 0.042 0.261 0.087 0.066 0.162 0.013 0.282 40 E 0.021 0.020 0.074 0.051 0.079 0.149 0.006 0.600 41 G 0.072 0.019 0.104 0.058 0.159 0.095 0.014 0.478 42 V 0.099 0.018 0.165 0.118 0.139 0.115 0.010 0.336 43 W 0.025 0.020 0.095 0.152 0.156 0.069 0.005 0.478 44 T 0.026 0.028 0.096 0.143 0.313 0.053 0.004 0.336 45 L 0.040 0.057 0.080 0.100 0.261 0.078 0.006 0.376 46 K 0.027 0.079 0.047 0.100 0.187 0.106 0.007 0.447 47 D 0.031 0.055 0.016 0.029 0.067 0.074 0.011 0.717 48 E 0.141 0.115 0.014 0.024 0.043 0.294 0.029 0.340 49 I 0.388 0.130 0.022 0.028 0.040 0.110 0.049 0.233 50 K 0.205 0.190 0.053 0.073 0.085 0.096 0.022 0.276 51 T 0.065 0.077 0.032 0.051 0.067 0.046 0.018 0.644 52 F 0.087 0.037 0.102 0.168 0.283 0.032 0.017 0.274 53 T 0.041 0.024 0.071 0.145 0.138 0.052 0.012 0.517 54 V 0.017 0.010 0.169 0.201 0.268 0.033 0.004 0.297 55 T 0.010 0.012 0.089 0.156 0.210 0.089 0.004 0.430 56 E 0.020 0.014 0.042 0.060 0.125 0.056 0.006 0.678