# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.061 0.471 0.226 0.052 0.104 0.039 0.018 0.005 0.020 0.003 0.001 2 T 0.079 0.593 0.194 0.037 0.052 0.026 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 3 Y 0.044 0.678 0.097 0.023 0.125 0.015 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 4 K 0.017 0.770 0.096 0.004 0.079 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 5 L 0.020 0.621 0.246 0.005 0.017 0.085 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 6 I 0.036 0.785 0.098 0.006 0.016 0.041 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 7 L 0.069 0.571 0.169 0.029 0.083 0.041 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 8 N 0.089 0.211 0.220 0.076 0.141 0.091 0.086 0.007 0.063 0.016 0.001 9 L 0.352 0.141 0.271 0.084 0.058 0.031 0.023 0.003 0.028 0.008 0.003 10 K 0.626 0.058 0.138 0.115 0.019 0.017 0.012 0.002 0.008 0.003 0.002 11 Q 0.432 0.091 0.165 0.167 0.043 0.038 0.033 0.006 0.020 0.004 0.001 12 A 0.503 0.104 0.212 0.100 0.020 0.029 0.014 0.002 0.014 0.002 0.001 13 K 0.568 0.109 0.157 0.099 0.020 0.021 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 14 E 0.689 0.076 0.104 0.058 0.028 0.017 0.013 0.002 0.011 0.002 0.001 15 E 0.772 0.080 0.083 0.029 0.017 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 16 A 0.743 0.097 0.084 0.038 0.015 0.013 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 17 I 0.738 0.106 0.076 0.040 0.014 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 18 K 0.837 0.060 0.040 0.033 0.017 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 19 E 0.830 0.033 0.029 0.069 0.013 0.008 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 20 L 0.480 0.041 0.057 0.358 0.016 0.016 0.020 0.001 0.011 0.001 0.001 21 V 0.432 0.239 0.125 0.116 0.016 0.029 0.018 0.001 0.022 0.001 0.001 22 D 0.308 0.073 0.268 0.065 0.018 0.215 0.034 0.001 0.017 0.001 0.001 23 A 0.931 0.006 0.012 0.040 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.965 0.001 0.005 0.011 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 25 T 0.949 0.012 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.987 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.904 0.018 0.008 0.058 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 A 0.846 0.019 0.029 0.082 0.008 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 35 N 0.553 0.023 0.086 0.208 0.015 0.024 0.064 0.008 0.010 0.008 0.001 36 A 0.795 0.011 0.033 0.124 0.004 0.007 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 37 K 0.118 0.008 0.018 0.781 0.003 0.004 0.060 0.003 0.003 0.001 0.001 38 T 0.049 0.044 0.084 0.056 0.036 0.018 0.585 0.096 0.013 0.019 0.001 39 V 0.053 0.386 0.421 0.046 0.016 0.047 0.010 0.001 0.015 0.001 0.003 40 E 0.067 0.340 0.378 0.113 0.031 0.027 0.022 0.002 0.015 0.002 0.002 41 G 0.026 0.090 0.106 0.039 0.368 0.024 0.056 0.168 0.014 0.109 0.001 42 V 0.053 0.686 0.171 0.023 0.039 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 43 W 0.025 0.614 0.244 0.011 0.051 0.037 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 44 T 0.033 0.617 0.217 0.015 0.051 0.043 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 45 L 0.060 0.355 0.350 0.023 0.092 0.058 0.008 0.001 0.051 0.002 0.001 46 K 0.559 0.075 0.223 0.060 0.025 0.022 0.011 0.001 0.014 0.004 0.004 47 D 0.413 0.067 0.138 0.186 0.059 0.030 0.071 0.013 0.013 0.009 0.001 48 E 0.336 0.149 0.152 0.232 0.041 0.028 0.028 0.007 0.022 0.003 0.001 49 I 0.244 0.342 0.264 0.067 0.027 0.018 0.012 0.001 0.023 0.001 0.001 50 K 0.253 0.243 0.313 0.068 0.037 0.045 0.019 0.001 0.016 0.001 0.003 51 T 0.104 0.483 0.185 0.099 0.060 0.024 0.011 0.001 0.030 0.001 0.001 52 F 0.056 0.506 0.229 0.044 0.090 0.035 0.009 0.002 0.028 0.001 0.001 53 T 0.023 0.602 0.217 0.020 0.045 0.061 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 54 V 0.090 0.484 0.247 0.053 0.048 0.052 0.004 0.001 0.018 0.001 0.002 55 T 0.062 0.323 0.251 0.053 0.136 0.073 0.020 0.002 0.072 0.006 0.001 56 E 0.438 0.139 0.224 0.076 0.055 0.027 0.011 0.002 0.018 0.004 0.005