# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.123 0.187 0.065 0.016 0.267 0.024 0.040 0.113 0.054 0.065 0.047 2 T 0.293 0.093 0.013 0.005 0.383 0.010 0.020 0.060 0.021 0.039 0.061 3 Y 0.225 0.129 0.015 0.003 0.540 0.006 0.013 0.030 0.012 0.004 0.021 4 K 0.255 0.074 0.004 0.001 0.621 0.005 0.006 0.020 0.004 0.003 0.009 5 L 0.286 0.106 0.002 0.001 0.569 0.001 0.002 0.014 0.003 0.003 0.012 6 I 0.407 0.041 0.002 0.001 0.447 0.004 0.007 0.031 0.005 0.011 0.043 7 L 0.127 0.174 0.042 0.054 0.268 0.076 0.056 0.100 0.028 0.021 0.055 8 N 0.189 0.110 0.060 0.026 0.251 0.021 0.032 0.079 0.035 0.101 0.096 9 L 0.095 0.116 0.046 0.014 0.141 0.014 0.026 0.211 0.175 0.114 0.049 10 K 0.028 0.108 0.048 0.035 0.059 0.051 0.119 0.303 0.166 0.060 0.023 11 Q 0.075 0.086 0.046 0.017 0.086 0.015 0.040 0.310 0.114 0.160 0.050 12 A 0.059 0.114 0.039 0.008 0.106 0.012 0.034 0.390 0.115 0.089 0.033 13 K 0.060 0.079 0.029 0.015 0.086 0.020 0.037 0.454 0.115 0.073 0.033 14 E 0.034 0.051 0.021 0.012 0.046 0.013 0.021 0.593 0.135 0.054 0.021 15 E 0.039 0.057 0.017 0.004 0.065 0.006 0.018 0.640 0.101 0.039 0.012 16 A 0.075 0.057 0.005 0.001 0.089 0.003 0.014 0.605 0.076 0.056 0.019 17 I 0.078 0.030 0.004 0.002 0.068 0.006 0.028 0.572 0.124 0.049 0.039 18 K 0.028 0.029 0.007 0.007 0.046 0.019 0.051 0.661 0.126 0.016 0.011 19 E 0.046 0.046 0.016 0.004 0.071 0.010 0.040 0.584 0.109 0.058 0.016 20 L 0.103 0.063 0.008 0.001 0.130 0.003 0.023 0.486 0.084 0.073 0.026 21 V 0.062 0.148 0.031 0.014 0.140 0.030 0.061 0.394 0.054 0.040 0.028 22 D 0.099 0.160 0.063 0.013 0.169 0.013 0.024 0.299 0.075 0.051 0.035 23 A 0.008 0.016 0.005 0.002 0.012 0.003 0.009 0.744 0.166 0.026 0.008 24 G 0.004 0.014 0.007 0.004 0.008 0.008 0.033 0.821 0.077 0.021 0.003 25 T 0.011 0.031 0.008 0.001 0.014 0.002 0.006 0.757 0.082 0.076 0.011 26 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.879 0.102 0.009 0.002 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.057 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.023 0.003 0.001 29 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.029 0.007 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.058 0.004 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.927 0.065 0.003 0.001 32 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.904 0.054 0.014 0.001 33 I 0.021 0.028 0.007 0.001 0.025 0.002 0.025 0.740 0.085 0.057 0.008 34 A 0.028 0.050 0.025 0.010 0.035 0.016 0.059 0.601 0.098 0.061 0.018 35 N 0.050 0.043 0.068 0.059 0.054 0.044 0.086 0.347 0.100 0.116 0.033 36 A 0.033 0.144 0.096 0.045 0.064 0.034 0.085 0.231 0.130 0.110 0.029 37 K 0.040 0.126 0.081 0.074 0.069 0.040 0.069 0.100 0.106 0.208 0.086 38 T 0.159 0.143 0.075 0.020 0.182 0.012 0.023 0.050 0.040 0.174 0.121 39 V 0.144 0.211 0.089 0.034 0.232 0.023 0.027 0.074 0.043 0.060 0.063 40 E 0.071 0.095 0.051 0.145 0.095 0.151 0.174 0.080 0.048 0.056 0.033 41 G 0.049 0.152 0.207 0.140 0.091 0.054 0.023 0.041 0.032 0.166 0.044 42 V 0.171 0.156 0.033 0.004 0.528 0.004 0.008 0.028 0.025 0.024 0.019 43 W 0.230 0.139 0.023 0.004 0.508 0.006 0.010 0.016 0.011 0.022 0.031 44 T 0.069 0.485 0.150 0.010 0.223 0.007 0.007 0.009 0.005 0.009 0.026 45 L 0.146 0.182 0.060 0.015 0.199 0.014 0.023 0.132 0.114 0.056 0.059 46 K 0.049 0.089 0.038 0.023 0.095 0.026 0.056 0.303 0.226 0.072 0.022 47 D 0.053 0.113 0.058 0.019 0.094 0.021 0.042 0.251 0.186 0.130 0.031 48 E 0.140 0.099 0.012 0.002 0.193 0.005 0.038 0.214 0.147 0.109 0.041 49 I 0.202 0.102 0.024 0.011 0.277 0.024 0.053 0.126 0.071 0.056 0.054 50 K 0.136 0.159 0.050 0.022 0.280 0.047 0.054 0.108 0.046 0.051 0.047 51 T 0.267 0.095 0.026 0.007 0.391 0.008 0.016 0.044 0.021 0.066 0.060 52 F 0.147 0.219 0.070 0.012 0.384 0.015 0.020 0.036 0.023 0.035 0.040 53 T 0.146 0.230 0.051 0.006 0.464 0.006 0.011 0.024 0.011 0.018 0.034 54 V 0.294 0.111 0.021 0.006 0.338 0.009 0.017 0.034 0.029 0.072 0.068 55 T 0.038 0.425 0.266 0.032 0.150 0.014 0.017 0.020 0.012 0.011 0.014 56 E 0.096 0.116 0.046 0.017 0.140 0.023 0.059 0.223 0.186 0.058 0.034