# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.658 0.255 0.060 0.020 0.006 0.001 0.001 2 T 0.311 0.405 0.186 0.075 0.018 0.004 0.001 3 Y 0.020 0.045 0.138 0.300 0.379 0.112 0.006 4 K 0.040 0.213 0.343 0.296 0.085 0.022 0.001 5 L 0.007 0.019 0.044 0.102 0.330 0.448 0.050 6 I 0.009 0.037 0.087 0.205 0.305 0.314 0.042 7 L 0.019 0.062 0.159 0.254 0.295 0.188 0.023 8 N 0.053 0.204 0.360 0.277 0.079 0.025 0.002 9 L 0.048 0.081 0.178 0.297 0.289 0.103 0.004 10 K 0.362 0.382 0.148 0.069 0.033 0.006 0.001 11 Q 0.457 0.397 0.098 0.035 0.010 0.002 0.001 12 A 0.130 0.153 0.257 0.286 0.146 0.027 0.001 13 K 0.345 0.301 0.218 0.099 0.031 0.006 0.001 14 E 0.434 0.327 0.149 0.066 0.020 0.004 0.001 15 E 0.375 0.373 0.150 0.074 0.023 0.004 0.001 16 A 0.051 0.131 0.220 0.296 0.214 0.083 0.005 17 I 0.041 0.086 0.158 0.271 0.292 0.141 0.011 18 K 0.135 0.296 0.285 0.186 0.076 0.022 0.001 19 E 0.088 0.239 0.253 0.245 0.131 0.041 0.003 20 L 0.020 0.051 0.117 0.236 0.302 0.248 0.025 21 V 0.028 0.060 0.139 0.271 0.307 0.174 0.021 22 D 0.127 0.321 0.268 0.160 0.082 0.037 0.005 23 A 0.031 0.058 0.123 0.269 0.304 0.194 0.021 24 G 0.226 0.341 0.220 0.130 0.066 0.016 0.001 25 T 0.122 0.302 0.276 0.190 0.082 0.025 0.003 26 A 0.031 0.048 0.092 0.207 0.348 0.236 0.038 27 E 0.079 0.234 0.273 0.246 0.125 0.041 0.002 28 K 0.126 0.302 0.277 0.201 0.068 0.023 0.002 29 Y 0.021 0.060 0.153 0.286 0.306 0.156 0.018 30 I 0.020 0.032 0.046 0.123 0.301 0.401 0.078 31 K 0.046 0.178 0.280 0.273 0.156 0.062 0.006 32 L 0.054 0.175 0.250 0.268 0.178 0.070 0.006 33 I 0.030 0.075 0.158 0.269 0.285 0.168 0.014 34 A 0.049 0.080 0.158 0.257 0.311 0.133 0.012 35 N 0.230 0.351 0.230 0.126 0.046 0.015 0.001 36 A 0.365 0.307 0.184 0.101 0.033 0.009 0.001 37 K 0.332 0.305 0.191 0.122 0.037 0.011 0.001 38 T 0.213 0.262 0.216 0.168 0.097 0.040 0.005 39 V 0.072 0.070 0.120 0.237 0.306 0.169 0.026 40 E 0.143 0.308 0.266 0.170 0.075 0.033 0.004 41 G 0.060 0.091 0.099 0.176 0.266 0.258 0.050 42 V 0.078 0.184 0.212 0.226 0.174 0.109 0.017 43 W 0.029 0.062 0.111 0.184 0.277 0.281 0.056 44 T 0.047 0.108 0.196 0.240 0.222 0.149 0.037 45 L 0.046 0.073 0.145 0.240 0.269 0.197 0.031 46 K 0.327 0.339 0.173 0.097 0.045 0.017 0.002 47 D 0.354 0.333 0.157 0.094 0.044 0.016 0.002 48 E 0.143 0.276 0.213 0.206 0.107 0.048 0.006 49 I 0.032 0.076 0.160 0.265 0.278 0.169 0.019 50 K 0.046 0.101 0.168 0.235 0.260 0.166 0.024 51 T 0.067 0.135 0.191 0.205 0.209 0.158 0.034 52 F 0.033 0.037 0.061 0.155 0.252 0.355 0.106 53 T 0.090 0.182 0.207 0.188 0.171 0.135 0.026 54 V 0.061 0.075 0.130 0.233 0.235 0.215 0.050 55 T 0.270 0.225 0.181 0.156 0.103 0.057 0.009 56 E 0.469 0.228 0.119 0.103 0.055 0.023 0.003