# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.05862 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.176 0.140 0.144 0.162 0.138 0.103 0.065 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 2 T 0.090 0.091 0.115 0.167 0.178 0.138 0.100 0.062 0.035 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 3 Y 0.026 0.017 0.028 0.054 0.106 0.150 0.200 0.169 0.117 0.063 0.039 0.020 0.009 0.003 4 K 0.049 0.044 0.059 0.110 0.161 0.142 0.121 0.120 0.092 0.047 0.030 0.014 0.007 0.004 5 L 0.014 0.007 0.010 0.017 0.029 0.052 0.092 0.119 0.139 0.176 0.167 0.123 0.037 0.017 6 I 0.016 0.016 0.022 0.029 0.050 0.076 0.099 0.140 0.148 0.154 0.125 0.071 0.036 0.017 7 L 0.038 0.033 0.036 0.049 0.081 0.089 0.105 0.129 0.156 0.115 0.082 0.049 0.028 0.011 8 N 0.061 0.068 0.091 0.154 0.165 0.132 0.125 0.080 0.056 0.033 0.018 0.010 0.004 0.003 9 L 0.027 0.031 0.057 0.097 0.151 0.160 0.164 0.125 0.084 0.058 0.025 0.013 0.005 0.003 10 K 0.195 0.206 0.173 0.152 0.115 0.070 0.041 0.020 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.362 0.253 0.157 0.093 0.064 0.033 0.019 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.111 0.097 0.146 0.190 0.188 0.130 0.078 0.034 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 K 0.232 0.185 0.159 0.146 0.123 0.075 0.046 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.451 0.237 0.124 0.080 0.055 0.028 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.369 0.256 0.142 0.101 0.061 0.035 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.069 0.069 0.112 0.161 0.206 0.168 0.105 0.065 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 17 I 0.072 0.055 0.070 0.119 0.185 0.170 0.136 0.102 0.052 0.026 0.010 0.003 0.002 0.001 18 K 0.226 0.213 0.156 0.170 0.098 0.063 0.035 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.169 0.151 0.159 0.155 0.130 0.099 0.066 0.035 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 20 L 0.045 0.028 0.047 0.084 0.157 0.179 0.178 0.138 0.076 0.033 0.020 0.010 0.004 0.001 21 V 0.099 0.066 0.071 0.107 0.159 0.147 0.124 0.107 0.065 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 22 D 0.127 0.097 0.106 0.151 0.151 0.126 0.099 0.068 0.039 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 23 A 0.051 0.045 0.065 0.108 0.185 0.150 0.124 0.100 0.085 0.050 0.022 0.010 0.004 0.002 24 G 0.285 0.184 0.171 0.146 0.081 0.065 0.037 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 T 0.150 0.154 0.169 0.171 0.147 0.096 0.059 0.027 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 A 0.039 0.031 0.041 0.088 0.173 0.211 0.173 0.137 0.069 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 27 E 0.122 0.234 0.228 0.195 0.110 0.065 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.454 0.263 0.144 0.061 0.033 0.020 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.043 0.043 0.081 0.169 0.248 0.188 0.110 0.069 0.030 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 30 I 0.052 0.032 0.044 0.085 0.148 0.182 0.183 0.150 0.076 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 31 K 0.195 0.211 0.171 0.141 0.108 0.071 0.052 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 32 L 0.210 0.125 0.138 0.154 0.133 0.089 0.052 0.043 0.029 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 33 I 0.057 0.045 0.076 0.140 0.190 0.173 0.137 0.087 0.048 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 34 A 0.078 0.057 0.089 0.136 0.177 0.164 0.111 0.089 0.053 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 35 N 0.188 0.159 0.140 0.139 0.124 0.101 0.076 0.038 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 36 A 0.294 0.202 0.155 0.131 0.090 0.053 0.033 0.018 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 37 K 0.356 0.208 0.133 0.112 0.081 0.048 0.028 0.013 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 T 0.211 0.143 0.140 0.140 0.125 0.098 0.068 0.035 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 39 V 0.087 0.053 0.084 0.109 0.156 0.158 0.153 0.098 0.048 0.027 0.014 0.007 0.004 0.001 40 E 0.225 0.176 0.129 0.132 0.112 0.074 0.055 0.040 0.030 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 41 G 0.116 0.064 0.078 0.099 0.124 0.129 0.111 0.097 0.075 0.046 0.030 0.019 0.009 0.003 42 V 0.101 0.087 0.097 0.136 0.151 0.127 0.104 0.080 0.052 0.031 0.019 0.008 0.004 0.002 43 W 0.111 0.057 0.071 0.088 0.130 0.124 0.105 0.103 0.083 0.056 0.038 0.021 0.010 0.004 44 T 0.111 0.094 0.126 0.169 0.164 0.126 0.085 0.057 0.036 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 45 L 0.063 0.051 0.078 0.124 0.166 0.153 0.132 0.097 0.064 0.037 0.019 0.010 0.004 0.002 46 K 0.264 0.223 0.158 0.133 0.085 0.058 0.044 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 47 D 0.332 0.228 0.165 0.103 0.065 0.045 0.031 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 48 E 0.119 0.154 0.164 0.161 0.152 0.104 0.066 0.040 0.023 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 49 I 0.044 0.032 0.052 0.094 0.172 0.174 0.152 0.130 0.074 0.040 0.019 0.011 0.005 0.001 50 K 0.048 0.053 0.072 0.112 0.147 0.145 0.131 0.117 0.076 0.049 0.028 0.012 0.007 0.003 51 T 0.065 0.040 0.048 0.083 0.117 0.113 0.109 0.134 0.115 0.073 0.054 0.028 0.014 0.007 52 F 0.020 0.016 0.020 0.029 0.053 0.075 0.115 0.123 0.142 0.134 0.130 0.093 0.036 0.015 53 T 0.063 0.040 0.053 0.075 0.108 0.110 0.110 0.128 0.116 0.083 0.058 0.032 0.016 0.008 54 V 0.041 0.023 0.027 0.044 0.076 0.090 0.113 0.135 0.131 0.121 0.103 0.059 0.025 0.013 55 T 0.058 0.047 0.060 0.093 0.135 0.145 0.128 0.127 0.083 0.059 0.035 0.017 0.007 0.005 56 E 0.082 0.085 0.099 0.136 0.158 0.130 0.096 0.080 0.058 0.039 0.021 0.010 0.004 0.002