# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.058 0.086 0.158 0.209 0.167 0.002 0.034 0.007 0.002 0.001 0.004 0.004 0.012 0.003 0.040 0.015 0.041 0.025 0.044 0.082 0.005 2 T 0.109 0.158 0.058 0.080 0.393 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.010 0.007 0.019 0.005 0.020 0.021 0.020 0.014 0.026 0.024 0.011 3 Y 0.266 0.296 0.097 0.081 0.100 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.010 0.012 0.040 0.009 0.032 0.008 0.007 0.004 0.007 0.005 0.012 4 K 0.359 0.350 0.038 0.045 0.056 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.013 0.016 0.051 0.015 0.015 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.022 5 L 0.386 0.344 0.021 0.031 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.027 0.075 0.029 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 6 I 0.387 0.340 0.021 0.036 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.024 0.072 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 7 L 0.367 0.318 0.029 0.055 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.028 0.069 0.043 0.015 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.018 8 N 0.207 0.278 0.035 0.087 0.105 0.001 0.009 0.010 0.002 0.001 0.014 0.022 0.055 0.050 0.049 0.019 0.013 0.006 0.008 0.011 0.017 9 L 0.096 0.122 0.057 0.090 0.136 0.003 0.037 0.032 0.006 0.003 0.010 0.012 0.024 0.033 0.131 0.041 0.059 0.031 0.027 0.041 0.009 10 K 0.033 0.030 0.075 0.065 0.085 0.014 0.068 0.126 0.007 0.002 0.006 0.006 0.009 0.014 0.062 0.031 0.199 0.043 0.045 0.076 0.004 11 Q 0.008 0.010 0.022 0.022 0.088 0.021 0.170 0.198 0.006 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.038 0.036 0.159 0.076 0.048 0.084 0.001 12 A 0.005 0.005 0.033 0.036 0.033 0.009 0.095 0.196 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.045 0.015 0.265 0.055 0.081 0.111 0.001 13 K 0.003 0.003 0.019 0.025 0.040 0.009 0.079 0.285 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.013 0.235 0.046 0.090 0.123 0.001 14 E 0.002 0.003 0.008 0.012 0.037 0.009 0.089 0.422 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.288 0.033 0.033 0.034 0.001 15 E 0.002 0.003 0.011 0.012 0.015 0.009 0.064 0.692 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.128 0.012 0.012 0.017 0.001 16 A 0.003 0.005 0.007 0.011 0.032 0.005 0.045 0.727 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.090 0.016 0.019 0.015 0.001 17 I 0.005 0.006 0.012 0.020 0.014 0.005 0.029 0.728 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.007 0.103 0.010 0.012 0.010 0.001 18 K 0.004 0.007 0.008 0.012 0.011 0.009 0.051 0.759 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.004 0.088 0.006 0.005 0.007 0.001 19 E 0.004 0.006 0.005 0.014 0.010 0.012 0.059 0.760 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.006 0.064 0.010 0.006 0.010 0.001 20 L 0.006 0.008 0.006 0.012 0.020 0.006 0.087 0.639 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.014 0.094 0.026 0.019 0.017 0.001 21 V 0.014 0.008 0.031 0.028 0.014 0.006 0.059 0.487 0.011 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.023 0.011 0.177 0.032 0.049 0.030 0.001 22 D 0.005 0.007 0.007 0.019 0.037 0.012 0.084 0.410 0.017 0.004 0.001 0.002 0.003 0.010 0.016 0.030 0.129 0.046 0.083 0.078 0.001 23 A 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.002 0.017 0.330 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.557 0.014 0.012 0.016 0.001 24 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.111 0.007 0.002 0.009 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.048 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.049 0.009 0.004 0.012 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.792 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.177 0.007 0.003 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.952 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.048 0.862 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.003 0.001 0.002 0.001 33 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.006 0.085 0.737 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.093 0.019 0.010 0.007 0.001 34 A 0.002 0.001 0.007 0.007 0.012 0.010 0.089 0.518 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.005 0.194 0.046 0.036 0.023 0.001 35 N 0.003 0.002 0.013 0.014 0.020 0.019 0.187 0.231 0.096 0.022 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.012 0.150 0.082 0.065 0.058 0.001 36 A 0.002 0.001 0.011 0.015 0.024 0.005 0.143 0.034 0.079 0.021 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.013 0.413 0.048 0.081 0.087 0.001 37 K 0.001 0.001 0.009 0.007 0.028 0.010 0.485 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.018 0.125 0.106 0.071 0.089 0.001 38 T 0.003 0.004 0.048 0.020 0.051 0.010 0.186 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.028 0.037 0.078 0.333 0.093 0.069 0.002 39 V 0.010 0.013 0.088 0.054 0.105 0.003 0.030 0.008 0.008 0.005 0.007 0.008 0.015 0.025 0.085 0.121 0.082 0.065 0.152 0.110 0.007 40 E 0.010 0.019 0.100 0.075 0.102 0.003 0.036 0.006 0.002 0.001 0.008 0.009 0.017 0.026 0.166 0.053 0.087 0.022 0.086 0.165 0.008 41 G 0.012 0.029 0.026 0.039 0.319 0.003 0.051 0.006 0.001 0.001 0.014 0.013 0.018 0.029 0.056 0.167 0.023 0.081 0.036 0.066 0.009 42 V 0.030 0.031 0.237 0.087 0.068 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.022 0.008 0.023 0.022 0.274 0.037 0.060 0.016 0.022 0.030 0.009 43 W 0.064 0.080 0.044 0.056 0.306 0.002 0.021 0.025 0.001 0.001 0.023 0.022 0.055 0.036 0.068 0.076 0.026 0.018 0.039 0.026 0.014 44 T 0.078 0.080 0.163 0.129 0.128 0.002 0.016 0.035 0.001 0.001 0.017 0.015 0.033 0.018 0.094 0.036 0.020 0.016 0.051 0.054 0.013 45 L 0.056 0.052 0.053 0.063 0.358 0.001 0.015 0.050 0.002 0.001 0.010 0.005 0.015 0.006 0.039 0.028 0.135 0.037 0.037 0.028 0.008 46 K 0.049 0.049 0.134 0.119 0.103 0.007 0.074 0.143 0.008 0.003 0.004 0.006 0.010 0.007 0.075 0.010 0.106 0.014 0.042 0.034 0.004 47 D 0.032 0.044 0.040 0.057 0.181 0.020 0.144 0.145 0.010 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.031 0.015 0.192 0.023 0.017 0.033 0.001 48 E 0.041 0.050 0.074 0.112 0.102 0.009 0.236 0.054 0.009 0.012 0.002 0.003 0.007 0.004 0.038 0.009 0.139 0.035 0.022 0.040 0.002 49 I 0.047 0.068 0.037 0.051 0.301 0.004 0.171 0.022 0.003 0.002 0.006 0.007 0.012 0.008 0.019 0.036 0.042 0.040 0.057 0.063 0.003 50 K 0.060 0.073 0.269 0.281 0.042 0.004 0.023 0.009 0.002 0.001 0.004 0.006 0.019 0.013 0.081 0.006 0.027 0.019 0.018 0.037 0.007 51 T 0.056 0.079 0.011 0.028 0.577 0.001 0.012 0.004 0.002 0.001 0.014 0.012 0.021 0.013 0.011 0.072 0.009 0.010 0.033 0.016 0.017 52 F 0.074 0.085 0.265 0.184 0.040 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.011 0.011 0.041 0.017 0.197 0.006 0.007 0.005 0.016 0.024 0.009 53 T 0.058 0.085 0.022 0.071 0.445 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.028 0.016 0.025 0.016 0.021 0.087 0.011 0.021 0.033 0.020 0.028 54 V 0.079 0.079 0.144 0.128 0.103 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.014 0.014 0.047 0.020 0.241 0.023 0.017 0.009 0.032 0.028 0.010 55 T 0.047 0.063 0.061 0.150 0.257 0.001 0.017 0.010 0.001 0.001 0.012 0.012 0.021 0.016 0.068 0.051 0.021 0.022 0.069 0.091 0.009 56 E 0.039 0.026 0.081 0.091 0.340 0.002 0.014 0.011 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.003 0.090 0.024 0.130 0.021 0.042 0.067 0.003