# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.034 0.007 0.370 0.023 0.003 0.004 0.002 0.001 0.013 0.096 0.016 0.317 0.113 2 T 0.089 0.005 0.286 0.028 0.002 0.004 0.009 0.001 0.024 0.029 0.010 0.072 0.439 3 Y 0.274 0.003 0.067 0.045 0.003 0.009 0.039 0.006 0.052 0.022 0.005 0.331 0.144 4 K 0.478 0.001 0.024 0.075 0.001 0.005 0.063 0.015 0.022 0.005 0.002 0.119 0.190 5 L 0.596 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.123 0.024 0.031 0.001 0.001 0.103 0.115 6 I 0.668 0.001 0.004 0.021 0.001 0.002 0.114 0.027 0.022 0.001 0.001 0.048 0.090 7 L 0.507 0.002 0.016 0.008 0.001 0.002 0.041 0.009 0.036 0.003 0.002 0.248 0.124 8 N 0.131 0.006 0.155 0.066 0.005 0.008 0.025 0.005 0.063 0.054 0.047 0.093 0.342 9 L 0.029 0.008 0.334 0.016 0.024 0.032 0.004 0.002 0.012 0.212 0.146 0.052 0.128 10 K 0.015 0.012 0.191 0.015 0.092 0.143 0.003 0.001 0.016 0.140 0.184 0.139 0.049 11 Q 0.017 0.032 0.157 0.004 0.114 0.281 0.003 0.002 0.009 0.071 0.124 0.027 0.159 12 A 0.007 0.024 0.257 0.014 0.067 0.397 0.002 0.001 0.010 0.094 0.052 0.043 0.032 13 K 0.005 0.012 0.168 0.010 0.048 0.550 0.001 0.001 0.003 0.060 0.093 0.011 0.039 14 E 0.003 0.005 0.040 0.006 0.067 0.776 0.001 0.001 0.001 0.024 0.058 0.007 0.012 15 E 0.003 0.003 0.027 0.004 0.040 0.850 0.001 0.001 0.001 0.016 0.034 0.007 0.015 16 A 0.003 0.003 0.038 0.003 0.025 0.868 0.001 0.001 0.002 0.013 0.023 0.007 0.014 17 I 0.002 0.002 0.019 0.003 0.022 0.918 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.003 0.008 18 K 0.002 0.001 0.010 0.005 0.030 0.909 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.003 0.003 19 E 0.002 0.001 0.007 0.001 0.021 0.898 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.002 0.003 20 L 0.003 0.002 0.014 0.001 0.015 0.892 0.001 0.001 0.003 0.012 0.049 0.002 0.007 21 V 0.006 0.006 0.057 0.003 0.016 0.814 0.002 0.002 0.008 0.032 0.033 0.010 0.012 22 D 0.003 0.005 0.177 0.003 0.016 0.661 0.001 0.001 0.008 0.065 0.040 0.007 0.015 23 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.011 0.037 0.001 0.001 24 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.914 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.014 0.001 0.020 0.943 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 35 N 0.001 0.001 0.026 0.001 0.011 0.805 0.001 0.001 0.001 0.025 0.125 0.002 0.003 36 A 0.001 0.001 0.042 0.003 0.032 0.274 0.001 0.001 0.001 0.097 0.543 0.003 0.003 37 K 0.002 0.003 0.065 0.006 0.077 0.116 0.001 0.001 0.002 0.120 0.592 0.006 0.011 38 T 0.011 0.018 0.194 0.005 0.053 0.062 0.003 0.003 0.020 0.174 0.364 0.032 0.061 39 V 0.023 0.023 0.385 0.014 0.019 0.043 0.008 0.009 0.067 0.144 0.093 0.062 0.109 40 E 0.020 0.019 0.228 0.083 0.017 0.035 0.009 0.008 0.042 0.177 0.204 0.101 0.056 41 G 0.042 0.014 0.185 0.038 0.017 0.028 0.011 0.013 0.038 0.228 0.148 0.080 0.157 42 V 0.120 0.015 0.181 0.041 0.026 0.044 0.023 0.012 0.052 0.098 0.048 0.157 0.184 43 W 0.204 0.013 0.073 0.007 0.016 0.024 0.067 0.015 0.059 0.023 0.014 0.116 0.370 44 T 0.159 0.025 0.153 0.050 0.018 0.028 0.033 0.015 0.031 0.044 0.021 0.263 0.161 45 L 0.101 0.020 0.219 0.027 0.032 0.085 0.014 0.005 0.023 0.076 0.048 0.086 0.263 46 K 0.037 0.009 0.217 0.098 0.149 0.078 0.007 0.002 0.011 0.089 0.188 0.051 0.064 47 D 0.035 0.007 0.099 0.043 0.282 0.078 0.004 0.002 0.007 0.076 0.255 0.041 0.071 48 E 0.058 0.014 0.181 0.030 0.137 0.053 0.006 0.002 0.018 0.104 0.168 0.102 0.128 49 I 0.109 0.012 0.214 0.057 0.080 0.030 0.014 0.006 0.024 0.058 0.073 0.039 0.283 50 K 0.057 0.009 0.081 0.055 0.009 0.015 0.011 0.006 0.056 0.066 0.023 0.579 0.031 51 T 0.070 0.010 0.070 0.011 0.005 0.008 0.019 0.014 0.050 0.022 0.019 0.012 0.690 52 F 0.066 0.004 0.068 0.038 0.003 0.005 0.019 0.012 0.080 0.022 0.006 0.652 0.024 53 T 0.082 0.010 0.102 0.010 0.003 0.006 0.030 0.012 0.100 0.021 0.009 0.055 0.562 54 V 0.077 0.024 0.301 0.017 0.006 0.008 0.021 0.013 0.065 0.047 0.015 0.250 0.156 55 T 0.027 0.015 0.499 0.029 0.005 0.008 0.008 0.003 0.054 0.078 0.025 0.111 0.139 56 E 0.014 0.017 0.487 0.006 0.020 0.019 0.003 0.001 0.018 0.156 0.074 0.046 0.138