# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.097 0.118 0.143 0.464 0.001 0.074 0.004 0.003 0.006 0.002 0.022 0.025 0.031 0.001 0.002 0.008 2 T 0.012 0.118 0.267 0.555 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.004 3 Y 0.006 0.016 0.135 0.817 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.006 0.096 0.890 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.017 0.969 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.008 0.014 0.842 0.104 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.030 0.003 0.723 0.174 0.047 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 N 0.001 0.062 0.006 0.222 0.020 0.423 0.001 0.197 0.012 0.030 0.014 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 9 L 0.010 0.045 0.005 0.049 0.009 0.185 0.002 0.021 0.047 0.055 0.534 0.022 0.012 0.001 0.001 0.005 10 K 0.043 0.180 0.024 0.049 0.002 0.016 0.002 0.010 0.008 0.002 0.148 0.487 0.020 0.001 0.005 0.003 11 Q 0.025 0.045 0.201 0.101 0.007 0.081 0.013 0.004 0.012 0.005 0.031 0.230 0.191 0.005 0.008 0.040 12 A 0.016 0.028 0.161 0.057 0.016 0.136 0.036 0.007 0.002 0.002 0.091 0.058 0.369 0.005 0.005 0.010 13 K 0.004 0.093 0.023 0.038 0.001 0.132 0.004 0.021 0.003 0.002 0.095 0.151 0.416 0.001 0.009 0.006 14 E 0.009 0.022 0.019 0.061 0.001 0.033 0.003 0.002 0.016 0.004 0.142 0.106 0.550 0.002 0.003 0.026 15 E 0.022 0.025 0.068 0.062 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 0.133 0.631 0.001 0.005 0.011 16 A 0.004 0.009 0.062 0.042 0.001 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.764 0.002 0.001 0.015 17 I 0.001 0.011 0.016 0.023 0.002 0.078 0.009 0.001 0.001 0.001 0.040 0.018 0.794 0.004 0.001 0.002 18 K 0.001 0.113 0.020 0.072 0.001 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.013 0.077 0.650 0.004 0.013 0.008 19 E 0.006 0.007 0.027 0.119 0.001 0.013 0.004 0.002 0.005 0.001 0.018 0.017 0.701 0.006 0.014 0.060 20 L 0.028 0.016 0.194 0.055 0.008 0.016 0.043 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.496 0.030 0.006 0.079 21 V 0.013 0.081 0.249 0.315 0.002 0.013 0.006 0.011 0.001 0.001 0.005 0.017 0.244 0.002 0.024 0.018 22 D 0.002 0.003 0.007 0.013 0.016 0.740 0.012 0.001 0.001 0.009 0.006 0.008 0.169 0.004 0.001 0.008 23 A 0.003 0.008 0.002 0.002 0.001 0.027 0.001 0.010 0.001 0.001 0.829 0.008 0.107 0.001 0.002 0.001 24 G 0.001 0.012 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.880 0.069 0.001 0.001 0.002 25 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.930 0.001 0.001 0.002 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.090 0.905 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.002 0.003 33 I 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.816 0.059 0.013 0.056 34 A 0.003 0.007 0.049 0.011 0.003 0.004 0.071 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.676 0.043 0.073 0.051 35 N 0.008 0.015 0.042 0.008 0.018 0.038 0.072 0.013 0.002 0.004 0.014 0.005 0.469 0.147 0.049 0.098 36 A 0.035 0.031 0.025 0.008 0.010 0.019 0.076 0.043 0.011 0.006 0.144 0.013 0.154 0.209 0.157 0.059 37 K 0.043 0.139 0.069 0.014 0.001 0.010 0.018 0.029 0.036 0.007 0.028 0.069 0.058 0.006 0.343 0.129 38 T 0.165 0.040 0.233 0.026 0.002 0.007 0.010 0.001 0.050 0.006 0.004 0.013 0.029 0.003 0.005 0.409 39 V 0.233 0.008 0.267 0.026 0.053 0.097 0.250 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.016 0.019 0.001 0.005 40 E 0.005 0.462 0.199 0.125 0.001 0.009 0.001 0.150 0.002 0.001 0.005 0.007 0.005 0.001 0.028 0.003 41 G 0.006 0.010 0.026 0.720 0.001 0.022 0.001 0.002 0.120 0.037 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.031 42 V 0.226 0.020 0.393 0.333 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 43 W 0.002 0.007 0.116 0.833 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 44 T 0.003 0.028 0.022 0.564 0.069 0.287 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 45 L 0.004 0.058 0.006 0.194 0.098 0.443 0.004 0.032 0.003 0.003 0.130 0.010 0.012 0.002 0.001 0.001 46 K 0.003 0.232 0.020 0.129 0.012 0.077 0.004 0.126 0.022 0.009 0.173 0.157 0.020 0.002 0.010 0.003 47 D 0.018 0.079 0.036 0.090 0.008 0.133 0.014 0.023 0.071 0.027 0.117 0.172 0.156 0.005 0.017 0.034 48 E 0.064 0.106 0.198 0.079 0.007 0.033 0.049 0.007 0.013 0.002 0.112 0.085 0.157 0.016 0.016 0.055 49 I 0.035 0.144 0.375 0.190 0.002 0.022 0.016 0.008 0.007 0.002 0.005 0.049 0.066 0.003 0.038 0.039 50 K 0.034 0.043 0.405 0.360 0.003 0.013 0.011 0.002 0.008 0.003 0.004 0.002 0.025 0.004 0.003 0.080 51 T 0.062 0.020 0.300 0.540 0.002 0.040 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.006 52 F 0.009 0.048 0.162 0.750 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 53 T 0.006 0.011 0.027 0.908 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.004 0.036 0.062 0.677 0.038 0.149 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 55 T 0.002 0.133 0.017 0.388 0.088 0.275 0.005 0.018 0.004 0.003 0.035 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 56 E 0.005 0.163 0.031 0.218 0.094 0.142 0.018 0.061 0.015 0.010 0.166 0.040 0.020 0.008 0.006 0.005