# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.012 0.015 0.002 0.043 0.079 0.252 0.121 0.003 0.001 0.043 0.430 2 T 0.008 0.009 0.002 0.049 0.093 0.258 0.089 0.002 0.001 0.072 0.418 3 Y 0.003 0.006 0.001 0.084 0.290 0.350 0.037 0.001 0.001 0.052 0.177 4 K 0.003 0.005 0.001 0.119 0.230 0.371 0.027 0.001 0.001 0.071 0.173 5 L 0.001 0.002 0.001 0.168 0.356 0.363 0.011 0.001 0.001 0.031 0.067 6 I 0.006 0.004 0.001 0.167 0.303 0.333 0.020 0.001 0.001 0.036 0.130 7 L 0.008 0.006 0.002 0.179 0.345 0.215 0.028 0.001 0.001 0.027 0.188 8 N 0.044 0.063 0.002 0.132 0.164 0.209 0.056 0.006 0.001 0.041 0.280 9 L 0.134 0.116 0.002 0.039 0.037 0.059 0.089 0.010 0.001 0.047 0.465 10 K 0.057 0.162 0.005 0.050 0.048 0.052 0.095 0.006 0.001 0.049 0.475 11 Q 0.070 0.274 0.003 0.042 0.023 0.047 0.082 0.004 0.001 0.032 0.421 12 A 0.062 0.447 0.005 0.014 0.021 0.016 0.055 0.008 0.001 0.056 0.317 13 K 0.048 0.796 0.001 0.005 0.005 0.007 0.015 0.009 0.001 0.018 0.096 14 E 0.038 0.768 0.002 0.005 0.005 0.009 0.020 0.003 0.001 0.036 0.115 15 E 0.021 0.750 0.006 0.009 0.016 0.018 0.022 0.003 0.001 0.024 0.133 16 A 0.041 0.722 0.010 0.008 0.009 0.011 0.023 0.007 0.002 0.035 0.133 17 I 0.073 0.824 0.004 0.002 0.003 0.003 0.012 0.014 0.001 0.017 0.046 18 K 0.068 0.782 0.005 0.004 0.003 0.003 0.016 0.009 0.001 0.018 0.090 19 E 0.038 0.707 0.008 0.008 0.004 0.007 0.020 0.005 0.001 0.026 0.177 20 L 0.059 0.573 0.009 0.010 0.006 0.010 0.046 0.009 0.001 0.055 0.222 21 V 0.007 0.051 0.004 0.007 0.004 0.004 0.057 0.001 0.001 0.758 0.106 22 D 0.009 0.816 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 0.001 0.091 0.054 23 A 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.010 24 G 0.005 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.025 25 T 0.002 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.061 0.018 26 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.003 27 E 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 28 K 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 29 Y 0.008 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.018 0.015 30 I 0.015 0.892 0.007 0.005 0.001 0.005 0.009 0.007 0.001 0.040 0.019 31 K 0.026 0.563 0.008 0.007 0.005 0.007 0.035 0.004 0.002 0.229 0.114 32 L 0.053 0.522 0.018 0.014 0.009 0.013 0.052 0.008 0.004 0.091 0.216 33 I 0.142 0.275 0.036 0.018 0.012 0.017 0.082 0.027 0.010 0.107 0.273 34 A 0.129 0.048 0.065 0.017 0.009 0.014 0.100 0.011 0.038 0.104 0.464 35 N 0.222 0.028 0.002 0.009 0.005 0.011 0.074 0.007 0.001 0.024 0.618 36 A 0.081 0.009 0.001 0.008 0.004 0.007 0.073 0.003 0.001 0.018 0.795 37 K 0.025 0.007 0.004 0.032 0.016 0.026 0.152 0.002 0.001 0.025 0.710 38 T 0.028 0.007 0.001 0.028 0.014 0.040 0.121 0.002 0.001 0.041 0.717 39 V 0.067 0.008 0.001 0.038 0.072 0.057 0.132 0.004 0.001 0.050 0.572 40 E 0.016 0.009 0.001 0.109 0.029 0.074 0.134 0.002 0.001 0.070 0.556 41 G 0.015 0.020 0.001 0.101 0.053 0.173 0.103 0.002 0.001 0.063 0.469 42 V 0.017 0.021 0.001 0.099 0.146 0.188 0.080 0.002 0.001 0.044 0.401 43 W 0.008 0.025 0.002 0.137 0.187 0.258 0.060 0.001 0.001 0.027 0.296 44 T 0.025 0.096 0.005 0.087 0.181 0.232 0.051 0.005 0.001 0.036 0.281 45 L 0.192 0.132 0.009 0.024 0.105 0.086 0.051 0.026 0.003 0.063 0.308 46 K 0.276 0.124 0.008 0.012 0.053 0.054 0.065 0.021 0.004 0.064 0.319 47 D 0.095 0.026 0.006 0.017 0.034 0.090 0.111 0.004 0.001 0.130 0.485 48 E 0.016 0.018 0.005 0.039 0.101 0.243 0.091 0.004 0.001 0.093 0.388 49 I 0.022 0.007 0.003 0.032 0.106 0.154 0.081 0.005 0.001 0.092 0.496 50 K 0.007 0.006 0.002 0.052 0.239 0.277 0.050 0.002 0.001 0.053 0.311 51 T 0.007 0.005 0.001 0.065 0.122 0.255 0.051 0.002 0.001 0.082 0.410 52 F 0.003 0.002 0.001 0.101 0.327 0.332 0.031 0.001 0.001 0.039 0.162 53 T 0.005 0.003 0.001 0.107 0.223 0.339 0.039 0.001 0.001 0.066 0.216 54 V 0.007 0.003 0.001 0.138 0.235 0.221 0.055 0.002 0.001 0.042 0.295 55 T 0.076 0.013 0.002 0.104 0.132 0.147 0.079 0.007 0.002 0.080 0.359 56 E 0.061 0.016 0.002 0.037 0.038 0.064 0.125 0.005 0.001 0.053 0.598