# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.012 0.028 0.061 0.151 0.331 0.091 0.057 0.269 2 T 0.009 0.027 0.084 0.128 0.358 0.064 0.079 0.251 3 Y 0.006 0.011 0.062 0.339 0.342 0.041 0.063 0.136 4 K 0.002 0.004 0.140 0.279 0.344 0.026 0.106 0.099 5 L 0.002 0.008 0.205 0.258 0.392 0.017 0.050 0.068 6 I 0.005 0.011 0.243 0.243 0.377 0.017 0.025 0.080 7 L 0.008 0.008 0.293 0.315 0.220 0.024 0.034 0.097 8 N 0.056 0.100 0.106 0.147 0.224 0.061 0.064 0.243 9 L 0.143 0.164 0.052 0.034 0.060 0.081 0.058 0.408 10 K 0.043 0.183 0.034 0.045 0.042 0.105 0.050 0.499 11 Q 0.056 0.319 0.018 0.016 0.020 0.066 0.058 0.447 12 A 0.067 0.476 0.013 0.019 0.018 0.050 0.100 0.256 13 K 0.055 0.656 0.005 0.009 0.012 0.024 0.107 0.131 14 E 0.031 0.704 0.004 0.006 0.008 0.017 0.096 0.132 15 E 0.015 0.657 0.011 0.023 0.026 0.038 0.072 0.158 16 A 0.031 0.565 0.020 0.024 0.035 0.042 0.133 0.150 17 I 0.075 0.533 0.011 0.016 0.023 0.043 0.159 0.139 18 K 0.066 0.454 0.016 0.018 0.023 0.037 0.191 0.196 19 E 0.020 0.646 0.015 0.017 0.025 0.037 0.053 0.187 20 L 0.036 0.412 0.042 0.016 0.033 0.074 0.062 0.326 21 V 0.026 0.100 0.059 0.040 0.022 0.053 0.538 0.162 22 D 0.047 0.664 0.008 0.003 0.004 0.019 0.181 0.073 23 A 0.024 0.853 0.004 0.001 0.002 0.015 0.025 0.077 24 G 0.007 0.829 0.009 0.006 0.005 0.020 0.028 0.097 25 T 0.013 0.937 0.002 0.001 0.001 0.004 0.028 0.014 26 A 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.005 27 E 0.005 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.010 28 K 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.019 29 Y 0.004 0.952 0.005 0.001 0.001 0.003 0.025 0.009 30 I 0.022 0.914 0.006 0.002 0.002 0.004 0.037 0.014 31 K 0.029 0.533 0.028 0.012 0.008 0.025 0.253 0.112 32 L 0.046 0.685 0.016 0.009 0.008 0.024 0.064 0.148 33 I 0.172 0.234 0.047 0.020 0.029 0.074 0.148 0.277 34 A 0.038 0.014 0.031 0.014 0.012 0.104 0.133 0.655 35 N 0.241 0.029 0.007 0.011 0.009 0.056 0.136 0.510 36 A 0.044 0.009 0.005 0.004 0.006 0.099 0.024 0.809 37 K 0.008 0.005 0.065 0.021 0.067 0.268 0.032 0.534 38 T 0.023 0.005 0.024 0.012 0.027 0.108 0.042 0.760 39 V 0.092 0.018 0.074 0.078 0.040 0.131 0.091 0.476 40 E 0.030 0.015 0.091 0.038 0.094 0.111 0.083 0.538 41 G 0.035 0.028 0.089 0.075 0.171 0.086 0.137 0.378 42 V 0.019 0.029 0.123 0.143 0.150 0.098 0.038 0.401 43 W 0.009 0.018 0.110 0.197 0.197 0.067 0.033 0.370 44 T 0.031 0.101 0.058 0.139 0.193 0.072 0.120 0.286 45 L 0.138 0.094 0.088 0.088 0.093 0.064 0.206 0.229 46 K 0.407 0.056 0.013 0.051 0.070 0.048 0.084 0.273 47 D 0.123 0.021 0.015 0.030 0.040 0.056 0.113 0.602 48 E 0.017 0.013 0.029 0.051 0.190 0.158 0.050 0.492 49 I 0.011 0.004 0.025 0.053 0.171 0.080 0.059 0.596 50 K 0.013 0.005 0.038 0.266 0.217 0.084 0.048 0.330 51 T 0.005 0.003 0.089 0.111 0.275 0.063 0.081 0.373 52 F 0.006 0.004 0.093 0.272 0.359 0.045 0.051 0.169 53 T 0.009 0.005 0.215 0.215 0.300 0.033 0.050 0.173 54 V 0.018 0.007 0.104 0.236 0.210 0.047 0.052 0.325 55 T 0.045 0.017 0.103 0.147 0.177 0.070 0.087 0.355 56 E 0.057 0.016 0.034 0.080 0.114 0.097 0.054 0.549