# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.366 0.149 0.047 0.121 0.094 0.071 0.070 0.036 0.025 0.014 0.008 2 T 0.127 0.137 0.059 0.210 0.194 0.106 0.078 0.036 0.029 0.015 0.008 3 Y 0.009 0.009 0.012 0.035 0.046 0.095 0.181 0.175 0.193 0.139 0.106 4 K 0.010 0.042 0.058 0.214 0.229 0.187 0.135 0.057 0.039 0.021 0.008 5 L 0.001 0.005 0.014 0.016 0.022 0.031 0.093 0.219 0.233 0.215 0.151 6 I 0.004 0.010 0.030 0.055 0.052 0.059 0.138 0.154 0.180 0.197 0.119 7 L 0.002 0.005 0.019 0.018 0.019 0.036 0.095 0.155 0.215 0.261 0.176 8 N 0.014 0.115 0.112 0.231 0.192 0.117 0.115 0.047 0.029 0.020 0.008 9 L 0.017 0.020 0.018 0.058 0.068 0.127 0.232 0.164 0.149 0.095 0.054 10 K 0.458 0.147 0.092 0.146 0.086 0.026 0.020 0.009 0.007 0.006 0.002 11 Q 0.199 0.206 0.091 0.237 0.149 0.051 0.039 0.014 0.007 0.004 0.002 12 A 0.007 0.017 0.013 0.025 0.019 0.047 0.108 0.107 0.213 0.227 0.216 13 K 0.030 0.153 0.080 0.223 0.207 0.127 0.119 0.034 0.017 0.008 0.003 14 E 0.359 0.135 0.254 0.139 0.052 0.029 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 15 E 0.216 0.074 0.144 0.220 0.137 0.116 0.063 0.015 0.008 0.005 0.002 16 A 0.005 0.015 0.021 0.044 0.042 0.070 0.190 0.189 0.183 0.139 0.101 17 I 0.001 0.006 0.029 0.033 0.053 0.086 0.179 0.193 0.169 0.144 0.107 18 K 0.023 0.048 0.535 0.208 0.106 0.045 0.020 0.007 0.004 0.004 0.001 19 E 0.072 0.082 0.288 0.259 0.145 0.091 0.046 0.009 0.005 0.003 0.001 20 L 0.014 0.014 0.016 0.042 0.050 0.084 0.181 0.201 0.174 0.123 0.101 21 V 0.008 0.011 0.021 0.020 0.023 0.045 0.121 0.150 0.207 0.245 0.150 22 D 0.009 0.105 0.341 0.202 0.151 0.061 0.060 0.028 0.020 0.016 0.005 23 A 0.007 0.018 0.042 0.057 0.067 0.150 0.235 0.151 0.137 0.079 0.057 24 G 0.578 0.092 0.096 0.098 0.053 0.025 0.026 0.011 0.009 0.009 0.003 25 T 0.064 0.179 0.073 0.247 0.201 0.099 0.080 0.029 0.016 0.008 0.004 26 A 0.001 0.003 0.005 0.007 0.007 0.017 0.057 0.106 0.238 0.246 0.313 27 E 0.021 0.037 0.125 0.246 0.254 0.144 0.113 0.033 0.015 0.009 0.002 28 K 0.068 0.078 0.548 0.177 0.060 0.035 0.020 0.007 0.004 0.003 0.001 29 Y 0.005 0.010 0.032 0.073 0.099 0.222 0.311 0.107 0.078 0.043 0.020 30 I 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.011 0.061 0.124 0.244 0.275 0.270 31 K 0.001 0.008 0.172 0.179 0.304 0.139 0.112 0.041 0.024 0.016 0.004 32 L 0.004 0.017 0.417 0.148 0.152 0.099 0.095 0.031 0.021 0.011 0.004 33 I 0.005 0.011 0.040 0.041 0.047 0.099 0.282 0.156 0.150 0.106 0.063 34 A 0.004 0.005 0.012 0.009 0.009 0.023 0.091 0.161 0.232 0.245 0.208 35 N 0.022 0.083 0.193 0.274 0.203 0.093 0.069 0.032 0.016 0.011 0.005 36 A 0.117 0.114 0.123 0.196 0.163 0.118 0.094 0.036 0.022 0.011 0.006 37 K 0.442 0.187 0.060 0.114 0.081 0.045 0.039 0.014 0.010 0.006 0.003 38 T 0.183 0.126 0.032 0.121 0.099 0.088 0.122 0.081 0.071 0.045 0.032 39 V 0.007 0.012 0.012 0.021 0.020 0.036 0.080 0.116 0.207 0.218 0.273 40 E 0.102 0.355 0.113 0.236 0.128 0.032 0.018 0.007 0.004 0.003 0.001 41 G 0.235 0.121 0.053 0.084 0.076 0.079 0.102 0.082 0.070 0.057 0.041 42 V 0.109 0.128 0.041 0.235 0.204 0.120 0.073 0.032 0.029 0.020 0.010 43 W 0.035 0.027 0.024 0.050 0.053 0.067 0.150 0.187 0.176 0.130 0.101 44 T 0.050 0.151 0.105 0.219 0.183 0.090 0.084 0.047 0.034 0.028 0.009 45 L 0.019 0.037 0.037 0.066 0.059 0.118 0.168 0.137 0.151 0.117 0.090 46 K 0.366 0.218 0.097 0.183 0.075 0.026 0.017 0.008 0.005 0.003 0.001 47 D 0.453 0.157 0.063 0.120 0.078 0.051 0.039 0.018 0.012 0.007 0.003 48 E 0.199 0.135 0.065 0.188 0.151 0.094 0.075 0.036 0.029 0.017 0.009 49 I 0.066 0.059 0.072 0.137 0.123 0.137 0.161 0.083 0.083 0.052 0.027 50 K 0.021 0.044 0.108 0.147 0.150 0.151 0.157 0.098 0.067 0.039 0.017 51 T 0.058 0.108 0.146 0.230 0.157 0.105 0.095 0.040 0.033 0.020 0.008 52 F 0.018 0.020 0.026 0.035 0.052 0.073 0.154 0.188 0.185 0.150 0.099 53 T 0.161 0.209 0.106 0.184 0.130 0.066 0.062 0.032 0.023 0.019 0.007 54 V 0.033 0.025 0.030 0.049 0.051 0.073 0.144 0.140 0.169 0.162 0.122 55 T 0.238 0.338 0.086 0.168 0.104 0.027 0.019 0.010 0.006 0.004 0.002 56 E 0.383 0.157 0.050 0.109 0.094 0.061 0.064 0.036 0.024 0.014 0.007