# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.047 0.006 0.002 0.030 0.059 0.081 0.096 0.001 0.001 0.004 0.674 2 T 0.021 0.002 0.001 0.024 0.038 0.059 0.102 0.001 0.001 0.002 0.750 3 Y 0.052 0.006 0.002 0.077 0.132 0.246 0.075 0.001 0.001 0.003 0.407 4 K 0.037 0.009 0.002 0.231 0.208 0.229 0.097 0.001 0.001 0.007 0.179 5 L 0.011 0.008 0.001 0.155 0.335 0.279 0.046 0.001 0.001 0.002 0.164 6 I 0.005 0.012 0.001 0.348 0.204 0.362 0.011 0.001 0.001 0.002 0.056 7 L 0.007 0.020 0.001 0.190 0.303 0.393 0.018 0.001 0.001 0.003 0.064 8 N 0.006 0.043 0.001 0.099 0.205 0.267 0.092 0.001 0.001 0.002 0.283 9 L 0.024 0.053 0.002 0.104 0.094 0.329 0.039 0.002 0.001 0.004 0.349 10 K 0.027 0.052 0.004 0.029 0.040 0.083 0.273 0.001 0.001 0.006 0.484 11 Q 0.088 0.043 0.006 0.012 0.014 0.018 0.233 0.002 0.001 0.013 0.570 12 A 0.127 0.322 0.011 0.017 0.022 0.058 0.064 0.004 0.001 0.005 0.369 13 K 0.050 0.363 0.008 0.014 0.019 0.042 0.080 0.003 0.001 0.004 0.418 14 E 0.083 0.333 0.006 0.006 0.009 0.017 0.066 0.005 0.001 0.003 0.473 15 E 0.133 0.534 0.004 0.004 0.007 0.010 0.043 0.007 0.001 0.003 0.255 16 A 0.099 0.563 0.012 0.005 0.006 0.009 0.033 0.009 0.001 0.001 0.262 17 I 0.050 0.733 0.018 0.011 0.009 0.022 0.016 0.005 0.001 0.001 0.136 18 K 0.027 0.774 0.006 0.011 0.014 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.138 19 E 0.057 0.647 0.004 0.015 0.014 0.014 0.023 0.013 0.001 0.001 0.213 20 L 0.086 0.712 0.006 0.015 0.006 0.011 0.009 0.012 0.001 0.001 0.140 21 V 0.053 0.741 0.015 0.031 0.011 0.016 0.018 0.008 0.001 0.001 0.106 22 D 0.047 0.644 0.020 0.029 0.021 0.022 0.032 0.012 0.001 0.002 0.169 23 A 0.081 0.498 0.014 0.045 0.007 0.016 0.015 0.011 0.001 0.002 0.312 24 G 0.055 0.291 0.013 0.012 0.003 0.006 0.207 0.007 0.001 0.004 0.401 25 T 0.189 0.250 0.021 0.008 0.002 0.003 0.229 0.007 0.001 0.008 0.283 26 A 0.065 0.655 0.027 0.009 0.001 0.005 0.023 0.005 0.001 0.002 0.210 27 E 0.012 0.652 0.013 0.006 0.002 0.004 0.068 0.002 0.001 0.001 0.239 28 K 0.026 0.731 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 0.001 0.001 0.197 29 Y 0.016 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.054 30 I 0.006 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 31 K 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 32 L 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 33 I 0.032 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.013 34 A 0.033 0.931 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.014 35 N 0.045 0.807 0.016 0.005 0.008 0.005 0.007 0.040 0.001 0.001 0.066 36 A 0.167 0.529 0.020 0.014 0.008 0.009 0.019 0.062 0.001 0.002 0.170 37 K 0.276 0.267 0.038 0.024 0.011 0.013 0.075 0.071 0.001 0.007 0.218 38 T 0.275 0.033 0.123 0.035 0.009 0.009 0.090 0.031 0.001 0.013 0.381 39 V 0.095 0.036 0.205 0.101 0.047 0.046 0.191 0.005 0.001 0.005 0.270 40 E 0.024 0.019 0.006 0.143 0.076 0.122 0.093 0.002 0.001 0.013 0.502 41 G 0.027 0.013 0.007 0.077 0.056 0.104 0.094 0.005 0.001 0.008 0.610 42 V 0.233 0.011 0.008 0.132 0.108 0.155 0.100 0.001 0.001 0.005 0.247 43 W 0.023 0.006 0.002 0.057 0.071 0.077 0.112 0.001 0.001 0.002 0.650 44 T 0.025 0.008 0.003 0.082 0.143 0.318 0.099 0.001 0.001 0.003 0.319 45 L 0.048 0.024 0.002 0.113 0.128 0.286 0.066 0.001 0.001 0.004 0.329 46 K 0.017 0.040 0.001 0.052 0.108 0.191 0.220 0.001 0.001 0.006 0.363 47 D 0.023 0.031 0.001 0.022 0.065 0.106 0.189 0.001 0.001 0.011 0.551 48 E 0.165 0.089 0.003 0.028 0.051 0.117 0.168 0.004 0.001 0.010 0.366 49 I 0.323 0.133 0.014 0.027 0.055 0.087 0.162 0.006 0.001 0.016 0.178 50 K 0.215 0.144 0.018 0.056 0.202 0.165 0.035 0.011 0.001 0.014 0.140 51 T 0.072 0.032 0.034 0.041 0.052 0.089 0.043 0.016 0.001 0.003 0.618 52 F 0.093 0.010 0.011 0.133 0.249 0.327 0.024 0.002 0.001 0.002 0.148 53 T 0.013 0.004 0.003 0.067 0.115 0.161 0.108 0.002 0.001 0.001 0.525 54 V 0.016 0.004 0.002 0.157 0.171 0.383 0.027 0.001 0.001 0.002 0.237 55 T 0.008 0.005 0.001 0.185 0.112 0.240 0.176 0.001 0.001 0.004 0.267 56 E 0.010 0.003 0.001 0.047 0.038 0.070 0.100 0.001 0.001 0.005 0.726