# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.043 0.005 0.031 0.056 0.065 0.115 0.009 0.675 2 T 0.022 0.004 0.045 0.072 0.084 0.098 0.005 0.669 3 Y 0.029 0.006 0.105 0.146 0.211 0.121 0.005 0.377 4 K 0.022 0.005 0.204 0.241 0.271 0.062 0.002 0.193 5 L 0.007 0.005 0.240 0.263 0.303 0.026 0.002 0.154 6 I 0.005 0.006 0.393 0.206 0.319 0.014 0.002 0.054 7 L 0.004 0.013 0.438 0.230 0.234 0.018 0.002 0.062 8 N 0.006 0.033 0.178 0.196 0.376 0.049 0.004 0.157 9 L 0.030 0.021 0.130 0.080 0.318 0.071 0.012 0.338 10 K 0.060 0.028 0.049 0.045 0.079 0.274 0.014 0.451 11 Q 0.079 0.040 0.016 0.020 0.030 0.192 0.019 0.604 12 A 0.163 0.258 0.020 0.029 0.043 0.089 0.017 0.380 13 K 0.052 0.299 0.023 0.021 0.036 0.075 0.016 0.477 14 E 0.060 0.249 0.015 0.015 0.025 0.072 0.018 0.547 15 E 0.122 0.423 0.016 0.014 0.018 0.094 0.013 0.300 16 A 0.041 0.686 0.010 0.015 0.018 0.040 0.009 0.181 17 I 0.028 0.672 0.028 0.019 0.035 0.033 0.011 0.174 18 K 0.013 0.757 0.015 0.015 0.017 0.021 0.004 0.158 19 E 0.028 0.779 0.016 0.011 0.015 0.026 0.010 0.115 20 L 0.030 0.870 0.015 0.009 0.010 0.009 0.008 0.049 21 V 0.026 0.771 0.046 0.022 0.017 0.021 0.010 0.087 22 D 0.018 0.717 0.025 0.019 0.021 0.035 0.008 0.156 23 A 0.016 0.782 0.030 0.010 0.031 0.008 0.005 0.118 24 G 0.028 0.262 0.008 0.004 0.010 0.296 0.013 0.379 25 T 0.089 0.210 0.002 0.001 0.002 0.490 0.010 0.195 26 A 0.015 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 27 E 0.002 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.039 28 K 0.015 0.917 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.054 29 Y 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 30 I 0.005 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.013 31 K 0.002 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 32 L 0.002 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 33 I 0.007 0.973 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.008 34 A 0.014 0.948 0.007 0.005 0.005 0.002 0.005 0.014 35 N 0.044 0.799 0.013 0.011 0.012 0.013 0.029 0.080 36 A 0.205 0.488 0.030 0.013 0.013 0.020 0.072 0.159 37 K 0.213 0.317 0.024 0.019 0.010 0.046 0.104 0.268 38 T 0.246 0.047 0.087 0.024 0.020 0.067 0.121 0.388 39 V 0.111 0.042 0.235 0.068 0.067 0.110 0.017 0.350 40 E 0.009 0.011 0.081 0.045 0.065 0.057 0.004 0.728 41 G 0.017 0.021 0.117 0.125 0.163 0.059 0.009 0.490 42 V 0.080 0.007 0.113 0.083 0.143 0.068 0.007 0.499 43 W 0.007 0.005 0.067 0.112 0.090 0.042 0.002 0.675 44 T 0.025 0.012 0.045 0.176 0.365 0.118 0.004 0.255 45 L 0.047 0.022 0.053 0.153 0.318 0.047 0.004 0.356 46 K 0.023 0.019 0.021 0.068 0.180 0.171 0.008 0.510 47 D 0.080 0.028 0.014 0.042 0.052 0.187 0.019 0.578 48 E 0.468 0.058 0.014 0.030 0.052 0.153 0.027 0.198 49 I 0.138 0.096 0.060 0.123 0.146 0.150 0.030 0.256 50 K 0.052 0.049 0.141 0.285 0.225 0.053 0.026 0.168 51 T 0.007 0.015 0.056 0.048 0.079 0.024 0.002 0.770 52 F 0.008 0.021 0.212 0.280 0.344 0.024 0.005 0.106 53 T 0.018 0.011 0.086 0.095 0.150 0.087 0.005 0.547 54 V 0.021 0.014 0.197 0.168 0.252 0.057 0.005 0.285 55 T 0.022 0.018 0.060 0.079 0.140 0.252 0.004 0.424 56 E 0.043 0.017 0.035 0.046 0.107 0.147 0.010 0.595