# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.094 0.392 0.222 0.094 0.138 0.020 0.016 0.004 0.014 0.006 0.001 2 T 0.071 0.497 0.210 0.070 0.107 0.018 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 3 Y 0.018 0.677 0.162 0.024 0.078 0.015 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 4 K 0.007 0.838 0.095 0.003 0.044 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 5 L 0.010 0.714 0.201 0.004 0.026 0.032 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 6 I 0.010 0.778 0.136 0.004 0.018 0.034 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 7 L 0.025 0.666 0.177 0.014 0.042 0.039 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 8 N 0.063 0.245 0.330 0.070 0.086 0.099 0.038 0.003 0.062 0.003 0.002 9 L 0.265 0.096 0.187 0.099 0.102 0.068 0.084 0.055 0.020 0.022 0.001 10 K 0.436 0.189 0.170 0.120 0.036 0.024 0.008 0.001 0.011 0.002 0.001 11 Q 0.327 0.210 0.163 0.144 0.055 0.057 0.016 0.002 0.022 0.002 0.001 12 A 0.477 0.143 0.179 0.098 0.039 0.037 0.011 0.001 0.012 0.003 0.001 13 K 0.671 0.065 0.104 0.083 0.031 0.024 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 14 E 0.786 0.034 0.054 0.049 0.025 0.016 0.023 0.005 0.006 0.002 0.001 15 E 0.853 0.035 0.051 0.020 0.008 0.022 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 16 A 0.891 0.021 0.026 0.030 0.005 0.022 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 17 I 0.948 0.019 0.011 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 K 0.970 0.004 0.007 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.914 0.007 0.009 0.052 0.003 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 20 L 0.699 0.029 0.040 0.201 0.004 0.011 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 21 V 0.546 0.123 0.193 0.081 0.006 0.019 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 22 D 0.415 0.045 0.219 0.063 0.015 0.168 0.022 0.001 0.051 0.001 0.001 23 A 0.930 0.002 0.019 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.960 0.002 0.005 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.909 0.006 0.010 0.063 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.989 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.981 0.002 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.909 0.010 0.006 0.064 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 34 A 0.746 0.019 0.022 0.184 0.007 0.007 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 35 N 0.470 0.034 0.068 0.301 0.017 0.023 0.069 0.006 0.010 0.002 0.001 36 A 0.670 0.028 0.069 0.182 0.007 0.010 0.022 0.005 0.006 0.001 0.001 37 K 0.274 0.029 0.076 0.474 0.014 0.012 0.098 0.013 0.006 0.003 0.001 38 T 0.102 0.099 0.144 0.169 0.079 0.029 0.249 0.089 0.015 0.025 0.001 39 V 0.073 0.503 0.335 0.042 0.019 0.013 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 40 E 0.089 0.292 0.377 0.099 0.068 0.034 0.014 0.001 0.022 0.001 0.002 41 G 0.025 0.104 0.131 0.019 0.394 0.024 0.052 0.154 0.014 0.083 0.001 42 V 0.037 0.653 0.211 0.011 0.048 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 43 W 0.031 0.591 0.246 0.017 0.050 0.042 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 44 T 0.025 0.675 0.143 0.014 0.090 0.032 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 45 L 0.144 0.353 0.307 0.028 0.064 0.064 0.005 0.001 0.030 0.002 0.002 46 K 0.419 0.117 0.211 0.095 0.042 0.049 0.028 0.005 0.023 0.007 0.004 47 D 0.365 0.092 0.124 0.153 0.053 0.040 0.113 0.024 0.026 0.008 0.002 48 E 0.381 0.132 0.182 0.159 0.035 0.034 0.044 0.011 0.017 0.003 0.001 49 I 0.206 0.257 0.304 0.141 0.033 0.027 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 50 K 0.139 0.335 0.318 0.092 0.056 0.025 0.016 0.002 0.014 0.002 0.001 51 T 0.030 0.679 0.123 0.041 0.093 0.013 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 52 F 0.004 0.810 0.070 0.005 0.089 0.008 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 53 T 0.008 0.647 0.255 0.003 0.029 0.035 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 54 V 0.032 0.576 0.265 0.012 0.024 0.067 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 55 T 0.077 0.423 0.272 0.044 0.097 0.045 0.006 0.001 0.030 0.004 0.001 56 E 0.211 0.236 0.216 0.076 0.133 0.048 0.031 0.009 0.027 0.010 0.002