# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.120 0.236 0.102 0.019 0.309 0.030 0.035 0.045 0.033 0.042 0.030 2 T 0.305 0.110 0.014 0.004 0.444 0.009 0.026 0.022 0.013 0.019 0.033 3 Y 0.349 0.072 0.006 0.003 0.490 0.006 0.010 0.011 0.006 0.007 0.040 4 K 0.200 0.101 0.007 0.004 0.588 0.017 0.037 0.014 0.005 0.006 0.022 5 L 0.243 0.055 0.005 0.001 0.680 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 6 I 0.320 0.060 0.004 0.003 0.550 0.004 0.004 0.007 0.002 0.004 0.042 7 L 0.248 0.144 0.022 0.009 0.452 0.013 0.009 0.008 0.003 0.010 0.082 8 N 0.219 0.187 0.061 0.027 0.263 0.021 0.020 0.021 0.011 0.074 0.097 9 L 0.092 0.155 0.049 0.023 0.176 0.017 0.018 0.172 0.172 0.084 0.041 10 K 0.030 0.068 0.034 0.015 0.066 0.037 0.076 0.413 0.202 0.046 0.013 11 Q 0.037 0.055 0.026 0.007 0.052 0.010 0.047 0.458 0.153 0.132 0.024 12 A 0.062 0.067 0.026 0.011 0.070 0.012 0.024 0.451 0.129 0.108 0.042 13 K 0.012 0.043 0.021 0.009 0.022 0.014 0.015 0.638 0.178 0.041 0.007 14 E 0.006 0.012 0.006 0.002 0.011 0.004 0.012 0.750 0.158 0.035 0.004 15 E 0.006 0.010 0.004 0.001 0.011 0.002 0.014 0.841 0.092 0.015 0.003 16 A 0.008 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.010 0.844 0.082 0.027 0.005 17 I 0.007 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.005 0.847 0.105 0.013 0.004 18 K 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.004 0.013 0.851 0.107 0.005 0.001 19 E 0.006 0.017 0.006 0.001 0.014 0.004 0.042 0.795 0.086 0.023 0.004 20 L 0.041 0.013 0.005 0.002 0.035 0.003 0.018 0.670 0.090 0.091 0.033 21 V 0.039 0.184 0.034 0.006 0.117 0.016 0.036 0.452 0.059 0.035 0.022 22 D 0.128 0.178 0.062 0.009 0.147 0.013 0.024 0.268 0.033 0.066 0.073 23 A 0.004 0.007 0.002 0.001 0.007 0.003 0.006 0.725 0.226 0.016 0.002 24 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.901 0.068 0.007 0.001 25 T 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.918 0.039 0.028 0.002 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.044 0.005 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.041 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.945 0.031 0.001 0.001 33 I 0.009 0.005 0.002 0.001 0.009 0.003 0.062 0.825 0.061 0.019 0.005 34 A 0.021 0.042 0.011 0.007 0.028 0.010 0.048 0.575 0.179 0.062 0.017 35 N 0.032 0.041 0.045 0.020 0.037 0.024 0.103 0.422 0.106 0.122 0.048 36 A 0.014 0.077 0.043 0.014 0.037 0.028 0.154 0.345 0.207 0.064 0.017 37 K 0.045 0.168 0.085 0.025 0.063 0.036 0.058 0.080 0.056 0.320 0.065 38 T 0.129 0.091 0.045 0.014 0.126 0.009 0.017 0.086 0.052 0.261 0.171 39 V 0.150 0.159 0.066 0.030 0.229 0.045 0.051 0.089 0.054 0.057 0.071 40 E 0.041 0.126 0.077 0.246 0.043 0.191 0.116 0.044 0.039 0.044 0.032 41 G 0.053 0.065 0.115 0.208 0.070 0.032 0.017 0.033 0.041 0.275 0.090 42 V 0.120 0.272 0.050 0.010 0.403 0.005 0.011 0.040 0.030 0.030 0.029 43 W 0.193 0.215 0.037 0.005 0.421 0.011 0.013 0.024 0.014 0.016 0.051 44 T 0.174 0.259 0.093 0.015 0.297 0.017 0.023 0.032 0.013 0.024 0.053 45 L 0.175 0.180 0.071 0.023 0.209 0.015 0.015 0.140 0.073 0.041 0.057 46 K 0.030 0.060 0.031 0.042 0.062 0.078 0.059 0.389 0.193 0.043 0.013 47 D 0.054 0.059 0.033 0.020 0.093 0.018 0.047 0.373 0.178 0.103 0.022 48 E 0.055 0.034 0.016 0.007 0.077 0.012 0.038 0.360 0.168 0.195 0.038 49 I 0.133 0.268 0.049 0.007 0.247 0.010 0.026 0.139 0.063 0.032 0.026 50 K 0.124 0.142 0.041 0.012 0.260 0.047 0.080 0.121 0.052 0.066 0.054 51 T 0.205 0.191 0.035 0.010 0.359 0.011 0.040 0.048 0.028 0.032 0.041 52 F 0.189 0.192 0.041 0.009 0.413 0.014 0.014 0.025 0.016 0.029 0.058 53 T 0.169 0.194 0.034 0.006 0.521 0.005 0.010 0.014 0.006 0.010 0.031 54 V 0.275 0.169 0.028 0.009 0.295 0.009 0.011 0.031 0.022 0.033 0.117 55 T 0.119 0.232 0.121 0.036 0.297 0.036 0.033 0.046 0.021 0.025 0.034 56 E 0.131 0.166 0.074 0.027 0.209 0.031 0.044 0.138 0.087 0.047 0.044