# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.530 0.289 0.112 0.049 0.017 0.004 0.001 2 T 0.165 0.341 0.277 0.148 0.051 0.015 0.002 3 Y 0.009 0.025 0.068 0.209 0.445 0.224 0.020 4 K 0.009 0.096 0.262 0.404 0.168 0.058 0.003 5 L 0.002 0.007 0.017 0.050 0.235 0.596 0.094 6 I 0.002 0.019 0.073 0.227 0.305 0.318 0.056 7 L 0.004 0.019 0.061 0.158 0.305 0.373 0.080 8 N 0.023 0.137 0.346 0.327 0.119 0.044 0.005 9 L 0.040 0.101 0.182 0.298 0.272 0.103 0.004 10 K 0.225 0.417 0.206 0.097 0.046 0.009 0.001 11 Q 0.223 0.444 0.198 0.097 0.031 0.006 0.001 12 A 0.053 0.079 0.197 0.333 0.276 0.059 0.003 13 K 0.294 0.334 0.231 0.104 0.031 0.006 0.001 14 E 0.513 0.358 0.092 0.028 0.008 0.001 0.001 15 E 0.296 0.387 0.179 0.105 0.028 0.004 0.001 16 A 0.038 0.108 0.196 0.298 0.259 0.095 0.005 17 I 0.033 0.086 0.185 0.313 0.265 0.109 0.008 18 K 0.176 0.341 0.272 0.140 0.055 0.014 0.001 19 E 0.084 0.231 0.261 0.259 0.128 0.034 0.002 20 L 0.023 0.062 0.129 0.246 0.303 0.217 0.020 21 V 0.033 0.068 0.161 0.299 0.281 0.142 0.016 22 D 0.172 0.360 0.251 0.129 0.060 0.025 0.003 23 A 0.040 0.070 0.140 0.286 0.292 0.154 0.016 24 G 0.264 0.361 0.201 0.107 0.055 0.013 0.001 25 T 0.157 0.339 0.259 0.160 0.065 0.018 0.002 26 A 0.038 0.057 0.108 0.230 0.348 0.191 0.029 27 E 0.092 0.246 0.274 0.233 0.117 0.036 0.002 28 K 0.167 0.326 0.257 0.169 0.060 0.019 0.002 29 Y 0.033 0.093 0.215 0.313 0.243 0.092 0.010 30 I 0.020 0.031 0.048 0.126 0.320 0.385 0.071 31 K 0.053 0.191 0.290 0.268 0.144 0.050 0.005 32 L 0.060 0.194 0.273 0.261 0.152 0.055 0.004 33 I 0.028 0.087 0.182 0.295 0.269 0.129 0.009 34 A 0.042 0.067 0.144 0.260 0.335 0.141 0.011 35 N 0.243 0.375 0.220 0.111 0.039 0.011 0.001 36 A 0.380 0.314 0.179 0.092 0.027 0.007 0.001 37 K 0.321 0.298 0.206 0.130 0.035 0.009 0.001 38 T 0.212 0.286 0.227 0.159 0.082 0.030 0.004 39 V 0.063 0.062 0.116 0.245 0.321 0.168 0.026 40 E 0.126 0.292 0.272 0.184 0.082 0.038 0.005 41 G 0.060 0.095 0.101 0.181 0.266 0.251 0.047 42 V 0.096 0.213 0.212 0.216 0.154 0.093 0.015 43 W 0.029 0.061 0.112 0.183 0.276 0.281 0.057 44 T 0.052 0.123 0.207 0.237 0.211 0.135 0.034 45 L 0.052 0.083 0.167 0.259 0.250 0.162 0.027 46 K 0.351 0.351 0.158 0.084 0.039 0.015 0.002 47 D 0.320 0.340 0.170 0.102 0.048 0.018 0.002 48 E 0.111 0.255 0.209 0.231 0.131 0.056 0.007 49 I 0.018 0.071 0.175 0.288 0.269 0.162 0.017 50 K 0.016 0.051 0.108 0.215 0.337 0.243 0.031 51 T 0.026 0.107 0.229 0.259 0.229 0.132 0.017 52 F 0.011 0.023 0.044 0.142 0.278 0.423 0.078 53 T 0.046 0.187 0.265 0.256 0.169 0.072 0.005 54 V 0.036 0.067 0.137 0.288 0.274 0.181 0.017 55 T 0.372 0.326 0.167 0.085 0.040 0.010 0.001 56 E 0.580 0.254 0.087 0.055 0.019 0.005 0.001