# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.148 0.131 0.150 0.140 0.124 0.107 0.082 0.052 0.030 0.018 0.011 0.003 0.002 0.001 2 T 0.037 0.051 0.068 0.114 0.175 0.161 0.135 0.106 0.067 0.042 0.025 0.010 0.005 0.003 3 Y 0.010 0.011 0.020 0.044 0.067 0.101 0.162 0.128 0.129 0.116 0.107 0.061 0.028 0.016 4 K 0.013 0.015 0.027 0.047 0.068 0.089 0.140 0.162 0.156 0.100 0.092 0.048 0.022 0.018 5 L 0.004 0.002 0.003 0.006 0.011 0.024 0.033 0.093 0.127 0.163 0.201 0.155 0.130 0.048 6 I 0.005 0.003 0.005 0.013 0.026 0.034 0.066 0.132 0.157 0.183 0.120 0.138 0.078 0.041 7 L 0.007 0.005 0.007 0.016 0.025 0.053 0.073 0.140 0.137 0.180 0.177 0.103 0.059 0.019 8 N 0.032 0.041 0.057 0.111 0.144 0.148 0.145 0.081 0.098 0.049 0.048 0.028 0.008 0.010 9 L 0.023 0.039 0.052 0.114 0.150 0.160 0.150 0.103 0.102 0.060 0.034 0.008 0.003 0.002 10 K 0.149 0.193 0.172 0.149 0.131 0.094 0.051 0.032 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.271 0.221 0.192 0.125 0.089 0.046 0.026 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 12 A 0.114 0.077 0.113 0.143 0.182 0.170 0.104 0.054 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 13 K 0.247 0.201 0.178 0.148 0.117 0.055 0.029 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.453 0.231 0.149 0.078 0.050 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.354 0.266 0.165 0.108 0.062 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.130 0.092 0.123 0.138 0.171 0.145 0.097 0.071 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 17 I 0.048 0.041 0.066 0.151 0.215 0.190 0.140 0.079 0.042 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 18 K 0.368 0.245 0.158 0.100 0.058 0.034 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.217 0.219 0.193 0.136 0.114 0.059 0.028 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 20 L 0.041 0.038 0.056 0.127 0.168 0.180 0.169 0.128 0.055 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 21 V 0.053 0.049 0.077 0.111 0.161 0.200 0.162 0.090 0.054 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 22 D 0.094 0.088 0.110 0.167 0.187 0.132 0.089 0.060 0.040 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 23 A 0.046 0.037 0.056 0.095 0.140 0.181 0.157 0.109 0.090 0.050 0.023 0.010 0.005 0.002 24 G 0.177 0.148 0.156 0.173 0.145 0.094 0.056 0.022 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 25 T 0.171 0.173 0.171 0.162 0.138 0.086 0.048 0.026 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 26 A 0.025 0.019 0.036 0.082 0.139 0.233 0.208 0.135 0.081 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 27 E 0.071 0.119 0.163 0.226 0.217 0.102 0.054 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 28 K 0.386 0.253 0.160 0.091 0.058 0.026 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.040 0.048 0.082 0.175 0.198 0.176 0.153 0.092 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 30 I 0.013 0.013 0.034 0.057 0.114 0.167 0.252 0.202 0.099 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 31 K 0.135 0.190 0.190 0.178 0.144 0.077 0.042 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.302 0.220 0.168 0.119 0.083 0.052 0.026 0.013 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 33 I 0.051 0.048 0.078 0.162 0.219 0.175 0.126 0.079 0.039 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 34 A 0.043 0.050 0.082 0.140 0.176 0.181 0.153 0.095 0.052 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 35 N 0.280 0.212 0.150 0.143 0.091 0.060 0.031 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 36 A 0.338 0.219 0.177 0.109 0.078 0.039 0.020 0.008 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 37 K 0.291 0.189 0.160 0.146 0.105 0.056 0.026 0.011 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 38 T 0.253 0.145 0.137 0.116 0.127 0.093 0.060 0.033 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 39 V 0.073 0.048 0.060 0.116 0.168 0.171 0.121 0.108 0.054 0.047 0.021 0.007 0.005 0.001 40 E 0.283 0.180 0.154 0.117 0.096 0.062 0.045 0.026 0.017 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 41 G 0.093 0.053 0.069 0.109 0.146 0.137 0.105 0.085 0.076 0.069 0.034 0.016 0.006 0.003 42 V 0.082 0.084 0.092 0.142 0.165 0.124 0.105 0.077 0.064 0.030 0.019 0.010 0.003 0.002 43 W 0.097 0.068 0.077 0.117 0.111 0.135 0.109 0.096 0.070 0.057 0.039 0.015 0.007 0.003 44 T 0.134 0.097 0.116 0.127 0.141 0.121 0.101 0.064 0.051 0.020 0.014 0.008 0.003 0.002 45 L 0.060 0.042 0.060 0.104 0.140 0.180 0.131 0.102 0.073 0.056 0.031 0.012 0.007 0.002 46 K 0.204 0.183 0.165 0.154 0.129 0.071 0.043 0.022 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 47 D 0.223 0.155 0.164 0.143 0.125 0.073 0.048 0.030 0.019 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 48 E 0.178 0.159 0.144 0.152 0.131 0.092 0.060 0.038 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 49 I 0.064 0.060 0.074 0.107 0.145 0.154 0.143 0.117 0.064 0.038 0.020 0.009 0.003 0.002 50 K 0.048 0.043 0.062 0.103 0.134 0.131 0.140 0.148 0.087 0.057 0.028 0.012 0.005 0.003 51 T 0.047 0.039 0.054 0.077 0.120 0.134 0.120 0.127 0.104 0.074 0.052 0.030 0.013 0.008 52 F 0.053 0.024 0.030 0.044 0.060 0.085 0.095 0.119 0.130 0.129 0.094 0.079 0.042 0.015 53 T 0.049 0.042 0.054 0.109 0.126 0.119 0.133 0.119 0.101 0.066 0.039 0.025 0.010 0.006 54 V 0.041 0.025 0.032 0.060 0.079 0.139 0.130 0.116 0.125 0.102 0.087 0.041 0.017 0.006 55 T 0.130 0.102 0.118 0.142 0.147 0.127 0.092 0.050 0.045 0.022 0.015 0.007 0.003 0.001 56 E 0.222 0.157 0.143 0.139 0.124 0.076 0.055 0.034 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001