# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.034 0.040 0.146 0.107 0.156 0.003 0.059 0.020 0.003 0.001 0.004 0.004 0.009 0.006 0.051 0.034 0.086 0.042 0.080 0.111 0.003 2 T 0.058 0.078 0.076 0.063 0.304 0.002 0.041 0.018 0.002 0.001 0.007 0.006 0.018 0.014 0.067 0.059 0.069 0.036 0.028 0.047 0.008 3 Y 0.133 0.229 0.084 0.086 0.107 0.002 0.023 0.028 0.001 0.001 0.017 0.016 0.045 0.034 0.068 0.035 0.021 0.012 0.017 0.023 0.020 4 K 0.223 0.293 0.040 0.034 0.085 0.002 0.006 0.018 0.001 0.001 0.032 0.023 0.069 0.068 0.040 0.027 0.008 0.004 0.003 0.003 0.023 5 L 0.234 0.333 0.028 0.033 0.038 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.036 0.031 0.092 0.088 0.026 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 6 I 0.234 0.321 0.011 0.017 0.035 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.035 0.039 0.091 0.131 0.030 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 7 L 0.290 0.236 0.037 0.052 0.029 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.034 0.043 0.090 0.097 0.040 0.015 0.003 0.002 0.003 0.004 0.016 8 N 0.135 0.204 0.028 0.046 0.204 0.001 0.010 0.010 0.003 0.001 0.014 0.022 0.041 0.075 0.056 0.059 0.022 0.012 0.013 0.029 0.015 9 L 0.052 0.066 0.033 0.056 0.155 0.002 0.047 0.024 0.004 0.001 0.010 0.011 0.023 0.039 0.137 0.072 0.105 0.055 0.042 0.058 0.008 10 K 0.024 0.033 0.093 0.083 0.060 0.010 0.076 0.073 0.005 0.001 0.005 0.004 0.012 0.017 0.096 0.031 0.134 0.065 0.064 0.110 0.004 11 Q 0.010 0.011 0.027 0.038 0.122 0.017 0.066 0.084 0.011 0.003 0.004 0.002 0.009 0.006 0.022 0.047 0.140 0.110 0.136 0.131 0.002 12 A 0.005 0.006 0.038 0.033 0.075 0.003 0.056 0.122 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.050 0.031 0.182 0.059 0.112 0.211 0.001 13 K 0.002 0.003 0.015 0.020 0.049 0.004 0.074 0.230 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.312 0.060 0.048 0.141 0.001 14 E 0.001 0.003 0.008 0.009 0.018 0.025 0.079 0.631 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.140 0.034 0.013 0.025 0.001 15 E 0.002 0.002 0.005 0.007 0.011 0.031 0.052 0.782 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 0.014 0.009 0.006 0.001 16 A 0.003 0.008 0.007 0.009 0.073 0.003 0.037 0.735 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.049 0.016 0.013 0.024 0.001 17 I 0.004 0.010 0.008 0.013 0.039 0.003 0.061 0.646 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.117 0.014 0.013 0.038 0.001 18 K 0.005 0.008 0.010 0.013 0.022 0.017 0.076 0.648 0.015 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.003 0.124 0.016 0.007 0.021 0.001 19 E 0.004 0.007 0.006 0.009 0.030 0.028 0.100 0.681 0.015 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.062 0.018 0.009 0.013 0.001 20 L 0.004 0.007 0.010 0.012 0.025 0.005 0.056 0.651 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.006 0.109 0.036 0.024 0.019 0.001 21 V 0.006 0.008 0.012 0.010 0.027 0.006 0.077 0.480 0.007 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.021 0.014 0.195 0.036 0.029 0.055 0.002 22 D 0.004 0.005 0.015 0.014 0.030 0.005 0.042 0.456 0.023 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 0.012 0.081 0.040 0.070 0.181 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.014 0.242 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.689 0.008 0.005 0.012 0.001 24 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.004 0.002 0.005 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.003 0.005 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 0.005 0.002 0.003 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.967 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.963 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.958 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.025 0.945 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.003 0.036 0.805 0.024 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.052 0.020 0.009 0.006 0.001 34 A 0.002 0.003 0.006 0.007 0.016 0.009 0.153 0.498 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.174 0.021 0.015 0.036 0.001 35 N 0.002 0.003 0.011 0.013 0.022 0.031 0.278 0.161 0.098 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 0.147 0.106 0.032 0.050 0.001 36 A 0.002 0.003 0.016 0.018 0.047 0.014 0.189 0.047 0.052 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.299 0.072 0.074 0.123 0.001 37 K 0.002 0.004 0.023 0.013 0.040 0.005 0.209 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.012 0.268 0.148 0.100 0.107 0.002 38 T 0.007 0.012 0.051 0.035 0.062 0.012 0.103 0.024 0.011 0.004 0.003 0.003 0.005 0.014 0.055 0.040 0.117 0.190 0.127 0.120 0.005 39 V 0.020 0.019 0.104 0.069 0.084 0.004 0.016 0.020 0.007 0.002 0.008 0.009 0.012 0.032 0.087 0.067 0.090 0.026 0.146 0.172 0.007 40 E 0.027 0.044 0.070 0.064 0.171 0.003 0.056 0.018 0.003 0.001 0.011 0.010 0.028 0.054 0.129 0.049 0.132 0.032 0.027 0.054 0.018 41 G 0.052 0.057 0.058 0.089 0.122 0.007 0.097 0.017 0.004 0.001 0.030 0.021 0.032 0.027 0.052 0.073 0.019 0.064 0.096 0.064 0.015 42 V 0.048 0.069 0.131 0.107 0.130 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.010 0.009 0.020 0.034 0.158 0.065 0.069 0.040 0.032 0.041 0.011 43 W 0.057 0.085 0.064 0.121 0.236 0.008 0.020 0.028 0.002 0.001 0.021 0.013 0.058 0.020 0.027 0.060 0.023 0.026 0.064 0.058 0.011 44 T 0.060 0.068 0.111 0.105 0.247 0.002 0.017 0.021 0.003 0.001 0.008 0.007 0.019 0.008 0.077 0.038 0.034 0.030 0.066 0.071 0.004 45 L 0.027 0.030 0.071 0.120 0.147 0.002 0.025 0.045 0.003 0.001 0.006 0.005 0.009 0.006 0.102 0.050 0.148 0.025 0.063 0.111 0.003 46 K 0.025 0.037 0.074 0.103 0.109 0.016 0.071 0.099 0.008 0.003 0.004 0.003 0.006 0.003 0.029 0.006 0.272 0.035 0.027 0.069 0.001 47 D 0.019 0.022 0.033 0.057 0.114 0.046 0.191 0.210 0.013 0.008 0.003 0.002 0.007 0.001 0.007 0.009 0.133 0.043 0.038 0.043 0.001 48 E 0.023 0.050 0.045 0.070 0.215 0.005 0.155 0.084 0.008 0.007 0.002 0.002 0.005 0.002 0.020 0.010 0.169 0.060 0.028 0.037 0.002 49 I 0.059 0.085 0.060 0.054 0.223 0.007 0.187 0.062 0.005 0.003 0.004 0.003 0.010 0.003 0.020 0.028 0.055 0.034 0.037 0.057 0.004 50 K 0.082 0.121 0.215 0.194 0.105 0.005 0.027 0.018 0.004 0.001 0.005 0.005 0.011 0.005 0.048 0.008 0.047 0.027 0.020 0.046 0.006 51 T 0.069 0.091 0.015 0.023 0.557 0.001 0.024 0.015 0.001 0.001 0.011 0.010 0.020 0.009 0.013 0.054 0.016 0.013 0.021 0.023 0.014 52 F 0.084 0.095 0.337 0.200 0.028 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.011 0.010 0.021 0.014 0.115 0.006 0.010 0.008 0.016 0.018 0.008 53 T 0.074 0.085 0.023 0.036 0.430 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.025 0.020 0.039 0.025 0.017 0.095 0.018 0.017 0.027 0.023 0.020 54 V 0.078 0.064 0.147 0.161 0.072 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.017 0.021 0.044 0.034 0.196 0.021 0.026 0.015 0.035 0.035 0.009 55 T 0.042 0.058 0.060 0.091 0.221 0.002 0.024 0.024 0.002 0.001 0.010 0.011 0.023 0.021 0.052 0.069 0.064 0.028 0.066 0.125 0.007 56 E 0.028 0.028 0.061 0.080 0.144 0.007 0.058 0.025 0.003 0.001 0.007 0.006 0.011 0.010 0.087 0.031 0.236 0.057 0.046 0.070 0.003