# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.018 0.011 0.472 0.024 0.017 0.007 0.001 0.001 0.023 0.162 0.055 0.130 0.080 2 T 0.043 0.010 0.336 0.057 0.018 0.009 0.008 0.002 0.050 0.065 0.053 0.050 0.300 3 Y 0.144 0.007 0.135 0.083 0.012 0.006 0.050 0.012 0.091 0.029 0.019 0.238 0.175 4 K 0.258 0.004 0.045 0.058 0.004 0.005 0.163 0.041 0.095 0.011 0.005 0.115 0.197 5 L 0.410 0.002 0.008 0.008 0.001 0.002 0.205 0.087 0.080 0.002 0.001 0.120 0.074 6 I 0.626 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.073 0.091 0.081 0.002 0.001 0.038 0.073 7 L 0.361 0.006 0.047 0.026 0.001 0.006 0.107 0.061 0.094 0.012 0.004 0.178 0.096 8 N 0.124 0.006 0.242 0.031 0.005 0.013 0.026 0.012 0.135 0.041 0.021 0.077 0.266 9 L 0.020 0.006 0.349 0.051 0.039 0.103 0.005 0.001 0.041 0.119 0.144 0.033 0.090 10 K 0.012 0.008 0.230 0.015 0.087 0.218 0.002 0.001 0.020 0.163 0.145 0.055 0.044 11 Q 0.011 0.015 0.149 0.004 0.085 0.405 0.001 0.001 0.008 0.123 0.086 0.013 0.100 12 A 0.011 0.013 0.188 0.007 0.060 0.492 0.001 0.001 0.006 0.062 0.084 0.034 0.042 13 K 0.004 0.004 0.109 0.007 0.051 0.638 0.001 0.001 0.004 0.037 0.098 0.008 0.041 14 E 0.002 0.001 0.029 0.003 0.045 0.804 0.001 0.001 0.001 0.017 0.087 0.004 0.008 15 E 0.004 0.003 0.028 0.003 0.044 0.840 0.001 0.001 0.002 0.022 0.035 0.007 0.014 16 A 0.008 0.005 0.034 0.003 0.032 0.803 0.001 0.001 0.003 0.017 0.046 0.013 0.032 17 I 0.010 0.006 0.048 0.009 0.023 0.781 0.002 0.001 0.008 0.014 0.066 0.011 0.022 18 K 0.010 0.004 0.052 0.010 0.035 0.756 0.002 0.001 0.005 0.027 0.059 0.026 0.014 19 E 0.013 0.005 0.047 0.008 0.032 0.701 0.002 0.001 0.009 0.030 0.096 0.009 0.048 20 L 0.014 0.005 0.037 0.004 0.026 0.794 0.004 0.002 0.006 0.023 0.051 0.023 0.013 21 V 0.032 0.033 0.105 0.004 0.027 0.587 0.005 0.010 0.030 0.044 0.065 0.019 0.040 22 D 0.004 0.007 0.312 0.002 0.016 0.531 0.001 0.001 0.005 0.056 0.034 0.018 0.015 23 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.016 0.906 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 0.001 0.002 24 G 0.001 0.001 0.011 0.001 0.018 0.903 0.001 0.001 0.001 0.023 0.043 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.021 0.001 0.022 0.930 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.001 0.002 26 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 34 A 0.005 0.003 0.023 0.001 0.017 0.836 0.001 0.001 0.003 0.010 0.078 0.006 0.016 35 N 0.002 0.002 0.211 0.004 0.014 0.467 0.001 0.001 0.002 0.045 0.215 0.016 0.021 36 A 0.001 0.002 0.074 0.004 0.034 0.181 0.001 0.001 0.002 0.050 0.639 0.004 0.008 37 K 0.001 0.004 0.078 0.004 0.029 0.061 0.001 0.001 0.002 0.135 0.667 0.010 0.008 38 T 0.005 0.034 0.321 0.004 0.036 0.039 0.001 0.001 0.006 0.247 0.235 0.025 0.047 39 V 0.015 0.030 0.511 0.014 0.020 0.037 0.003 0.003 0.031 0.143 0.073 0.074 0.045 40 E 0.011 0.019 0.250 0.041 0.032 0.028 0.004 0.003 0.033 0.120 0.340 0.029 0.090 41 G 0.019 0.012 0.282 0.042 0.026 0.032 0.008 0.003 0.024 0.164 0.254 0.074 0.060 42 V 0.084 0.026 0.298 0.016 0.015 0.042 0.050 0.017 0.067 0.079 0.025 0.118 0.164 43 W 0.179 0.038 0.140 0.010 0.014 0.032 0.051 0.031 0.083 0.044 0.014 0.131 0.234 44 T 0.098 0.021 0.253 0.019 0.010 0.039 0.017 0.012 0.054 0.046 0.026 0.229 0.176 45 L 0.053 0.029 0.227 0.038 0.046 0.076 0.010 0.006 0.029 0.106 0.058 0.054 0.268 46 K 0.034 0.009 0.282 0.033 0.075 0.062 0.003 0.001 0.011 0.111 0.176 0.089 0.115 47 D 0.024 0.008 0.133 0.039 0.214 0.119 0.001 0.001 0.009 0.121 0.250 0.032 0.050 48 E 0.040 0.013 0.118 0.022 0.133 0.111 0.003 0.001 0.008 0.073 0.314 0.076 0.088 49 I 0.118 0.018 0.230 0.055 0.031 0.035 0.010 0.003 0.019 0.066 0.083 0.029 0.301 50 K 0.064 0.002 0.053 0.013 0.004 0.009 0.006 0.002 0.018 0.026 0.009 0.785 0.010 51 T 0.074 0.005 0.054 0.006 0.003 0.005 0.018 0.009 0.022 0.009 0.013 0.003 0.779 52 F 0.065 0.004 0.091 0.053 0.003 0.005 0.024 0.008 0.025 0.018 0.006 0.684 0.015 53 T 0.135 0.007 0.116 0.008 0.007 0.008 0.037 0.024 0.147 0.026 0.013 0.040 0.431 54 V 0.063 0.020 0.248 0.027 0.014 0.013 0.046 0.015 0.087 0.054 0.034 0.178 0.201 55 T 0.035 0.012 0.455 0.027 0.008 0.009 0.007 0.004 0.074 0.096 0.028 0.153 0.092 56 E 0.011 0.011 0.490 0.009 0.025 0.018 0.002 0.001 0.016 0.167 0.062 0.036 0.153