# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.059 0.105 0.425 2 T 0.019 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.009 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.371 0.099 0.097 0.355 3 Y 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.005 0.003 0.002 0.681 0.060 0.039 0.180 4 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.010 0.004 0.799 0.072 0.015 0.076 5 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.909 0.023 0.010 0.033 6 I 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.026 0.022 0.119 7 L 0.024 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.795 0.023 0.039 0.098 8 N 0.041 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.080 0.143 0.425 9 L 0.141 0.154 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.080 0.129 0.397 10 K 0.072 0.231 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.050 0.101 0.464 11 Q 0.042 0.198 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.037 0.102 0.521 12 A 0.120 0.410 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.048 0.058 0.300 13 K 0.079 0.541 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.046 0.050 0.248 14 E 0.039 0.623 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.042 0.241 15 E 0.032 0.701 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.027 0.038 0.142 16 A 0.041 0.667 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.064 0.034 0.135 17 I 0.087 0.590 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.035 0.052 0.031 0.179 18 K 0.107 0.543 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.048 0.032 0.216 19 E 0.065 0.350 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.072 0.065 0.332 20 L 0.041 0.320 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.074 0.075 0.369 21 V 0.010 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.520 0.068 0.270 22 D 0.041 0.596 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.152 0.029 0.155 23 A 0.101 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.012 0.076 24 G 0.011 0.724 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.060 0.029 0.161 25 T 0.015 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.032 26 A 0.012 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.013 27 E 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 28 K 0.009 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.016 29 Y 0.015 0.889 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.006 0.022 30 I 0.050 0.788 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.082 0.009 0.045 31 K 0.087 0.401 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.256 0.022 0.195 32 L 0.115 0.243 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.150 0.088 0.351 33 I 0.092 0.125 0.024 0.003 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.130 0.115 0.451 34 A 0.069 0.029 0.021 0.002 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.096 0.138 0.598 35 N 0.173 0.050 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.094 0.094 0.555 36 A 0.197 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.057 0.116 0.562 37 K 0.029 0.014 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.053 0.151 0.683 38 T 0.107 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.061 0.120 0.611 39 V 0.075 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.082 0.121 0.533 40 E 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.074 0.167 0.631 41 G 0.015 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.007 0.003 0.007 0.007 0.007 0.004 0.288 0.119 0.103 0.385 42 V 0.030 0.076 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 0.009 0.004 0.003 0.004 0.007 0.010 0.011 0.185 0.084 0.116 0.439 43 W 0.010 0.059 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.008 0.006 0.426 0.058 0.068 0.329 44 T 0.036 0.116 0.007 0.002 0.009 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.008 0.005 0.259 0.105 0.080 0.338 45 L 0.162 0.204 0.007 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.145 0.114 0.069 0.278 46 K 0.092 0.141 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.102 0.080 0.475 47 D 0.088 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.140 0.128 0.506 48 E 0.043 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.121 0.120 0.420 49 I 0.079 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.059 0.101 0.608 50 K 0.020 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.397 0.043 0.067 0.433 51 T 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.219 0.055 0.092 0.601 52 F 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.550 0.045 0.062 0.306 53 T 0.017 0.016 0.002 0.001 0.005 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.432 0.074 0.080 0.335 54 V 0.010 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.459 0.034 0.067 0.408 55 T 0.128 0.042 0.003 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.108 0.087 0.417 56 E 0.059 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.062 0.115 0.612