# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.010 0.010 0.001 0.056 0.150 0.227 0.101 0.001 0.001 0.041 0.403 2 T 0.005 0.004 0.001 0.046 0.135 0.465 0.060 0.001 0.001 0.042 0.244 3 Y 0.002 0.003 0.001 0.079 0.296 0.386 0.053 0.001 0.001 0.045 0.136 4 K 0.001 0.002 0.001 0.145 0.350 0.340 0.026 0.001 0.001 0.041 0.096 5 L 0.001 0.001 0.001 0.115 0.269 0.505 0.021 0.001 0.001 0.035 0.053 6 I 0.004 0.005 0.001 0.148 0.282 0.406 0.027 0.001 0.001 0.036 0.092 7 L 0.022 0.020 0.001 0.123 0.324 0.316 0.027 0.002 0.001 0.041 0.124 8 N 0.074 0.106 0.002 0.060 0.093 0.159 0.080 0.005 0.001 0.039 0.381 9 L 0.124 0.208 0.004 0.032 0.044 0.070 0.058 0.008 0.002 0.046 0.406 10 K 0.079 0.164 0.005 0.021 0.047 0.057 0.101 0.007 0.002 0.066 0.453 11 Q 0.047 0.301 0.006 0.011 0.024 0.039 0.074 0.007 0.002 0.052 0.438 12 A 0.076 0.450 0.007 0.008 0.028 0.025 0.051 0.011 0.002 0.044 0.299 13 K 0.045 0.707 0.004 0.005 0.014 0.017 0.021 0.006 0.001 0.024 0.155 14 E 0.030 0.723 0.003 0.004 0.013 0.017 0.018 0.005 0.001 0.034 0.150 15 E 0.019 0.691 0.008 0.007 0.022 0.026 0.024 0.005 0.003 0.060 0.134 16 A 0.022 0.726 0.012 0.006 0.016 0.015 0.023 0.006 0.004 0.059 0.111 17 I 0.032 0.845 0.004 0.003 0.004 0.006 0.020 0.005 0.002 0.028 0.052 18 K 0.028 0.769 0.004 0.005 0.008 0.009 0.012 0.006 0.002 0.067 0.091 19 E 0.018 0.779 0.005 0.007 0.008 0.010 0.010 0.005 0.004 0.064 0.092 20 L 0.010 0.786 0.007 0.009 0.007 0.007 0.014 0.003 0.003 0.055 0.100 21 V 0.011 0.020 0.003 0.007 0.004 0.006 0.023 0.006 0.002 0.835 0.083 22 D 0.020 0.812 0.012 0.006 0.003 0.002 0.017 0.003 0.007 0.068 0.049 23 A 0.029 0.896 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.011 0.050 24 G 0.012 0.876 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.002 0.031 0.059 25 T 0.013 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.021 0.032 26 A 0.010 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.012 0.015 27 E 0.013 0.919 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.026 0.026 28 K 0.010 0.864 0.006 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.003 0.052 0.051 29 Y 0.010 0.899 0.011 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.023 0.040 30 I 0.032 0.864 0.010 0.002 0.002 0.005 0.008 0.005 0.006 0.025 0.040 31 K 0.058 0.429 0.012 0.008 0.008 0.014 0.039 0.014 0.008 0.171 0.238 32 L 0.051 0.403 0.022 0.018 0.022 0.018 0.047 0.010 0.014 0.151 0.245 33 I 0.130 0.130 0.046 0.029 0.018 0.022 0.094 0.012 0.025 0.192 0.301 34 A 0.101 0.022 0.044 0.025 0.012 0.023 0.103 0.016 0.018 0.084 0.552 35 N 0.365 0.018 0.003 0.017 0.008 0.016 0.084 0.012 0.003 0.030 0.443 36 A 0.133 0.008 0.001 0.026 0.012 0.019 0.133 0.004 0.001 0.039 0.624 37 K 0.007 0.004 0.001 0.027 0.014 0.015 0.149 0.001 0.001 0.020 0.761 38 T 0.070 0.006 0.001 0.033 0.016 0.063 0.106 0.006 0.001 0.055 0.642 39 V 0.051 0.003 0.001 0.027 0.034 0.027 0.117 0.002 0.001 0.035 0.703 40 E 0.010 0.003 0.001 0.057 0.039 0.045 0.119 0.001 0.001 0.056 0.672 41 G 0.008 0.008 0.001 0.106 0.072 0.135 0.099 0.001 0.001 0.065 0.505 42 V 0.009 0.019 0.001 0.177 0.152 0.139 0.093 0.001 0.001 0.040 0.368 43 W 0.012 0.026 0.002 0.140 0.134 0.272 0.075 0.002 0.001 0.049 0.288 44 T 0.047 0.089 0.003 0.085 0.099 0.145 0.098 0.005 0.001 0.060 0.368 45 L 0.191 0.228 0.006 0.040 0.052 0.061 0.061 0.011 0.003 0.068 0.279 46 K 0.214 0.117 0.005 0.035 0.051 0.054 0.068 0.006 0.002 0.123 0.323 47 D 0.040 0.023 0.002 0.022 0.035 0.068 0.113 0.003 0.001 0.186 0.507 48 E 0.027 0.029 0.004 0.031 0.106 0.166 0.120 0.003 0.001 0.097 0.416 49 I 0.021 0.008 0.001 0.029 0.168 0.296 0.060 0.002 0.001 0.051 0.364 50 K 0.009 0.004 0.001 0.033 0.267 0.414 0.028 0.001 0.001 0.025 0.218 51 T 0.002 0.001 0.001 0.018 0.290 0.430 0.036 0.001 0.001 0.027 0.195 52 F 0.002 0.001 0.001 0.035 0.368 0.351 0.044 0.001 0.001 0.036 0.162 53 T 0.004 0.002 0.001 0.041 0.282 0.396 0.051 0.001 0.001 0.034 0.190 54 V 0.009 0.004 0.001 0.023 0.219 0.299 0.053 0.001 0.001 0.037 0.356 55 T 0.057 0.013 0.001 0.034 0.162 0.249 0.073 0.001 0.001 0.052 0.356 56 E 0.041 0.021 0.001 0.026 0.065 0.127 0.094 0.001 0.001 0.042 0.582