# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.029 0.035 0.049 0.092 0.207 0.130 0.052 0.406 2 T 0.013 0.022 0.045 0.105 0.264 0.114 0.066 0.371 3 Y 0.002 0.014 0.086 0.207 0.381 0.063 0.072 0.175 4 K 0.001 0.010 0.200 0.310 0.354 0.019 0.067 0.040 5 L 0.001 0.008 0.158 0.411 0.281 0.020 0.041 0.080 6 I 0.003 0.008 0.225 0.328 0.331 0.018 0.034 0.054 7 L 0.017 0.014 0.214 0.262 0.205 0.049 0.057 0.181 8 N 0.067 0.064 0.118 0.099 0.126 0.081 0.078 0.367 9 L 0.187 0.132 0.031 0.026 0.036 0.086 0.079 0.423 10 K 0.069 0.173 0.022 0.037 0.028 0.080 0.097 0.495 11 Q 0.119 0.202 0.014 0.013 0.025 0.072 0.053 0.502 12 A 0.121 0.315 0.014 0.017 0.020 0.063 0.059 0.389 13 K 0.099 0.583 0.006 0.008 0.012 0.034 0.054 0.206 14 E 0.092 0.625 0.003 0.009 0.011 0.028 0.067 0.164 15 E 0.028 0.571 0.016 0.025 0.023 0.033 0.143 0.162 16 A 0.054 0.594 0.014 0.014 0.039 0.025 0.080 0.178 17 I 0.068 0.714 0.018 0.017 0.014 0.020 0.077 0.073 18 K 0.023 0.670 0.023 0.020 0.020 0.025 0.072 0.147 19 E 0.029 0.796 0.014 0.010 0.023 0.013 0.026 0.089 20 L 0.047 0.659 0.054 0.011 0.029 0.029 0.083 0.087 21 V 0.007 0.043 0.117 0.017 0.017 0.050 0.655 0.093 22 D 0.025 0.805 0.008 0.005 0.005 0.019 0.079 0.055 23 A 0.076 0.851 0.003 0.001 0.001 0.008 0.023 0.038 24 G 0.007 0.872 0.003 0.002 0.001 0.013 0.036 0.067 25 T 0.007 0.934 0.002 0.001 0.001 0.005 0.031 0.021 26 A 0.011 0.921 0.002 0.001 0.001 0.003 0.053 0.010 27 E 0.009 0.907 0.001 0.001 0.001 0.003 0.062 0.015 28 K 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.023 29 Y 0.005 0.955 0.003 0.001 0.002 0.003 0.020 0.013 30 I 0.013 0.888 0.011 0.002 0.003 0.005 0.065 0.013 31 K 0.023 0.527 0.020 0.009 0.008 0.018 0.320 0.075 32 L 0.051 0.395 0.051 0.033 0.029 0.045 0.155 0.239 33 I 0.114 0.154 0.166 0.027 0.053 0.065 0.187 0.235 34 A 0.042 0.018 0.168 0.030 0.029 0.108 0.106 0.498 35 N 0.335 0.022 0.026 0.010 0.018 0.065 0.068 0.456 36 A 0.091 0.006 0.032 0.009 0.013 0.118 0.044 0.686 37 K 0.008 0.003 0.033 0.012 0.023 0.123 0.021 0.777 38 T 0.035 0.007 0.034 0.036 0.073 0.151 0.037 0.628 39 V 0.049 0.006 0.074 0.065 0.083 0.145 0.048 0.530 40 E 0.008 0.004 0.098 0.057 0.106 0.120 0.059 0.547 41 G 0.009 0.016 0.163 0.103 0.230 0.082 0.087 0.310 42 V 0.007 0.011 0.109 0.267 0.247 0.074 0.048 0.237 43 W 0.005 0.007 0.095 0.235 0.218 0.077 0.040 0.324 44 T 0.054 0.050 0.071 0.185 0.285 0.057 0.107 0.191 45 L 0.241 0.066 0.043 0.071 0.099 0.082 0.145 0.254 46 K 0.069 0.055 0.027 0.105 0.129 0.086 0.116 0.412 47 D 0.043 0.018 0.036 0.059 0.226 0.091 0.133 0.395 48 E 0.010 0.012 0.066 0.229 0.282 0.081 0.078 0.242 49 I 0.015 0.004 0.064 0.107 0.281 0.089 0.058 0.382 50 K 0.008 0.004 0.083 0.264 0.299 0.069 0.082 0.189 51 T 0.003 0.001 0.044 0.111 0.233 0.086 0.030 0.491 52 F 0.003 0.002 0.137 0.256 0.339 0.050 0.044 0.170 53 T 0.008 0.002 0.099 0.225 0.219 0.081 0.052 0.315 54 V 0.018 0.002 0.072 0.193 0.156 0.089 0.047 0.423 55 T 0.087 0.008 0.051 0.094 0.156 0.096 0.072 0.436 56 E 0.056 0.008 0.026 0.067 0.090 0.112 0.043 0.598