# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.174 0.098 0.055 0.103 0.100 0.096 0.144 0.088 0.071 0.046 0.025 2 T 0.137 0.119 0.068 0.179 0.130 0.088 0.101 0.064 0.057 0.036 0.021 3 Y 0.007 0.012 0.015 0.029 0.038 0.070 0.147 0.148 0.217 0.204 0.113 4 K 0.018 0.066 0.068 0.196 0.201 0.162 0.117 0.070 0.052 0.031 0.020 5 L 0.004 0.004 0.013 0.016 0.027 0.034 0.097 0.201 0.194 0.214 0.195 6 I 0.004 0.007 0.016 0.047 0.072 0.098 0.169 0.170 0.175 0.148 0.095 7 L 0.006 0.003 0.010 0.011 0.019 0.026 0.093 0.141 0.232 0.252 0.207 8 N 0.023 0.118 0.162 0.297 0.183 0.100 0.062 0.025 0.017 0.009 0.004 9 L 0.025 0.027 0.034 0.058 0.082 0.100 0.220 0.154 0.139 0.096 0.065 10 K 0.417 0.160 0.096 0.144 0.078 0.043 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002 11 Q 0.189 0.211 0.149 0.215 0.109 0.055 0.042 0.016 0.008 0.004 0.003 12 A 0.026 0.042 0.033 0.043 0.060 0.072 0.126 0.134 0.150 0.158 0.156 13 K 0.121 0.186 0.091 0.186 0.157 0.098 0.090 0.039 0.019 0.009 0.004 14 E 0.315 0.126 0.240 0.167 0.071 0.039 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 15 E 0.115 0.095 0.150 0.216 0.150 0.118 0.093 0.036 0.016 0.008 0.004 16 A 0.035 0.044 0.041 0.069 0.078 0.092 0.176 0.162 0.146 0.097 0.059 17 I 0.013 0.029 0.065 0.086 0.112 0.119 0.191 0.148 0.108 0.084 0.045 18 K 0.039 0.089 0.399 0.223 0.123 0.064 0.033 0.015 0.009 0.005 0.002 19 E 0.113 0.117 0.193 0.236 0.139 0.085 0.068 0.030 0.011 0.005 0.002 20 L 0.021 0.015 0.026 0.047 0.064 0.084 0.176 0.190 0.163 0.120 0.094 21 V 0.023 0.014 0.025 0.035 0.062 0.081 0.167 0.185 0.172 0.139 0.097 22 D 0.013 0.115 0.282 0.192 0.135 0.089 0.079 0.038 0.028 0.019 0.010 23 A 0.010 0.008 0.026 0.041 0.087 0.136 0.270 0.174 0.127 0.072 0.048 24 G 0.712 0.084 0.075 0.062 0.026 0.014 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 25 T 0.031 0.082 0.098 0.243 0.197 0.119 0.134 0.054 0.025 0.010 0.007 26 A 0.002 0.003 0.008 0.010 0.022 0.024 0.085 0.151 0.206 0.239 0.251 27 E 0.048 0.070 0.240 0.214 0.173 0.125 0.086 0.024 0.013 0.006 0.002 28 K 0.010 0.037 0.613 0.191 0.081 0.038 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 29 Y 0.007 0.010 0.029 0.064 0.104 0.157 0.261 0.176 0.097 0.067 0.028 30 I 0.001 0.002 0.005 0.005 0.008 0.018 0.078 0.118 0.267 0.313 0.185 31 K 0.004 0.018 0.239 0.181 0.208 0.164 0.103 0.040 0.023 0.014 0.006 32 L 0.016 0.023 0.442 0.152 0.111 0.094 0.092 0.037 0.017 0.013 0.004 33 I 0.003 0.005 0.015 0.021 0.031 0.161 0.305 0.145 0.166 0.114 0.036 34 A 0.003 0.003 0.005 0.006 0.010 0.021 0.080 0.112 0.240 0.279 0.242 35 N 0.021 0.079 0.192 0.231 0.192 0.112 0.093 0.040 0.020 0.013 0.006 36 A 0.092 0.151 0.224 0.170 0.127 0.100 0.073 0.030 0.018 0.011 0.006 37 K 0.439 0.162 0.043 0.114 0.079 0.057 0.054 0.031 0.012 0.005 0.003 38 T 0.336 0.195 0.036 0.110 0.073 0.056 0.067 0.050 0.035 0.024 0.019 39 V 0.013 0.013 0.010 0.018 0.030 0.054 0.106 0.112 0.200 0.203 0.241 40 E 0.140 0.256 0.110 0.240 0.144 0.053 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 41 G 0.039 0.028 0.027 0.053 0.062 0.112 0.186 0.149 0.158 0.118 0.068 42 V 0.081 0.091 0.035 0.191 0.172 0.134 0.127 0.077 0.047 0.026 0.017 43 W 0.016 0.009 0.012 0.028 0.042 0.067 0.148 0.187 0.200 0.168 0.125 44 T 0.028 0.099 0.098 0.203 0.167 0.121 0.106 0.066 0.050 0.037 0.025 45 L 0.005 0.006 0.008 0.018 0.033 0.061 0.169 0.158 0.217 0.179 0.145 46 K 0.317 0.259 0.112 0.177 0.075 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 47 D 0.147 0.113 0.099 0.185 0.133 0.106 0.106 0.049 0.032 0.019 0.011 48 E 0.177 0.123 0.065 0.155 0.120 0.108 0.114 0.062 0.040 0.025 0.011 49 I 0.057 0.077 0.070 0.118 0.099 0.112 0.151 0.103 0.100 0.076 0.037 50 K 0.015 0.043 0.085 0.105 0.104 0.167 0.166 0.111 0.097 0.073 0.033 51 T 0.048 0.111 0.120 0.190 0.137 0.114 0.107 0.070 0.050 0.034 0.019 52 F 0.014 0.008 0.015 0.024 0.041 0.065 0.158 0.243 0.179 0.147 0.106 53 T 0.135 0.160 0.125 0.208 0.126 0.064 0.065 0.051 0.033 0.020 0.012 54 V 0.028 0.019 0.031 0.048 0.067 0.066 0.157 0.174 0.165 0.129 0.115 55 T 0.205 0.233 0.125 0.177 0.108 0.058 0.044 0.022 0.015 0.008 0.005 56 E 0.237 0.137 0.084 0.154 0.116 0.075 0.093 0.050 0.030 0.014 0.009