# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.114 0.010 0.008 0.032 0.126 0.125 0.095 0.001 0.001 0.008 0.480 2 T 0.033 0.006 0.003 0.069 0.085 0.099 0.072 0.001 0.001 0.003 0.630 3 Y 0.018 0.006 0.003 0.174 0.271 0.368 0.045 0.001 0.001 0.003 0.111 4 K 0.006 0.005 0.001 0.180 0.257 0.376 0.060 0.001 0.001 0.002 0.114 5 L 0.006 0.005 0.001 0.211 0.307 0.348 0.023 0.001 0.001 0.001 0.098 6 I 0.003 0.005 0.001 0.303 0.192 0.394 0.015 0.001 0.001 0.001 0.086 7 L 0.003 0.008 0.001 0.218 0.291 0.395 0.020 0.001 0.001 0.001 0.062 8 N 0.008 0.014 0.001 0.154 0.246 0.313 0.053 0.001 0.001 0.003 0.206 9 L 0.012 0.010 0.002 0.066 0.073 0.225 0.102 0.001 0.001 0.005 0.505 10 K 0.069 0.018 0.006 0.035 0.062 0.116 0.350 0.001 0.001 0.008 0.335 11 Q 0.040 0.015 0.002 0.015 0.011 0.016 0.208 0.001 0.001 0.004 0.688 12 A 0.110 0.135 0.011 0.015 0.033 0.054 0.119 0.003 0.001 0.007 0.514 13 K 0.058 0.203 0.007 0.009 0.018 0.039 0.232 0.003 0.001 0.005 0.427 14 E 0.080 0.218 0.005 0.005 0.014 0.030 0.130 0.004 0.001 0.005 0.509 15 E 0.064 0.389 0.007 0.004 0.011 0.021 0.124 0.003 0.001 0.003 0.375 16 A 0.048 0.556 0.005 0.003 0.008 0.010 0.117 0.004 0.001 0.001 0.249 17 I 0.024 0.837 0.004 0.001 0.004 0.006 0.022 0.003 0.001 0.001 0.098 18 K 0.020 0.848 0.004 0.003 0.005 0.010 0.018 0.004 0.001 0.001 0.086 19 E 0.032 0.841 0.003 0.003 0.003 0.005 0.019 0.006 0.001 0.001 0.087 20 L 0.053 0.879 0.007 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.001 0.001 0.037 21 V 0.021 0.907 0.009 0.005 0.004 0.006 0.005 0.013 0.001 0.001 0.030 22 D 0.043 0.843 0.010 0.004 0.004 0.007 0.007 0.023 0.001 0.001 0.058 23 A 0.068 0.749 0.014 0.012 0.003 0.007 0.013 0.019 0.001 0.001 0.114 24 G 0.075 0.514 0.014 0.007 0.003 0.007 0.096 0.016 0.001 0.002 0.265 25 T 0.076 0.387 0.043 0.005 0.001 0.002 0.249 0.009 0.001 0.003 0.225 26 A 0.037 0.683 0.022 0.003 0.001 0.002 0.037 0.005 0.001 0.001 0.208 27 E 0.014 0.674 0.004 0.002 0.001 0.002 0.036 0.003 0.001 0.001 0.263 28 K 0.026 0.739 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.001 0.001 0.197 29 Y 0.022 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.055 30 I 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.025 31 K 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 32 L 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 33 I 0.009 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 34 A 0.012 0.939 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.014 35 N 0.056 0.785 0.023 0.003 0.005 0.007 0.004 0.070 0.001 0.001 0.047 36 A 0.177 0.534 0.045 0.008 0.007 0.011 0.007 0.062 0.001 0.002 0.148 37 K 0.153 0.188 0.069 0.014 0.021 0.024 0.103 0.045 0.001 0.010 0.373 38 T 0.286 0.020 0.151 0.017 0.025 0.031 0.140 0.014 0.001 0.017 0.299 39 V 0.122 0.030 0.130 0.084 0.063 0.056 0.116 0.004 0.001 0.009 0.384 40 E 0.017 0.012 0.010 0.082 0.063 0.073 0.136 0.001 0.001 0.004 0.601 41 G 0.041 0.007 0.004 0.099 0.095 0.119 0.102 0.001 0.001 0.013 0.520 42 V 0.128 0.011 0.005 0.125 0.102 0.150 0.105 0.001 0.001 0.007 0.366 43 W 0.015 0.014 0.002 0.153 0.125 0.201 0.102 0.001 0.001 0.002 0.384 44 T 0.013 0.014 0.003 0.070 0.204 0.349 0.080 0.001 0.001 0.003 0.263 45 L 0.017 0.033 0.002 0.061 0.111 0.300 0.086 0.001 0.001 0.004 0.385 46 K 0.035 0.033 0.002 0.026 0.089 0.238 0.154 0.001 0.001 0.008 0.414 47 D 0.087 0.019 0.003 0.017 0.023 0.039 0.142 0.002 0.001 0.009 0.659 48 E 0.333 0.082 0.011 0.020 0.040 0.055 0.159 0.004 0.001 0.012 0.285 49 I 0.192 0.079 0.020 0.048 0.069 0.093 0.133 0.006 0.001 0.008 0.351 50 K 0.088 0.069 0.015 0.055 0.265 0.235 0.046 0.006 0.001 0.005 0.214 51 T 0.028 0.017 0.007 0.070 0.122 0.181 0.054 0.002 0.001 0.003 0.515 52 F 0.063 0.011 0.008 0.204 0.235 0.270 0.031 0.002 0.001 0.002 0.173 53 T 0.006 0.005 0.003 0.262 0.237 0.212 0.055 0.001 0.001 0.001 0.218 54 V 0.003 0.003 0.004 0.234 0.208 0.282 0.035 0.001 0.001 0.002 0.228 55 T 0.003 0.004 0.002 0.280 0.183 0.249 0.082 0.001 0.001 0.004 0.194 56 E 0.006 0.001 0.001 0.055 0.055 0.129 0.050 0.001 0.001 0.003 0.700