# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.066 0.011 0.025 0.051 0.078 0.040 0.008 0.722 2 T 0.059 0.011 0.056 0.067 0.142 0.107 0.009 0.550 3 Y 0.031 0.006 0.059 0.324 0.344 0.033 0.003 0.199 4 K 0.015 0.007 0.123 0.254 0.354 0.071 0.002 0.173 5 L 0.009 0.004 0.093 0.402 0.369 0.016 0.001 0.106 6 I 0.002 0.007 0.226 0.240 0.484 0.008 0.001 0.033 7 L 0.006 0.007 0.222 0.328 0.362 0.016 0.001 0.059 8 N 0.003 0.009 0.141 0.197 0.410 0.022 0.002 0.215 9 L 0.015 0.011 0.117 0.096 0.296 0.058 0.006 0.403 10 K 0.026 0.009 0.047 0.051 0.090 0.284 0.008 0.484 11 Q 0.064 0.015 0.022 0.017 0.033 0.205 0.011 0.632 12 A 0.097 0.087 0.051 0.032 0.068 0.119 0.011 0.536 13 K 0.045 0.166 0.030 0.018 0.043 0.173 0.007 0.518 14 E 0.055 0.168 0.013 0.009 0.021 0.083 0.007 0.643 15 E 0.084 0.452 0.023 0.013 0.024 0.089 0.010 0.307 16 A 0.083 0.580 0.021 0.012 0.018 0.053 0.010 0.223 17 I 0.026 0.801 0.026 0.009 0.021 0.011 0.005 0.102 18 K 0.029 0.753 0.024 0.010 0.017 0.021 0.006 0.140 19 E 0.043 0.775 0.018 0.005 0.008 0.020 0.011 0.119 20 L 0.084 0.729 0.042 0.004 0.009 0.005 0.017 0.109 21 V 0.044 0.709 0.098 0.009 0.008 0.034 0.007 0.091 22 D 0.053 0.592 0.038 0.013 0.014 0.060 0.011 0.220 23 A 0.046 0.725 0.041 0.002 0.007 0.014 0.007 0.159 24 G 0.010 0.298 0.005 0.001 0.001 0.364 0.005 0.316 25 T 0.042 0.279 0.001 0.001 0.001 0.520 0.007 0.151 26 A 0.024 0.952 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 27 E 0.005 0.961 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 28 K 0.007 0.930 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.044 29 Y 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 I 0.003 0.982 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 31 K 0.008 0.953 0.007 0.002 0.001 0.002 0.004 0.024 32 L 0.009 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 33 I 0.014 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 34 A 0.014 0.950 0.013 0.002 0.002 0.001 0.006 0.012 35 N 0.056 0.774 0.030 0.014 0.015 0.008 0.039 0.065 36 A 0.229 0.429 0.027 0.017 0.013 0.020 0.071 0.194 37 K 0.155 0.180 0.067 0.024 0.018 0.097 0.132 0.329 38 T 0.426 0.029 0.070 0.014 0.014 0.069 0.110 0.269 39 V 0.074 0.023 0.436 0.116 0.064 0.080 0.007 0.199 40 E 0.011 0.009 0.130 0.112 0.132 0.141 0.003 0.462 41 G 0.024 0.007 0.123 0.096 0.273 0.032 0.003 0.442 42 V 0.063 0.012 0.297 0.120 0.185 0.140 0.007 0.177 43 W 0.016 0.005 0.131 0.335 0.207 0.032 0.002 0.273 44 T 0.007 0.007 0.127 0.227 0.362 0.082 0.003 0.185 45 L 0.010 0.006 0.044 0.266 0.383 0.060 0.002 0.229 46 K 0.011 0.010 0.026 0.077 0.160 0.168 0.005 0.543 47 D 0.046 0.011 0.009 0.036 0.050 0.235 0.012 0.602 48 E 0.346 0.033 0.013 0.046 0.060 0.159 0.045 0.297 49 I 0.138 0.099 0.026 0.070 0.092 0.255 0.024 0.294 50 K 0.090 0.058 0.041 0.199 0.334 0.071 0.013 0.193 51 T 0.047 0.030 0.055 0.076 0.175 0.031 0.006 0.580 52 F 0.025 0.017 0.074 0.260 0.318 0.030 0.005 0.270 53 T 0.055 0.010 0.070 0.175 0.235 0.070 0.006 0.379 54 V 0.010 0.007 0.094 0.162 0.228 0.034 0.002 0.463 55 T 0.012 0.008 0.099 0.203 0.317 0.137 0.003 0.222 56 E 0.018 0.005 0.031 0.047 0.071 0.098 0.002 0.727