# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.118 0.251 0.048 0.016 0.294 0.023 0.036 0.095 0.042 0.036 0.040 2 T 0.244 0.112 0.017 0.007 0.424 0.012 0.020 0.062 0.025 0.027 0.051 3 Y 0.259 0.093 0.008 0.004 0.552 0.006 0.007 0.031 0.010 0.007 0.024 4 K 0.189 0.078 0.009 0.003 0.642 0.006 0.011 0.035 0.007 0.003 0.018 5 L 0.366 0.045 0.004 0.002 0.534 0.001 0.005 0.019 0.003 0.003 0.018 6 I 0.454 0.052 0.006 0.004 0.385 0.004 0.017 0.030 0.006 0.006 0.037 7 L 0.172 0.136 0.069 0.017 0.324 0.030 0.037 0.061 0.021 0.024 0.110 8 N 0.137 0.133 0.044 0.039 0.125 0.039 0.039 0.121 0.066 0.133 0.123 9 L 0.059 0.167 0.042 0.030 0.146 0.026 0.029 0.209 0.172 0.084 0.036 10 K 0.036 0.107 0.040 0.018 0.084 0.028 0.066 0.345 0.183 0.071 0.022 11 Q 0.091 0.084 0.047 0.013 0.109 0.011 0.055 0.338 0.082 0.111 0.058 12 A 0.047 0.148 0.053 0.019 0.072 0.024 0.034 0.358 0.120 0.096 0.029 13 K 0.027 0.117 0.049 0.020 0.044 0.021 0.030 0.513 0.104 0.059 0.017 14 E 0.008 0.023 0.009 0.004 0.014 0.006 0.010 0.735 0.140 0.041 0.009 15 E 0.004 0.016 0.005 0.002 0.008 0.003 0.015 0.843 0.082 0.018 0.003 16 A 0.009 0.018 0.004 0.001 0.010 0.001 0.008 0.858 0.064 0.023 0.004 17 I 0.008 0.006 0.002 0.001 0.009 0.004 0.004 0.793 0.143 0.027 0.004 18 K 0.003 0.006 0.003 0.002 0.006 0.005 0.016 0.822 0.128 0.007 0.002 19 E 0.007 0.012 0.005 0.002 0.012 0.004 0.053 0.766 0.094 0.043 0.003 20 L 0.053 0.014 0.005 0.002 0.035 0.003 0.043 0.629 0.100 0.099 0.016 21 V 0.044 0.156 0.035 0.011 0.123 0.020 0.044 0.379 0.124 0.043 0.023 22 D 0.072 0.072 0.033 0.009 0.081 0.016 0.049 0.429 0.097 0.105 0.038 23 A 0.021 0.043 0.013 0.004 0.043 0.005 0.016 0.603 0.179 0.061 0.013 24 G 0.009 0.030 0.018 0.007 0.015 0.013 0.039 0.733 0.098 0.032 0.008 25 T 0.017 0.058 0.020 0.002 0.021 0.002 0.006 0.760 0.068 0.036 0.012 26 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.892 0.093 0.007 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.016 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.016 0.002 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.038 0.002 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.025 0.001 0.001 32 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.974 0.010 0.001 0.001 33 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.926 0.038 0.009 0.001 34 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.008 0.005 0.021 0.830 0.099 0.022 0.003 35 N 0.008 0.015 0.014 0.003 0.013 0.010 0.038 0.713 0.118 0.059 0.010 36 A 0.008 0.153 0.082 0.014 0.029 0.027 0.120 0.387 0.131 0.037 0.011 37 K 0.038 0.336 0.138 0.042 0.057 0.020 0.040 0.051 0.041 0.163 0.074 38 T 0.101 0.076 0.054 0.033 0.080 0.011 0.013 0.036 0.033 0.308 0.255 39 V 0.215 0.138 0.071 0.027 0.246 0.040 0.049 0.062 0.044 0.053 0.055 40 E 0.049 0.090 0.078 0.176 0.061 0.215 0.153 0.051 0.045 0.057 0.025 41 G 0.083 0.086 0.180 0.278 0.112 0.050 0.014 0.022 0.028 0.103 0.044 42 V 0.183 0.154 0.015 0.004 0.511 0.007 0.015 0.041 0.029 0.021 0.021 43 W 0.179 0.195 0.052 0.003 0.462 0.005 0.007 0.014 0.005 0.010 0.067 44 T 0.218 0.278 0.064 0.006 0.296 0.005 0.006 0.017 0.006 0.013 0.091 45 L 0.118 0.257 0.103 0.035 0.191 0.036 0.027 0.090 0.060 0.041 0.041 46 K 0.078 0.074 0.048 0.038 0.091 0.061 0.117 0.261 0.157 0.050 0.024 47 D 0.069 0.075 0.046 0.026 0.088 0.034 0.074 0.172 0.149 0.213 0.053 48 E 0.125 0.184 0.031 0.014 0.306 0.015 0.045 0.085 0.066 0.089 0.041 49 I 0.306 0.122 0.024 0.016 0.313 0.018 0.020 0.038 0.028 0.049 0.066 50 K 0.126 0.232 0.062 0.024 0.354 0.036 0.046 0.040 0.023 0.019 0.037 51 T 0.348 0.078 0.023 0.013 0.370 0.012 0.017 0.030 0.020 0.042 0.048 52 F 0.158 0.228 0.038 0.011 0.414 0.016 0.025 0.029 0.020 0.022 0.039 53 T 0.161 0.222 0.067 0.003 0.448 0.004 0.007 0.015 0.006 0.009 0.059 54 V 0.207 0.251 0.041 0.009 0.276 0.010 0.015 0.046 0.028 0.043 0.074 55 T 0.075 0.327 0.172 0.029 0.217 0.022 0.025 0.057 0.031 0.016 0.029 56 E 0.105 0.090 0.034 0.017 0.113 0.029 0.071 0.296 0.141 0.068 0.036