# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.590 0.214 0.140 0.039 0.013 0.004 0.001 2 T 0.203 0.270 0.316 0.140 0.048 0.020 0.002 3 Y 0.016 0.055 0.095 0.269 0.357 0.196 0.012 4 K 0.036 0.114 0.257 0.279 0.211 0.087 0.015 5 L 0.011 0.026 0.038 0.074 0.174 0.554 0.125 6 I 0.018 0.045 0.099 0.230 0.325 0.237 0.045 7 L 0.019 0.038 0.068 0.235 0.332 0.258 0.049 8 N 0.165 0.257 0.336 0.142 0.070 0.026 0.004 9 L 0.112 0.181 0.224 0.265 0.152 0.062 0.004 10 K 0.496 0.307 0.137 0.045 0.011 0.003 0.001 11 Q 0.479 0.319 0.127 0.053 0.018 0.004 0.001 12 A 0.195 0.172 0.209 0.257 0.137 0.029 0.001 13 K 0.423 0.299 0.176 0.077 0.019 0.005 0.001 14 E 0.547 0.280 0.114 0.044 0.012 0.002 0.001 15 E 0.387 0.331 0.160 0.083 0.030 0.008 0.001 16 A 0.085 0.124 0.235 0.265 0.221 0.066 0.003 17 I 0.078 0.131 0.181 0.282 0.207 0.111 0.010 18 K 0.219 0.294 0.260 0.148 0.061 0.016 0.002 19 E 0.155 0.316 0.253 0.184 0.066 0.023 0.003 20 L 0.053 0.073 0.143 0.243 0.293 0.178 0.017 21 V 0.057 0.087 0.134 0.228 0.270 0.197 0.028 22 D 0.106 0.218 0.273 0.203 0.130 0.060 0.009 23 A 0.068 0.109 0.174 0.265 0.232 0.137 0.016 24 G 0.249 0.350 0.208 0.127 0.043 0.020 0.003 25 T 0.145 0.284 0.267 0.164 0.097 0.039 0.005 26 A 0.027 0.045 0.073 0.204 0.321 0.295 0.035 27 E 0.053 0.175 0.312 0.292 0.119 0.042 0.006 28 K 0.121 0.360 0.285 0.156 0.056 0.020 0.003 29 Y 0.014 0.055 0.166 0.314 0.315 0.124 0.013 30 I 0.003 0.007 0.016 0.067 0.272 0.530 0.104 31 K 0.022 0.134 0.331 0.286 0.159 0.060 0.008 32 L 0.035 0.218 0.258 0.265 0.144 0.073 0.007 33 I 0.020 0.073 0.158 0.293 0.294 0.152 0.011 34 A 0.030 0.059 0.113 0.276 0.338 0.165 0.018 35 N 0.209 0.302 0.281 0.134 0.060 0.012 0.001 36 A 0.428 0.279 0.183 0.088 0.017 0.004 0.001 37 K 0.635 0.226 0.116 0.016 0.005 0.002 0.001 38 T 0.200 0.366 0.240 0.127 0.052 0.014 0.001 39 V 0.037 0.053 0.084 0.227 0.397 0.188 0.014 40 E 0.151 0.328 0.255 0.193 0.053 0.018 0.002 41 G 0.077 0.137 0.170 0.221 0.254 0.127 0.014 42 V 0.072 0.182 0.255 0.281 0.149 0.052 0.007 43 W 0.035 0.050 0.099 0.202 0.319 0.259 0.034 44 T 0.097 0.181 0.259 0.224 0.166 0.066 0.006 45 L 0.106 0.174 0.223 0.268 0.165 0.059 0.006 46 K 0.501 0.306 0.137 0.040 0.013 0.003 0.001 47 D 0.568 0.291 0.073 0.050 0.014 0.004 0.001 48 E 0.428 0.243 0.180 0.090 0.045 0.013 0.001 49 I 0.194 0.246 0.234 0.187 0.100 0.036 0.003 50 K 0.122 0.178 0.223 0.248 0.169 0.055 0.005 51 T 0.183 0.289 0.206 0.196 0.091 0.032 0.003 52 F 0.104 0.109 0.149 0.211 0.232 0.180 0.014 53 T 0.205 0.238 0.256 0.173 0.092 0.032 0.003 54 V 0.134 0.119 0.178 0.289 0.199 0.074 0.006 55 T 0.556 0.263 0.120 0.045 0.012 0.003 0.001 56 E 0.695 0.190 0.079 0.026 0.008 0.002 0.001