# TARGET T0498 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0498.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77508 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.146 0.144 0.143 0.164 0.139 0.105 0.066 0.043 0.025 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 2 T 0.036 0.062 0.079 0.144 0.177 0.153 0.128 0.112 0.055 0.029 0.015 0.007 0.003 0.002 3 Y 0.011 0.010 0.015 0.029 0.062 0.099 0.143 0.159 0.163 0.127 0.081 0.058 0.032 0.011 4 K 0.017 0.019 0.030 0.043 0.078 0.104 0.137 0.142 0.157 0.113 0.085 0.040 0.020 0.015 5 L 0.007 0.004 0.008 0.012 0.023 0.036 0.069 0.092 0.129 0.175 0.215 0.132 0.066 0.031 6 I 0.005 0.007 0.009 0.020 0.035 0.062 0.077 0.120 0.162 0.143 0.118 0.112 0.082 0.047 7 L 0.009 0.008 0.008 0.014 0.024 0.047 0.082 0.113 0.158 0.199 0.152 0.107 0.060 0.019 8 N 0.016 0.036 0.044 0.099 0.138 0.160 0.184 0.161 0.075 0.040 0.031 0.008 0.003 0.006 9 L 0.012 0.020 0.034 0.068 0.114 0.146 0.146 0.138 0.136 0.081 0.060 0.024 0.014 0.006 10 K 0.171 0.145 0.169 0.170 0.124 0.094 0.056 0.032 0.025 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.211 0.191 0.238 0.137 0.093 0.064 0.029 0.016 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 A 0.072 0.070 0.057 0.123 0.201 0.164 0.145 0.098 0.044 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 13 K 0.157 0.179 0.186 0.182 0.121 0.093 0.043 0.018 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.517 0.191 0.111 0.071 0.045 0.034 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.321 0.203 0.173 0.117 0.084 0.055 0.025 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.098 0.069 0.088 0.139 0.178 0.164 0.113 0.084 0.038 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 17 I 0.083 0.070 0.065 0.144 0.182 0.161 0.127 0.087 0.048 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 18 K 0.311 0.186 0.163 0.116 0.080 0.065 0.035 0.018 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 19 E 0.172 0.132 0.141 0.160 0.147 0.119 0.059 0.030 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 20 L 0.056 0.046 0.061 0.103 0.144 0.166 0.151 0.127 0.065 0.036 0.022 0.011 0.008 0.002 21 V 0.128 0.091 0.087 0.111 0.150 0.128 0.131 0.093 0.040 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 22 D 0.109 0.089 0.092 0.142 0.163 0.144 0.101 0.071 0.050 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 23 A 0.060 0.048 0.059 0.111 0.161 0.163 0.147 0.114 0.063 0.035 0.022 0.009 0.005 0.002 24 G 0.269 0.173 0.170 0.138 0.116 0.064 0.035 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 T 0.185 0.174 0.164 0.147 0.128 0.091 0.053 0.032 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 A 0.031 0.023 0.025 0.072 0.155 0.200 0.224 0.139 0.087 0.025 0.013 0.003 0.002 0.001 27 E 0.119 0.184 0.249 0.185 0.118 0.087 0.031 0.012 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.522 0.266 0.090 0.057 0.028 0.024 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.036 0.070 0.090 0.188 0.216 0.199 0.112 0.057 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 30 I 0.016 0.016 0.027 0.066 0.130 0.189 0.222 0.202 0.077 0.024 0.020 0.005 0.004 0.001 31 K 0.152 0.229 0.180 0.180 0.116 0.083 0.032 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.291 0.197 0.177 0.137 0.090 0.063 0.022 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 33 I 0.047 0.057 0.081 0.169 0.212 0.191 0.117 0.078 0.027 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 34 A 0.059 0.065 0.091 0.151 0.203 0.171 0.126 0.082 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 35 N 0.239 0.202 0.160 0.164 0.119 0.062 0.029 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.439 0.187 0.177 0.080 0.048 0.038 0.016 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.306 0.182 0.186 0.120 0.082 0.070 0.032 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 T 0.179 0.138 0.113 0.151 0.160 0.121 0.077 0.032 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 39 V 0.110 0.069 0.057 0.108 0.151 0.149 0.135 0.115 0.050 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 40 E 0.226 0.142 0.133 0.133 0.118 0.089 0.057 0.042 0.029 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 41 G 0.109 0.059 0.067 0.102 0.129 0.129 0.117 0.097 0.070 0.058 0.033 0.019 0.008 0.003 42 V 0.098 0.080 0.097 0.132 0.165 0.127 0.112 0.080 0.049 0.031 0.018 0.006 0.003 0.002 43 W 0.137 0.063 0.070 0.094 0.123 0.117 0.105 0.100 0.071 0.057 0.032 0.018 0.010 0.003 44 T 0.115 0.103 0.094 0.141 0.168 0.121 0.103 0.075 0.040 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 45 L 0.070 0.055 0.064 0.110 0.159 0.148 0.134 0.103 0.076 0.039 0.023 0.013 0.005 0.002 46 K 0.218 0.174 0.172 0.138 0.109 0.078 0.055 0.023 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 47 D 0.370 0.201 0.142 0.100 0.063 0.062 0.031 0.012 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 48 E 0.121 0.118 0.100 0.163 0.171 0.151 0.088 0.044 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 49 I 0.057 0.043 0.054 0.095 0.144 0.164 0.153 0.132 0.071 0.041 0.023 0.013 0.007 0.002 50 K 0.118 0.073 0.081 0.115 0.144 0.135 0.109 0.089 0.064 0.035 0.021 0.011 0.004 0.002 51 T 0.083 0.044 0.060 0.083 0.111 0.111 0.118 0.118 0.092 0.072 0.053 0.034 0.015 0.006 52 F 0.055 0.030 0.036 0.056 0.097 0.112 0.136 0.125 0.101 0.087 0.076 0.053 0.025 0.011 53 T 0.082 0.056 0.069 0.085 0.110 0.122 0.114 0.106 0.097 0.071 0.043 0.028 0.012 0.007 54 V 0.081 0.042 0.042 0.061 0.109 0.111 0.153 0.137 0.088 0.070 0.065 0.022 0.012 0.006 55 T 0.118 0.087 0.103 0.122 0.139 0.125 0.099 0.078 0.057 0.034 0.022 0.009 0.004 0.003 56 E 0.177 0.093 0.110 0.131 0.136 0.110 0.086 0.065 0.041 0.029 0.013 0.007 0.003 0.001