# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.001 0.001 0.022 0.074 0.076 0.146 0.001 0.001 0.016 0.653 2 N 0.020 0.002 0.001 0.012 0.020 0.033 0.085 0.001 0.001 0.022 0.804 3 T 0.006 0.002 0.001 0.033 0.096 0.120 0.162 0.001 0.001 0.029 0.552 4 P 0.006 0.007 0.001 0.032 0.021 0.040 0.101 0.001 0.001 0.036 0.754 5 V 0.003 0.010 0.001 0.035 0.169 0.127 0.126 0.001 0.001 0.019 0.509 6 S 0.049 0.328 0.001 0.062 0.013 0.033 0.043 0.006 0.001 0.080 0.384 7 V 0.036 0.312 0.002 0.019 0.026 0.024 0.073 0.003 0.001 0.075 0.429 8 N 0.026 0.604 0.003 0.019 0.014 0.034 0.030 0.002 0.001 0.069 0.200 9 E 0.022 0.843 0.001 0.004 0.002 0.005 0.009 0.002 0.001 0.032 0.080 10 K 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.014 11 K 0.004 0.940 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.032 0.015 12 D 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.027 0.009 13 F 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 14 V 0.002 0.979 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 15 K 0.009 0.547 0.006 0.002 0.010 0.020 0.005 0.001 0.001 0.381 0.020 16 W 0.022 0.409 0.034 0.014 0.017 0.019 0.021 0.004 0.005 0.376 0.079 17 F 0.171 0.424 0.049 0.011 0.037 0.026 0.027 0.018 0.006 0.157 0.073 18 L 0.254 0.196 0.022 0.010 0.012 0.019 0.051 0.019 0.009 0.080 0.328 19 N 0.046 0.147 0.004 0.005 0.008 0.014 0.056 0.002 0.001 0.020 0.697 20 N 0.033 0.156 0.004 0.007 0.009 0.018 0.067 0.004 0.001 0.032 0.670 21 Y 0.043 0.148 0.004 0.014 0.047 0.037 0.121 0.003 0.001 0.061 0.521 22 Q 0.055 0.181 0.004 0.024 0.026 0.047 0.085 0.003 0.002 0.075 0.497 23 L 0.028 0.102 0.003 0.023 0.015 0.026 0.089 0.003 0.001 0.062 0.647 24 K 0.110 0.515 0.003 0.019 0.009 0.013 0.032 0.005 0.001 0.058 0.236 25 Q 0.043 0.778 0.001 0.004 0.003 0.005 0.014 0.002 0.001 0.023 0.126 26 R 0.014 0.765 0.001 0.003 0.005 0.012 0.018 0.001 0.001 0.062 0.118 27 E 0.003 0.909 0.001 0.003 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.039 0.029 28 C 0.001 0.945 0.001 0.002 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.023 0.012 29 V 0.005 0.561 0.002 0.008 0.018 0.018 0.003 0.001 0.001 0.373 0.012 30 W 0.002 0.846 0.001 0.006 0.010 0.017 0.003 0.001 0.001 0.102 0.011 31 I 0.005 0.921 0.001 0.001 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.044 0.010 32 L 0.027 0.885 0.006 0.005 0.008 0.006 0.003 0.004 0.001 0.047 0.009 33 N 0.032 0.451 0.010 0.007 0.012 0.028 0.023 0.003 0.004 0.310 0.119 34 Y 0.062 0.267 0.031 0.023 0.019 0.027 0.049 0.013 0.005 0.277 0.228 35 L 0.171 0.202 0.028 0.020 0.019 0.013 0.080 0.017 0.006 0.198 0.246 36 M 0.062 0.118 0.007 0.005 0.007 0.008 0.097 0.005 0.002 0.073 0.616 37 S 0.034 0.330 0.003 0.003 0.001 0.003 0.058 0.005 0.001 0.029 0.534 38 H 0.104 0.575 0.003 0.001 0.001 0.001 0.038 0.016 0.002 0.015 0.244 39 D 0.185 0.424 0.011 0.002 0.002 0.003 0.052 0.014 0.005 0.073 0.229 40 Q 0.094 0.263 0.032 0.006 0.004 0.008 0.059 0.009 0.009 0.148 0.366 41 L 0.193 0.219 0.017 0.020 0.007 0.016 0.069 0.010 0.004 0.115 0.331 42 M 0.103 0.093 0.008 0.021 0.007 0.022 0.097 0.008 0.003 0.079 0.559 43 H 0.014 0.064 0.002 0.037 0.034 0.088 0.103 0.002 0.001 0.044 0.611 44 K 0.007 0.078 0.001 0.063 0.040 0.141 0.086 0.002 0.001 0.070 0.513 45 V 0.008 0.070 0.001 0.128 0.216 0.137 0.075 0.001 0.001 0.118 0.246 46 H 0.004 0.101 0.002 0.290 0.197 0.218 0.025 0.001 0.001 0.066 0.095 47 F 0.023 0.111 0.004 0.127 0.103 0.206 0.046 0.006 0.001 0.105 0.268 48 V 0.118 0.064 0.005 0.227 0.131 0.117 0.045 0.005 0.002 0.110 0.176 49 E 0.055 0.060 0.009 0.069 0.080 0.142 0.057 0.004 0.002 0.067 0.454 50 H 0.179 0.036 0.007 0.040 0.031 0.070 0.091 0.011 0.002 0.063 0.470 51 A 0.235 0.006 0.005 0.013 0.023 0.027 0.111 0.004 0.003 0.052 0.522 52 K 0.008 0.003 0.002 0.014 0.047 0.066 0.121 0.001 0.001 0.021 0.716 53 Y 0.024 0.009 0.002 0.009 0.010 0.021 0.080 0.001 0.001 0.028 0.815 54 C 0.265 0.027 0.003 0.017 0.041 0.038 0.129 0.006 0.001 0.080 0.393 55 P 0.021 0.034 0.001 0.025 0.018 0.045 0.132 0.002 0.001 0.063 0.659 56 R 0.010 0.020 0.001 0.140 0.092 0.259 0.079 0.001 0.001 0.059 0.340 57 G 0.005 0.011 0.001 0.215 0.084 0.253 0.073 0.001 0.001 0.116 0.240 58 L 0.002 0.008 0.001 0.363 0.239 0.206 0.025 0.001 0.001 0.042 0.114 59 V 0.004 0.008 0.002 0.240 0.229 0.318 0.022 0.001 0.001 0.079 0.097 60 M 0.006 0.006 0.002 0.171 0.272 0.260 0.049 0.001 0.001 0.046 0.186 61 S 0.112 0.028 0.002 0.096 0.196 0.242 0.047 0.005 0.001 0.057 0.214 62 A 0.089 0.018 0.002 0.041 0.086 0.138 0.093 0.003 0.001 0.056 0.471 63 N 0.016 0.008 0.005 0.028 0.059 0.106 0.119 0.002 0.001 0.043 0.613 64 C 0.111 0.006 0.006 0.032 0.082 0.130 0.096 0.004 0.001 0.068 0.464 65 V 0.136 0.003 0.001 0.020 0.050 0.052 0.127 0.002 0.001 0.050 0.560 66 K 0.007 0.005 0.001 0.017 0.039 0.052 0.103 0.001 0.001 0.018 0.757 67 D 0.024 0.019 0.001 0.009 0.016 0.029 0.072 0.001 0.001 0.020 0.809 68 T 0.100 0.081 0.002 0.023 0.119 0.089 0.088 0.004 0.001 0.065 0.430 69 P 0.015 0.139 0.001 0.020 0.059 0.117 0.088 0.003 0.001 0.046 0.511 70 F 0.028 0.071 0.001 0.032 0.127 0.305 0.064 0.002 0.001 0.063 0.306 71 H 0.033 0.062 0.002 0.096 0.129 0.260 0.050 0.002 0.001 0.088 0.277 72 F 0.010 0.013 0.011 0.063 0.218 0.298 0.046 0.002 0.002 0.110 0.227 73 F 0.128 0.021 0.006 0.061 0.194 0.222 0.055 0.005 0.001 0.057 0.251 74 K 0.509 0.026 0.002 0.014 0.039 0.053 0.043 0.005 0.001 0.028 0.281 75 Q 0.015 0.006 0.001 0.019 0.034 0.071 0.124 0.001 0.001 0.062 0.667 76 N 0.009 0.007 0.004 0.047 0.064 0.133 0.133 0.001 0.001 0.086 0.517 77 V 0.014 0.009 0.001 0.095 0.169 0.134 0.130 0.002 0.001 0.057 0.390 78 M 0.013 0.022 0.001 0.109 0.101 0.105 0.081 0.003 0.001 0.096 0.468 79 T 0.009 0.066 0.001 0.113 0.078 0.093 0.077 0.002 0.001 0.126 0.435 80 T 0.013 0.209 0.001 0.089 0.040 0.051 0.068 0.004 0.001 0.093 0.433 81 D 0.060 0.450 0.002 0.026 0.020 0.019 0.038 0.008 0.001 0.221 0.155 82 A 0.033 0.747 0.003 0.005 0.004 0.006 0.025 0.014 0.001 0.064 0.098 83 E 0.056 0.652 0.007 0.004 0.003 0.007 0.020 0.010 0.001 0.166 0.074 84 K 0.056 0.703 0.013 0.006 0.002 0.006 0.021 0.016 0.004 0.084 0.089 85 S 0.049 0.730 0.013 0.002 0.004 0.010 0.024 0.016 0.003 0.049 0.101 86 F 0.135 0.537 0.023 0.004 0.005 0.014 0.025 0.022 0.008 0.082 0.146 87 H 0.076 0.383 0.012 0.009 0.024 0.038 0.068 0.007 0.004 0.064 0.315 88 D 0.053 0.093 0.018 0.015 0.024 0.089 0.087 0.015 0.009 0.162 0.434 89 I 0.142 0.045 0.008 0.042 0.057 0.053 0.126 0.008 0.005 0.109 0.405 90 R 0.062 0.024 0.007 0.032 0.067 0.077 0.100 0.003 0.003 0.089 0.537 91 L 0.017 0.008 0.004 0.023 0.027 0.042 0.112 0.002 0.001 0.047 0.718 92 N 0.292 0.017 0.007 0.023 0.018 0.019 0.096 0.007 0.002 0.098 0.422 93 R 0.178 0.025 0.003 0.010 0.017 0.015 0.094 0.004 0.001 0.036 0.617 94 D 0.065 0.037 0.002 0.008 0.012 0.020 0.101 0.003 0.001 0.040 0.712 95 E 0.028 0.027 0.004 0.023 0.050 0.118 0.131 0.002 0.001 0.111 0.507 96 D 0.006 0.022 0.001 0.063 0.066 0.173 0.116 0.001 0.001 0.170 0.383 97 I 0.003 0.012 0.001 0.117 0.267 0.426 0.028 0.001 0.001 0.056 0.090 98 Y 0.002 0.009 0.001 0.126 0.175 0.481 0.023 0.001 0.001 0.063 0.119 99 I 0.001 0.005 0.001 0.176 0.343 0.376 0.014 0.001 0.001 0.023 0.061 100 Q 0.003 0.008 0.001 0.224 0.250 0.411 0.011 0.001 0.001 0.031 0.061 101 L 0.007 0.004 0.001 0.302 0.284 0.196 0.034 0.001 0.001 0.069 0.102 102 N 0.008 0.004 0.003 0.194 0.262 0.208 0.050 0.001 0.001 0.104 0.165 103 F 0.070 0.026 0.003 0.135 0.087 0.077 0.091 0.006 0.001 0.073 0.429 104 K 0.149 0.054 0.004 0.020 0.027 0.025 0.099 0.017 0.002 0.061 0.543 105 S 0.150 0.072 0.006 0.012 0.010 0.019 0.097 0.014 0.002 0.098 0.521 106 S 0.076 0.087 0.003 0.008 0.007 0.014 0.090 0.007 0.001 0.047 0.659 107 F 0.044 0.061 0.006 0.015 0.014 0.019 0.126 0.005 0.001 0.130 0.578 108 Q 0.030 0.230 0.006 0.011 0.013 0.018 0.086 0.006 0.001 0.053 0.546 109 N 0.092 0.732 0.001 0.002 0.002 0.004 0.017 0.008 0.001 0.015 0.128 110 A 0.052 0.719 0.002 0.002 0.002 0.004 0.023 0.006 0.001 0.030 0.159 111 N 0.013 0.859 0.002 0.003 0.003 0.010 0.014 0.002 0.001 0.021 0.073 112 Y 0.018 0.887 0.002 0.002 0.003 0.010 0.008 0.005 0.001 0.015 0.050 113 V 0.091 0.664 0.005 0.010 0.015 0.018 0.020 0.006 0.002 0.083 0.086 114 A 0.054 0.553 0.011 0.016 0.027 0.056 0.026 0.007 0.004 0.081 0.164 115 V 0.111 0.171 0.024 0.028 0.033 0.082 0.057 0.029 0.009 0.166 0.289 116 L 0.257 0.025 0.017 0.034 0.059 0.043 0.079 0.009 0.008 0.139 0.330 117 E 0.028 0.014 0.008 0.021 0.058 0.052 0.086 0.002 0.002 0.045 0.684 118 E 0.046 0.025 0.002 0.015 0.009 0.013 0.070 0.007 0.001 0.017 0.795 119 N 0.562 0.011 0.005 0.007 0.006 0.005 0.064 0.015 0.003 0.046 0.274 120 P 0.008 0.004 0.001 0.007 0.008 0.010 0.126 0.001 0.001 0.010 0.827 121 Y 0.016 0.015 0.001 0.017 0.006 0.013 0.069 0.001 0.001 0.021 0.841 122 L 0.072 0.041 0.002 0.023 0.015 0.017 0.166 0.006 0.001 0.059 0.597 123 P 0.156 0.142 0.002 0.019 0.004 0.007 0.078 0.009 0.001 0.038 0.543 124 K 0.073 0.135 0.002 0.018 0.011 0.022 0.077 0.008 0.001 0.031 0.621 125 H 0.087 0.121 0.006 0.030 0.009 0.024 0.093 0.008 0.002 0.096 0.525 126 I 0.092 0.151 0.003 0.029 0.025 0.036 0.097 0.007 0.001 0.058 0.502 127 E 0.062 0.362 0.003 0.016 0.010 0.015 0.053 0.008 0.001 0.042 0.427 128 V 0.051 0.482 0.008 0.009 0.010 0.015 0.050 0.015 0.002 0.054 0.304 129 N 0.080 0.686 0.004 0.004 0.006 0.008 0.022 0.008 0.001 0.040 0.142 130 E 0.034 0.858 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.005 0.001 0.012 0.074 131 K 0.010 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.010 0.044 132 D 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.017 133 R 0.013 0.936 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.022 0.019 134 L 0.013 0.940 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.016 0.017 135 L 0.020 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.011 0.013 136 A 0.019 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.015 137 E 0.032 0.872 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.030 0.050 138 R 0.029 0.786 0.005 0.002 0.002 0.004 0.015 0.007 0.002 0.050 0.099 139 F 0.026 0.363 0.019 0.004 0.005 0.006 0.032 0.008 0.005 0.397 0.135 140 L 0.032 0.669 0.010 0.005 0.004 0.003 0.018 0.007 0.002 0.121 0.130 141 E 0.024 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.022 0.058 142 E 0.015 0.603 0.005 0.002 0.001 0.002 0.019 0.008 0.002 0.224 0.118 143 S 0.012 0.792 0.008 0.002 0.001 0.002 0.013 0.005 0.002 0.105 0.059 144 V 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.021 145 F 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.015 146 S 0.011 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.037 0.031 147 F 0.013 0.877 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.040 0.050 148 R 0.014 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.029 0.026 149 R 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.015 150 E 0.010 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.030 0.037 151 R 0.020 0.730 0.018 0.002 0.001 0.002 0.013 0.011 0.009 0.132 0.061 152 L 0.104 0.746 0.017 0.002 0.001 0.001 0.009 0.033 0.006 0.035 0.047 153 L 0.167 0.509 0.009 0.004 0.002 0.001 0.015 0.019 0.004 0.107 0.163 154 K 0.022 0.454 0.005 0.003 0.001 0.002 0.036 0.004 0.001 0.058 0.413 155 Q 0.010 0.629 0.004 0.004 0.001 0.001 0.029 0.005 0.001 0.059 0.256 156 I 0.020 0.805 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.033 0.004 0.031 0.078 157 D 0.140 0.757 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.004 0.028 0.043 158 E 0.124 0.727 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.005 0.017 0.097 159 A 0.073 0.532 0.036 0.003 0.001 0.001 0.032 0.025 0.022 0.065 0.210 160 L 0.168 0.330 0.083 0.010 0.001 0.002 0.036 0.046 0.032 0.084 0.208 161 D 0.455 0.209 0.005 0.002 0.001 0.001 0.026 0.014 0.004 0.027 0.256 162 K 0.074 0.174 0.003 0.003 0.001 0.001 0.071 0.004 0.001 0.034 0.633 163 Q 0.004 0.377 0.006 0.003 0.001 0.002 0.062 0.003 0.001 0.026 0.515 164 D 0.034 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.009 0.051 165 K 0.050 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.017 0.022 166 E 0.009 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.020 0.038 167 A 0.018 0.872 0.003 0.002 0.001 0.004 0.007 0.006 0.001 0.047 0.038 168 F 0.040 0.365 0.010 0.017 0.005 0.005 0.015 0.005 0.002 0.472 0.064 169 H 0.015 0.618 0.004 0.012 0.016 0.014 0.021 0.001 0.001 0.160 0.139 170 R 0.004 0.904 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.027 0.050 171 L 0.005 0.924 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.022 0.024 172 T 0.042 0.821 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.089 0.029 173 A 0.028 0.886 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.017 0.051 174 E 0.113 0.566 0.030 0.002 0.002 0.006 0.030 0.050 0.020 0.068 0.114 175 L 0.569 0.081 0.058 0.004 0.001 0.003 0.025 0.041 0.055 0.051 0.112 176 K 0.100 0.033 0.006 0.005 0.005 0.007 0.049 0.002 0.002 0.022 0.768 177 M 0.028 0.018 0.002 0.006 0.003 0.007 0.071 0.002 0.001 0.018 0.845 178 L 0.033 0.020 0.005 0.012 0.011 0.013 0.183 0.004 0.002 0.031 0.687