# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.002 0.010 0.019 0.029 0.130 0.013 0.782 2 N 0.029 0.005 0.011 0.020 0.033 0.095 0.027 0.780 3 T 0.033 0.012 0.024 0.081 0.074 0.114 0.045 0.617 4 P 0.022 0.017 0.037 0.036 0.066 0.101 0.053 0.667 5 V 0.011 0.043 0.037 0.082 0.074 0.104 0.050 0.598 6 S 0.049 0.537 0.025 0.013 0.019 0.044 0.094 0.221 7 V 0.059 0.740 0.006 0.005 0.006 0.017 0.043 0.123 8 N 0.010 0.858 0.004 0.004 0.004 0.010 0.036 0.075 9 E 0.003 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.028 10 K 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 11 K 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 12 D 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 13 F 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 14 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 15 K 0.005 0.640 0.004 0.001 0.001 0.002 0.336 0.011 16 W 0.005 0.134 0.029 0.002 0.001 0.003 0.817 0.010 17 F 0.069 0.438 0.102 0.013 0.010 0.024 0.266 0.077 18 L 0.217 0.173 0.089 0.012 0.011 0.043 0.174 0.281 19 N 0.059 0.098 0.015 0.007 0.012 0.095 0.051 0.663 20 N 0.029 0.071 0.011 0.006 0.014 0.112 0.046 0.711 21 Y 0.052 0.130 0.035 0.043 0.041 0.127 0.073 0.499 22 Q 0.080 0.068 0.044 0.026 0.045 0.085 0.094 0.560 23 L 0.089 0.093 0.020 0.021 0.024 0.079 0.061 0.613 24 K 0.065 0.303 0.029 0.017 0.031 0.074 0.061 0.419 25 Q 0.050 0.547 0.006 0.005 0.012 0.042 0.068 0.270 26 R 0.021 0.586 0.008 0.015 0.022 0.042 0.118 0.187 27 E 0.002 0.891 0.005 0.008 0.016 0.007 0.032 0.040 28 C 0.001 0.956 0.002 0.003 0.009 0.002 0.013 0.015 29 V 0.003 0.775 0.012 0.016 0.017 0.003 0.153 0.020 30 W 0.006 0.761 0.021 0.018 0.021 0.005 0.145 0.024 31 I 0.003 0.954 0.005 0.005 0.008 0.001 0.011 0.012 32 L 0.017 0.879 0.012 0.007 0.010 0.004 0.049 0.024 33 N 0.029 0.139 0.032 0.011 0.011 0.023 0.684 0.072 34 Y 0.060 0.130 0.066 0.014 0.017 0.049 0.513 0.150 35 L 0.177 0.124 0.076 0.014 0.012 0.084 0.177 0.336 36 M 0.026 0.083 0.024 0.007 0.010 0.133 0.028 0.689 37 S 0.017 0.208 0.007 0.002 0.004 0.083 0.018 0.662 38 H 0.152 0.699 0.002 0.001 0.001 0.017 0.059 0.068 39 D 0.148 0.546 0.005 0.002 0.002 0.040 0.129 0.127 40 Q 0.116 0.351 0.015 0.005 0.007 0.063 0.160 0.283 41 L 0.264 0.220 0.029 0.008 0.016 0.062 0.177 0.225 42 M 0.184 0.101 0.021 0.009 0.016 0.101 0.125 0.445 43 H 0.024 0.085 0.023 0.016 0.028 0.125 0.064 0.635 44 K 0.010 0.265 0.043 0.015 0.060 0.061 0.038 0.507 45 V 0.025 0.195 0.103 0.084 0.076 0.097 0.069 0.351 46 H 0.021 0.149 0.273 0.096 0.081 0.046 0.137 0.196 47 F 0.034 0.233 0.160 0.036 0.087 0.039 0.090 0.321 48 V 0.110 0.187 0.189 0.036 0.040 0.053 0.102 0.283 49 E 0.108 0.074 0.199 0.035 0.046 0.078 0.085 0.376 50 H 0.148 0.041 0.042 0.013 0.025 0.073 0.082 0.576 51 A 0.192 0.013 0.021 0.011 0.013 0.113 0.066 0.571 52 K 0.019 0.005 0.017 0.013 0.023 0.159 0.023 0.740 53 Y 0.013 0.008 0.007 0.006 0.014 0.104 0.023 0.826 54 C 0.131 0.051 0.019 0.029 0.027 0.145 0.141 0.457 55 P 0.030 0.058 0.034 0.020 0.041 0.158 0.061 0.599 56 R 0.010 0.044 0.087 0.061 0.182 0.107 0.113 0.395 57 G 0.007 0.037 0.244 0.082 0.255 0.048 0.139 0.188 58 L 0.005 0.034 0.274 0.193 0.253 0.029 0.090 0.122 59 V 0.007 0.017 0.276 0.245 0.217 0.024 0.114 0.099 60 M 0.015 0.021 0.260 0.176 0.241 0.035 0.093 0.159 61 S 0.135 0.059 0.093 0.127 0.165 0.051 0.165 0.205 62 A 0.065 0.028 0.065 0.086 0.129 0.087 0.075 0.465 63 N 0.035 0.012 0.045 0.116 0.118 0.099 0.050 0.525 64 C 0.100 0.008 0.037 0.038 0.065 0.103 0.086 0.562 65 V 0.124 0.008 0.016 0.029 0.028 0.130 0.067 0.597 66 K 0.023 0.010 0.012 0.022 0.043 0.106 0.023 0.760 67 D 0.043 0.025 0.009 0.015 0.025 0.098 0.038 0.747 68 T 0.078 0.084 0.024 0.083 0.090 0.115 0.104 0.422 69 P 0.034 0.104 0.021 0.048 0.126 0.081 0.055 0.532 70 F 0.037 0.072 0.036 0.142 0.246 0.061 0.076 0.331 71 H 0.030 0.048 0.057 0.196 0.228 0.058 0.094 0.289 72 F 0.038 0.011 0.076 0.167 0.216 0.063 0.100 0.330 73 F 0.125 0.012 0.045 0.099 0.123 0.069 0.094 0.433 74 K 0.234 0.015 0.012 0.025 0.034 0.090 0.051 0.539 75 Q 0.022 0.009 0.026 0.024 0.047 0.100 0.038 0.733 76 N 0.020 0.009 0.039 0.038 0.102 0.117 0.067 0.607 77 V 0.026 0.012 0.070 0.140 0.113 0.115 0.074 0.450 78 M 0.016 0.027 0.112 0.093 0.105 0.090 0.058 0.500 79 T 0.015 0.082 0.057 0.075 0.117 0.104 0.049 0.501 80 T 0.018 0.150 0.065 0.036 0.057 0.090 0.075 0.508 81 D 0.118 0.373 0.010 0.005 0.004 0.018 0.420 0.052 82 A 0.053 0.677 0.013 0.002 0.003 0.023 0.132 0.096 83 E 0.114 0.479 0.017 0.006 0.009 0.045 0.091 0.239 84 K 0.053 0.536 0.016 0.008 0.016 0.048 0.061 0.261 85 S 0.041 0.474 0.022 0.016 0.031 0.060 0.061 0.295 86 F 0.050 0.337 0.053 0.026 0.038 0.074 0.116 0.308 87 H 0.070 0.299 0.048 0.038 0.060 0.099 0.090 0.297 88 D 0.056 0.077 0.123 0.038 0.097 0.073 0.160 0.376 89 I 0.075 0.034 0.095 0.083 0.112 0.106 0.125 0.370 90 R 0.023 0.009 0.105 0.091 0.147 0.120 0.091 0.415 91 L 0.005 0.003 0.035 0.026 0.048 0.117 0.023 0.743 92 N 0.149 0.031 0.022 0.023 0.028 0.108 0.227 0.414 93 R 0.121 0.045 0.012 0.014 0.017 0.126 0.088 0.578 94 D 0.165 0.080 0.006 0.006 0.010 0.096 0.120 0.516 95 E 0.048 0.071 0.024 0.030 0.056 0.178 0.097 0.496 96 D 0.004 0.039 0.074 0.054 0.268 0.093 0.075 0.393 97 I 0.004 0.020 0.065 0.261 0.397 0.035 0.075 0.143 98 Y 0.003 0.013 0.179 0.276 0.335 0.018 0.096 0.079 99 I 0.004 0.008 0.159 0.330 0.344 0.013 0.082 0.060 100 Q 0.008 0.011 0.191 0.260 0.344 0.022 0.054 0.110 101 L 0.012 0.006 0.193 0.290 0.333 0.031 0.034 0.101 102 N 0.022 0.009 0.154 0.153 0.174 0.072 0.137 0.279 103 F 0.132 0.058 0.062 0.075 0.096 0.096 0.110 0.371 104 K 0.148 0.072 0.024 0.024 0.032 0.112 0.074 0.514 105 S 0.087 0.055 0.022 0.021 0.034 0.105 0.106 0.571 106 S 0.099 0.060 0.017 0.017 0.025 0.109 0.109 0.563 107 F 0.049 0.061 0.023 0.021 0.022 0.152 0.157 0.515 108 Q 0.024 0.191 0.015 0.009 0.016 0.115 0.047 0.582 109 N 0.115 0.726 0.002 0.002 0.003 0.014 0.044 0.094 110 A 0.057 0.675 0.008 0.007 0.009 0.034 0.053 0.157 111 N 0.029 0.647 0.013 0.014 0.019 0.046 0.077 0.155 112 Y 0.045 0.649 0.020 0.009 0.025 0.028 0.100 0.125 113 V 0.039 0.676 0.028 0.021 0.029 0.028 0.052 0.127 114 A 0.075 0.294 0.074 0.059 0.102 0.058 0.100 0.238 115 V 0.126 0.103 0.090 0.042 0.059 0.059 0.204 0.316 116 L 0.218 0.067 0.070 0.055 0.061 0.096 0.116 0.316 117 E 0.028 0.021 0.034 0.024 0.040 0.120 0.037 0.696 118 E 0.032 0.011 0.016 0.008 0.016 0.099 0.022 0.796 119 N 0.429 0.029 0.012 0.017 0.014 0.064 0.142 0.293 120 P 0.022 0.008 0.011 0.009 0.016 0.131 0.022 0.780 121 Y 0.018 0.011 0.012 0.010 0.017 0.098 0.026 0.809 122 L 0.084 0.049 0.022 0.020 0.022 0.133 0.077 0.593 123 P 0.153 0.153 0.013 0.010 0.013 0.088 0.089 0.482 124 K 0.085 0.178 0.013 0.017 0.028 0.090 0.065 0.524 125 H 0.086 0.202 0.034 0.016 0.028 0.086 0.147 0.400 126 I 0.062 0.348 0.030 0.021 0.030 0.072 0.092 0.346 127 E 0.052 0.559 0.016 0.014 0.020 0.038 0.059 0.241 128 V 0.057 0.532 0.018 0.011 0.015 0.039 0.092 0.235 129 N 0.045 0.699 0.010 0.006 0.008 0.026 0.065 0.142 130 E 0.015 0.862 0.004 0.003 0.004 0.012 0.022 0.078 131 K 0.006 0.944 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.033 132 D 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 133 R 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.012 134 L 0.009 0.905 0.003 0.001 0.001 0.004 0.056 0.020 135 L 0.007 0.947 0.003 0.001 0.001 0.002 0.026 0.013 136 A 0.020 0.930 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.020 137 E 0.013 0.850 0.005 0.001 0.001 0.008 0.067 0.056 138 R 0.007 0.923 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 0.034 139 F 0.024 0.363 0.025 0.002 0.002 0.014 0.523 0.046 140 L 0.034 0.712 0.012 0.001 0.001 0.017 0.154 0.069 141 E 0.019 0.879 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 0.072 142 E 0.013 0.621 0.015 0.001 0.001 0.018 0.239 0.091 143 S 0.009 0.849 0.005 0.001 0.001 0.013 0.083 0.038 144 V 0.007 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.018 0.023 145 F 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 146 S 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.014 147 F 0.004 0.949 0.004 0.001 0.001 0.002 0.027 0.013 148 R 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 149 R 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 150 E 0.014 0.942 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 0.019 151 R 0.013 0.772 0.006 0.001 0.001 0.010 0.150 0.047 152 L 0.025 0.825 0.005 0.001 0.001 0.007 0.101 0.036 153 L 0.061 0.703 0.007 0.001 0.001 0.012 0.149 0.066 154 K 0.012 0.724 0.005 0.001 0.001 0.020 0.069 0.168 155 Q 0.003 0.933 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 0.042 156 I 0.023 0.899 0.009 0.001 0.001 0.006 0.032 0.029 157 D 0.112 0.786 0.005 0.001 0.001 0.007 0.053 0.037 158 E 0.060 0.816 0.002 0.001 0.001 0.009 0.019 0.093 159 A 0.066 0.325 0.043 0.001 0.001 0.049 0.293 0.221 160 L 0.113 0.149 0.030 0.001 0.002 0.101 0.272 0.331 161 D 0.189 0.169 0.006 0.001 0.001 0.038 0.045 0.551 162 K 0.021 0.154 0.005 0.001 0.001 0.082 0.017 0.719 163 Q 0.005 0.167 0.008 0.001 0.001 0.089 0.055 0.674 164 D 0.028 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.015 165 K 0.070 0.838 0.002 0.001 0.001 0.006 0.054 0.030 166 E 0.019 0.779 0.004 0.001 0.001 0.010 0.132 0.056 167 A 0.014 0.902 0.002 0.001 0.001 0.006 0.050 0.025 168 F 0.017 0.132 0.021 0.001 0.001 0.005 0.810 0.014 169 H 0.040 0.448 0.014 0.003 0.003 0.050 0.318 0.124 170 R 0.005 0.850 0.004 0.001 0.001 0.012 0.012 0.114 171 L 0.004 0.953 0.006 0.001 0.001 0.004 0.008 0.024 172 T 0.057 0.865 0.002 0.001 0.001 0.005 0.054 0.014 173 A 0.044 0.855 0.004 0.001 0.001 0.008 0.036 0.052 174 E 0.104 0.615 0.029 0.002 0.004 0.027 0.062 0.156 175 L 0.408 0.120 0.040 0.002 0.003 0.049 0.129 0.248 176 K 0.176 0.028 0.012 0.004 0.006 0.083 0.037 0.655 177 M 0.013 0.005 0.005 0.001 0.003 0.083 0.015 0.874 178 L 0.035 0.010 0.026 0.004 0.006 0.165 0.057 0.697