# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.484 0.127 0.044 0.089 0.072 0.041 0.060 0.041 0.023 0.013 0.007 2 N 0.415 0.201 0.061 0.109 0.061 0.044 0.046 0.026 0.019 0.012 0.006 3 T 0.142 0.185 0.069 0.173 0.128 0.095 0.096 0.055 0.032 0.016 0.008 4 P 0.426 0.192 0.056 0.127 0.078 0.042 0.039 0.023 0.011 0.005 0.003 5 V 0.098 0.037 0.029 0.064 0.084 0.102 0.171 0.145 0.123 0.087 0.060 6 S 0.044 0.442 0.127 0.180 0.091 0.047 0.035 0.017 0.009 0.005 0.002 7 V 0.087 0.050 0.039 0.109 0.152 0.136 0.193 0.109 0.069 0.036 0.020 8 N 0.867 0.062 0.036 0.024 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.036 0.126 0.132 0.326 0.184 0.084 0.066 0.028 0.011 0.005 0.002 10 K 0.003 0.010 0.015 0.021 0.043 0.073 0.172 0.195 0.187 0.190 0.092 11 K 0.031 0.052 0.274 0.231 0.168 0.131 0.072 0.025 0.009 0.004 0.001 12 D 0.026 0.058 0.646 0.177 0.055 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.002 0.011 0.016 0.035 0.044 0.139 0.202 0.226 0.196 0.128 14 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.037 0.137 0.139 0.258 0.289 0.123 15 K 0.004 0.023 0.674 0.192 0.072 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 16 W 0.006 0.004 0.076 0.043 0.098 0.187 0.340 0.160 0.047 0.029 0.011 17 F 0.001 0.002 0.007 0.007 0.009 0.022 0.066 0.097 0.260 0.311 0.218 18 L 0.002 0.002 0.005 0.009 0.026 0.064 0.210 0.159 0.213 0.196 0.113 19 N 0.019 0.068 0.569 0.211 0.081 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 20 N 0.029 0.060 0.134 0.140 0.161 0.135 0.211 0.087 0.026 0.011 0.006 21 Y 0.053 0.028 0.024 0.035 0.043 0.090 0.191 0.165 0.160 0.133 0.078 22 Q 0.214 0.195 0.141 0.216 0.106 0.053 0.042 0.018 0.008 0.004 0.002 23 L 0.046 0.043 0.113 0.080 0.089 0.089 0.135 0.111 0.112 0.108 0.074 24 K 0.027 0.071 0.075 0.121 0.136 0.137 0.195 0.105 0.072 0.044 0.018 25 Q 0.111 0.135 0.190 0.186 0.102 0.096 0.085 0.043 0.029 0.017 0.007 26 R 0.057 0.057 0.130 0.159 0.135 0.146 0.153 0.085 0.042 0.024 0.012 27 E 0.036 0.067 0.075 0.138 0.130 0.100 0.173 0.135 0.078 0.047 0.020 28 C 0.005 0.006 0.014 0.020 0.032 0.061 0.144 0.153 0.220 0.209 0.136 29 V 0.024 0.040 0.150 0.168 0.158 0.143 0.147 0.075 0.050 0.029 0.016 30 W 0.005 0.012 0.065 0.071 0.094 0.110 0.219 0.164 0.127 0.090 0.042 31 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.020 0.057 0.096 0.228 0.290 0.285 32 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.039 0.096 0.123 0.247 0.289 0.176 33 N 0.009 0.022 0.104 0.133 0.146 0.149 0.173 0.104 0.083 0.051 0.026 34 Y 0.004 0.005 0.022 0.030 0.068 0.078 0.203 0.249 0.145 0.120 0.076 35 L 0.002 0.003 0.009 0.011 0.016 0.035 0.081 0.101 0.238 0.296 0.208 36 M 0.027 0.022 0.042 0.074 0.117 0.148 0.267 0.121 0.096 0.057 0.030 37 S 0.031 0.210 0.211 0.197 0.117 0.093 0.069 0.031 0.021 0.013 0.006 38 H 0.060 0.115 0.056 0.111 0.118 0.129 0.207 0.099 0.056 0.032 0.016 39 D 0.745 0.093 0.035 0.050 0.024 0.019 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 40 Q 0.262 0.185 0.185 0.207 0.085 0.038 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 41 L 0.008 0.027 0.030 0.047 0.072 0.141 0.209 0.140 0.141 0.117 0.068 42 M 0.008 0.010 0.019 0.041 0.074 0.118 0.207 0.164 0.158 0.127 0.074 43 H 0.036 0.091 0.500 0.194 0.079 0.044 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 44 K 0.008 0.028 0.133 0.229 0.206 0.136 0.137 0.073 0.029 0.014 0.006 45 V 0.003 0.002 0.005 0.005 0.008 0.023 0.065 0.113 0.221 0.307 0.246 46 H 0.019 0.043 0.068 0.162 0.194 0.184 0.161 0.089 0.048 0.022 0.011 47 F 0.007 0.008 0.046 0.026 0.042 0.040 0.101 0.154 0.179 0.191 0.206 48 V 0.006 0.007 0.020 0.036 0.073 0.088 0.177 0.155 0.181 0.144 0.112 49 E 0.109 0.079 0.104 0.133 0.117 0.112 0.168 0.078 0.059 0.030 0.011 50 H 0.058 0.095 0.133 0.237 0.156 0.106 0.109 0.054 0.029 0.015 0.008 51 A 0.027 0.033 0.032 0.055 0.064 0.112 0.205 0.140 0.141 0.122 0.070 52 K 0.282 0.196 0.119 0.176 0.094 0.048 0.042 0.022 0.012 0.007 0.003 53 Y 0.136 0.193 0.138 0.173 0.105 0.090 0.076 0.040 0.024 0.016 0.009 54 C 0.031 0.034 0.029 0.071 0.093 0.125 0.187 0.140 0.124 0.098 0.069 55 P 0.264 0.151 0.095 0.141 0.094 0.076 0.080 0.048 0.027 0.017 0.007 56 R 0.034 0.062 0.087 0.170 0.147 0.157 0.162 0.086 0.054 0.028 0.013 57 G 0.019 0.023 0.025 0.047 0.057 0.059 0.118 0.135 0.181 0.175 0.161 58 L 0.004 0.005 0.007 0.017 0.030 0.056 0.109 0.142 0.223 0.218 0.188 59 V 0.018 0.035 0.057 0.129 0.163 0.146 0.162 0.118 0.084 0.055 0.034 60 M 0.002 0.002 0.006 0.008 0.017 0.017 0.046 0.107 0.192 0.242 0.362 61 S 0.006 0.013 0.016 0.048 0.081 0.085 0.156 0.157 0.182 0.152 0.103 62 A 0.053 0.048 0.060 0.136 0.132 0.132 0.180 0.096 0.088 0.051 0.025 63 N 0.167 0.095 0.102 0.183 0.137 0.111 0.106 0.049 0.027 0.014 0.008 64 C 0.049 0.067 0.040 0.095 0.089 0.105 0.182 0.125 0.113 0.084 0.051 65 V 0.048 0.078 0.028 0.063 0.069 0.083 0.143 0.114 0.136 0.132 0.105 66 K 0.281 0.300 0.109 0.165 0.077 0.030 0.019 0.009 0.005 0.003 0.002 67 D 0.476 0.158 0.069 0.123 0.065 0.040 0.032 0.018 0.009 0.006 0.003 68 T 0.122 0.108 0.041 0.121 0.108 0.128 0.146 0.096 0.068 0.042 0.022 69 P 0.080 0.100 0.042 0.147 0.137 0.132 0.144 0.100 0.063 0.036 0.019 70 F 0.016 0.014 0.024 0.034 0.046 0.093 0.159 0.146 0.188 0.170 0.110 71 H 0.055 0.092 0.125 0.241 0.184 0.112 0.098 0.047 0.027 0.014 0.007 72 F 0.022 0.013 0.028 0.045 0.065 0.080 0.156 0.164 0.172 0.145 0.110 73 F 0.017 0.049 0.058 0.109 0.127 0.121 0.165 0.124 0.105 0.078 0.048 74 K 0.028 0.045 0.058 0.114 0.132 0.126 0.187 0.125 0.094 0.062 0.030 75 Q 0.280 0.192 0.169 0.179 0.078 0.040 0.031 0.016 0.008 0.005 0.002 76 N 0.133 0.104 0.088 0.175 0.124 0.103 0.129 0.069 0.041 0.023 0.011 77 V 0.084 0.068 0.051 0.092 0.091 0.108 0.142 0.125 0.104 0.090 0.046 78 M 0.057 0.132 0.106 0.186 0.149 0.131 0.114 0.062 0.036 0.019 0.009 79 T 0.063 0.068 0.099 0.107 0.109 0.110 0.150 0.112 0.083 0.061 0.040 80 T 0.139 0.066 0.073 0.121 0.124 0.105 0.143 0.097 0.065 0.040 0.025 81 D 0.158 0.310 0.113 0.186 0.097 0.048 0.044 0.022 0.012 0.006 0.003 82 A 0.026 0.019 0.017 0.048 0.073 0.080 0.153 0.162 0.173 0.139 0.110 83 E 0.347 0.136 0.097 0.152 0.089 0.062 0.061 0.029 0.015 0.008 0.003 84 K 0.034 0.088 0.186 0.292 0.166 0.102 0.073 0.033 0.016 0.008 0.004 85 S 0.005 0.010 0.016 0.021 0.037 0.069 0.131 0.142 0.195 0.199 0.176 86 F 0.008 0.011 0.017 0.050 0.085 0.118 0.193 0.161 0.164 0.126 0.068 87 H 0.049 0.062 0.237 0.179 0.117 0.106 0.113 0.063 0.042 0.024 0.009 88 D 0.015 0.027 0.065 0.156 0.165 0.150 0.206 0.106 0.061 0.033 0.017 89 I 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.018 0.049 0.081 0.219 0.300 0.313 90 R 0.023 0.035 0.055 0.151 0.212 0.161 0.171 0.095 0.052 0.030 0.014 91 L 0.017 0.018 0.066 0.059 0.076 0.112 0.188 0.150 0.138 0.119 0.057 92 N 0.024 0.074 0.066 0.105 0.104 0.135 0.179 0.097 0.098 0.077 0.043 93 R 0.192 0.203 0.059 0.137 0.099 0.079 0.109 0.056 0.036 0.021 0.009 94 D 0.478 0.289 0.056 0.095 0.035 0.018 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 95 E 0.223 0.145 0.048 0.143 0.116 0.105 0.115 0.055 0.028 0.015 0.008 96 D 0.328 0.219 0.079 0.169 0.087 0.048 0.035 0.019 0.009 0.005 0.002 97 I 0.005 0.007 0.012 0.019 0.030 0.117 0.188 0.126 0.219 0.182 0.098 98 Y 0.007 0.023 0.040 0.106 0.130 0.152 0.176 0.126 0.111 0.083 0.044 99 I 0.001 0.003 0.011 0.012 0.017 0.046 0.102 0.122 0.252 0.286 0.148 100 Q 0.006 0.016 0.035 0.104 0.172 0.181 0.197 0.133 0.078 0.049 0.029 101 L 0.004 0.002 0.008 0.009 0.015 0.022 0.066 0.158 0.209 0.274 0.232 102 N 0.013 0.025 0.037 0.129 0.199 0.160 0.191 0.125 0.067 0.036 0.019 103 F 0.003 0.006 0.009 0.009 0.016 0.024 0.094 0.124 0.227 0.257 0.229 104 K 0.083 0.169 0.134 0.288 0.173 0.073 0.044 0.018 0.011 0.005 0.003 105 S 0.584 0.175 0.082 0.079 0.032 0.017 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 106 S 0.182 0.131 0.059 0.173 0.135 0.102 0.102 0.056 0.031 0.017 0.011 107 F 0.083 0.068 0.036 0.068 0.079 0.097 0.161 0.133 0.112 0.095 0.067 108 Q 0.083 0.176 0.158 0.211 0.146 0.095 0.064 0.033 0.018 0.010 0.005 109 N 0.066 0.119 0.120 0.144 0.117 0.118 0.147 0.080 0.048 0.028 0.012 110 A 0.248 0.081 0.078 0.157 0.119 0.095 0.106 0.059 0.032 0.017 0.008 111 N 0.217 0.186 0.139 0.201 0.106 0.058 0.050 0.025 0.011 0.005 0.003 112 Y 0.006 0.011 0.022 0.046 0.070 0.092 0.169 0.179 0.181 0.147 0.077 113 V 0.007 0.009 0.020 0.038 0.065 0.135 0.252 0.166 0.148 0.116 0.045 114 A 0.021 0.070 0.453 0.258 0.108 0.045 0.025 0.011 0.005 0.003 0.001 115 V 0.010 0.011 0.046 0.050 0.077 0.143 0.240 0.157 0.121 0.094 0.051 116 L 0.003 0.005 0.008 0.014 0.022 0.041 0.098 0.117 0.243 0.251 0.197 117 E 0.062 0.070 0.113 0.163 0.164 0.120 0.152 0.080 0.044 0.023 0.010 118 E 0.086 0.133 0.270 0.212 0.109 0.073 0.059 0.028 0.016 0.010 0.004 119 N 0.097 0.086 0.055 0.107 0.106 0.131 0.192 0.107 0.064 0.036 0.019 120 P 0.459 0.151 0.053 0.104 0.066 0.044 0.052 0.036 0.019 0.011 0.006 121 Y 0.100 0.093 0.068 0.104 0.097 0.128 0.146 0.092 0.079 0.058 0.032 122 L 0.075 0.127 0.072 0.136 0.124 0.111 0.138 0.088 0.064 0.042 0.023 123 P 0.349 0.208 0.078 0.127 0.078 0.052 0.052 0.028 0.016 0.009 0.004 124 K 0.363 0.159 0.089 0.154 0.086 0.050 0.048 0.027 0.013 0.007 0.004 125 H 0.204 0.163 0.077 0.177 0.117 0.079 0.083 0.051 0.026 0.016 0.007 126 I 0.058 0.055 0.046 0.101 0.115 0.139 0.177 0.126 0.092 0.059 0.033 127 E 0.144 0.154 0.151 0.177 0.127 0.082 0.079 0.045 0.022 0.012 0.005 128 V 0.056 0.062 0.103 0.148 0.131 0.134 0.177 0.092 0.055 0.031 0.012 129 N 0.141 0.122 0.152 0.160 0.115 0.089 0.105 0.054 0.033 0.020 0.009 130 E 0.116 0.092 0.134 0.172 0.141 0.107 0.118 0.063 0.032 0.017 0.008 131 K 0.112 0.162 0.174 0.190 0.127 0.071 0.079 0.048 0.021 0.012 0.004 132 D 0.023 0.037 0.064 0.090 0.106 0.163 0.260 0.128 0.075 0.043 0.013 133 R 0.131 0.106 0.371 0.199 0.093 0.047 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 134 L 0.052 0.046 0.251 0.176 0.141 0.123 0.127 0.052 0.018 0.009 0.003 135 L 0.006 0.019 0.066 0.055 0.072 0.116 0.204 0.155 0.150 0.116 0.042 136 A 0.004 0.008 0.038 0.043 0.074 0.140 0.300 0.166 0.123 0.081 0.023 137 E 0.014 0.030 0.670 0.154 0.067 0.034 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 138 R 0.024 0.029 0.285 0.156 0.148 0.140 0.150 0.047 0.013 0.005 0.002 139 F 0.004 0.007 0.025 0.017 0.027 0.049 0.144 0.167 0.219 0.210 0.129 140 L 0.006 0.010 0.041 0.045 0.083 0.135 0.290 0.159 0.122 0.080 0.029 141 E 0.033 0.066 0.705 0.133 0.040 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 142 E 0.065 0.058 0.305 0.173 0.145 0.099 0.105 0.035 0.009 0.004 0.002 143 S 0.066 0.054 0.085 0.070 0.077 0.102 0.214 0.151 0.095 0.060 0.027 144 V 0.036 0.054 0.143 0.139 0.141 0.131 0.178 0.096 0.047 0.026 0.008 145 F 0.031 0.045 0.413 0.132 0.100 0.106 0.112 0.037 0.015 0.008 0.002 146 S 0.047 0.076 0.549 0.170 0.077 0.036 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 147 F 0.039 0.024 0.116 0.075 0.098 0.147 0.258 0.133 0.059 0.038 0.012 148 R 0.022 0.108 0.308 0.188 0.121 0.080 0.089 0.049 0.020 0.012 0.003 149 R 0.005 0.014 0.140 0.086 0.113 0.205 0.267 0.102 0.042 0.022 0.004 150 E 0.040 0.032 0.717 0.113 0.047 0.025 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 151 R 0.017 0.034 0.390 0.192 0.134 0.101 0.098 0.026 0.006 0.002 0.001 152 L 0.001 0.001 0.008 0.003 0.007 0.018 0.069 0.102 0.239 0.314 0.239 153 L 0.002 0.006 0.066 0.057 0.120 0.175 0.312 0.127 0.075 0.048 0.011 154 K 0.003 0.011 0.876 0.074 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.011 0.021 0.188 0.124 0.162 0.187 0.217 0.067 0.014 0.005 0.002 156 I 0.002 0.003 0.007 0.004 0.007 0.015 0.067 0.123 0.261 0.293 0.218 157 D 0.009 0.015 0.054 0.076 0.136 0.180 0.286 0.129 0.067 0.035 0.013 158 E 0.051 0.049 0.728 0.118 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 159 A 0.033 0.019 0.098 0.072 0.124 0.145 0.299 0.131 0.044 0.022 0.012 160 L 0.005 0.009 0.015 0.018 0.027 0.060 0.172 0.173 0.240 0.202 0.080 161 D 0.018 0.047 0.143 0.144 0.145 0.141 0.214 0.079 0.039 0.022 0.006 162 K 0.032 0.062 0.719 0.132 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 163 Q 0.228 0.127 0.172 0.170 0.121 0.065 0.073 0.032 0.007 0.003 0.001 164 D 0.022 0.137 0.061 0.060 0.057 0.100 0.200 0.150 0.109 0.077 0.027 165 K 0.090 0.062 0.134 0.153 0.212 0.160 0.131 0.039 0.013 0.004 0.002 166 E 0.591 0.043 0.321 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.004 0.020 0.069 0.098 0.110 0.261 0.327 0.067 0.032 0.011 0.001 168 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.025 0.119 0.162 0.259 0.289 0.123 169 H 0.003 0.015 0.664 0.169 0.082 0.042 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 170 R 0.002 0.022 0.795 0.117 0.047 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.018 0.087 0.175 0.202 0.254 0.251 172 T 0.041 0.052 0.089 0.131 0.189 0.156 0.193 0.083 0.041 0.017 0.006 173 A 0.425 0.045 0.473 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 E 0.039 0.060 0.252 0.237 0.186 0.091 0.105 0.023 0.005 0.002 0.001 175 L 0.002 0.002 0.006 0.005 0.010 0.027 0.136 0.174 0.253 0.242 0.145 176 K 0.023 0.064 0.501 0.213 0.116 0.047 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 177 M 0.007 0.041 0.725 0.134 0.054 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 178 L 0.037 0.021 0.050 0.050 0.076 0.105 0.244 0.192 0.111 0.077 0.037