# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.002 0.001 0.016 0.005 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.948 2 N 0.010 0.003 0.002 0.022 0.024 0.058 0.024 0.001 0.001 0.002 0.853 3 T 0.063 0.003 0.014 0.072 0.065 0.110 0.071 0.001 0.001 0.004 0.598 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 5 V 0.039 0.002 0.002 0.088 0.125 0.261 0.090 0.001 0.001 0.005 0.388 6 S 0.043 0.005 0.001 0.047 0.028 0.042 0.070 0.001 0.001 0.002 0.763 7 V 0.023 0.006 0.001 0.023 0.023 0.042 0.030 0.001 0.001 0.001 0.852 8 N 0.010 0.026 0.001 0.020 0.014 0.030 0.293 0.001 0.001 0.002 0.605 9 E 0.065 0.032 0.001 0.005 0.005 0.010 0.471 0.001 0.001 0.003 0.408 10 K 0.113 0.391 0.001 0.004 0.004 0.010 0.110 0.002 0.001 0.002 0.364 11 K 0.042 0.638 0.001 0.001 0.003 0.006 0.070 0.002 0.001 0.001 0.235 12 D 0.009 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.239 13 F 0.008 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.068 14 V 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 15 K 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 W 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 F 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 N 0.012 0.954 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.013 20 N 0.152 0.649 0.019 0.002 0.002 0.003 0.003 0.112 0.001 0.001 0.057 21 Y 0.308 0.292 0.155 0.005 0.006 0.004 0.019 0.062 0.001 0.003 0.146 22 Q 0.083 0.132 0.113 0.018 0.018 0.021 0.106 0.021 0.001 0.005 0.483 23 L 0.063 0.121 0.055 0.044 0.041 0.057 0.054 0.004 0.001 0.004 0.557 24 K 0.042 0.135 0.005 0.032 0.036 0.065 0.182 0.006 0.001 0.005 0.491 25 Q 0.095 0.115 0.004 0.020 0.014 0.030 0.087 0.005 0.001 0.004 0.626 26 R 0.069 0.155 0.002 0.013 0.016 0.023 0.091 0.002 0.001 0.003 0.627 27 E 0.045 0.120 0.005 0.009 0.008 0.013 0.250 0.002 0.001 0.006 0.542 28 C 0.027 0.310 0.005 0.011 0.008 0.014 0.137 0.001 0.001 0.002 0.483 29 V 0.017 0.572 0.004 0.020 0.026 0.036 0.097 0.001 0.001 0.002 0.226 30 W 0.005 0.831 0.001 0.005 0.010 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.115 31 I 0.004 0.966 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 32 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 N 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 34 Y 0.021 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.014 35 L 0.032 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 36 M 0.113 0.780 0.021 0.002 0.001 0.002 0.007 0.031 0.001 0.001 0.041 37 S 0.089 0.626 0.043 0.002 0.001 0.003 0.027 0.049 0.001 0.002 0.159 38 H 0.184 0.396 0.042 0.004 0.003 0.005 0.024 0.064 0.001 0.003 0.273 39 D 0.025 0.158 0.010 0.002 0.002 0.002 0.065 0.008 0.001 0.001 0.727 40 Q 0.018 0.083 0.016 0.004 0.003 0.003 0.488 0.003 0.001 0.003 0.379 41 L 0.171 0.357 0.002 0.006 0.005 0.010 0.159 0.006 0.001 0.006 0.277 42 M 0.107 0.763 0.003 0.005 0.009 0.010 0.019 0.005 0.001 0.002 0.078 43 H 0.136 0.553 0.013 0.011 0.013 0.018 0.021 0.017 0.001 0.002 0.215 44 K 0.222 0.301 0.024 0.033 0.022 0.039 0.025 0.030 0.001 0.004 0.300 45 V 0.183 0.193 0.021 0.038 0.045 0.044 0.018 0.017 0.001 0.003 0.438 46 H 0.035 0.075 0.042 0.177 0.192 0.170 0.050 0.006 0.001 0.005 0.247 47 F 0.007 0.020 0.010 0.071 0.040 0.067 0.035 0.001 0.001 0.001 0.746 48 V 0.010 0.028 0.003 0.284 0.137 0.335 0.026 0.001 0.001 0.002 0.176 49 E 0.007 0.051 0.002 0.148 0.097 0.152 0.067 0.001 0.001 0.004 0.471 50 H 0.037 0.060 0.001 0.093 0.071 0.133 0.095 0.002 0.001 0.003 0.504 51 A 0.097 0.092 0.001 0.063 0.056 0.100 0.070 0.003 0.001 0.004 0.513 52 K 0.109 0.065 0.003 0.035 0.047 0.067 0.094 0.009 0.001 0.009 0.563 53 Y 0.146 0.040 0.018 0.027 0.021 0.039 0.051 0.009 0.001 0.010 0.638 54 C 0.159 0.045 0.019 0.034 0.039 0.098 0.117 0.007 0.001 0.006 0.476 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 R 0.013 0.006 0.002 0.049 0.080 0.151 0.094 0.001 0.001 0.005 0.598 57 G 0.162 0.013 0.005 0.129 0.056 0.095 0.074 0.001 0.001 0.006 0.460 58 L 0.034 0.028 0.002 0.271 0.238 0.239 0.034 0.001 0.001 0.002 0.151 59 V 0.011 0.028 0.002 0.288 0.188 0.289 0.039 0.001 0.001 0.003 0.152 60 M 0.019 0.018 0.001 0.229 0.266 0.324 0.019 0.001 0.001 0.001 0.124 61 S 0.007 0.024 0.001 0.156 0.231 0.401 0.033 0.001 0.001 0.003 0.145 62 A 0.017 0.017 0.002 0.091 0.155 0.259 0.035 0.001 0.001 0.003 0.420 63 N 0.018 0.022 0.001 0.051 0.116 0.166 0.164 0.002 0.001 0.007 0.454 64 C 0.191 0.016 0.005 0.029 0.055 0.095 0.206 0.005 0.001 0.017 0.382 65 V 0.145 0.078 0.006 0.034 0.075 0.113 0.108 0.004 0.001 0.007 0.429 66 K 0.057 0.034 0.007 0.021 0.040 0.088 0.089 0.005 0.001 0.005 0.653 67 D 0.048 0.016 0.007 0.011 0.012 0.026 0.039 0.005 0.001 0.009 0.827 68 T 0.134 0.020 0.020 0.016 0.031 0.043 0.128 0.002 0.001 0.006 0.599 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 F 0.013 0.006 0.002 0.038 0.140 0.366 0.074 0.001 0.001 0.004 0.357 71 H 0.120 0.027 0.002 0.059 0.144 0.174 0.068 0.001 0.001 0.003 0.404 72 F 0.071 0.074 0.001 0.041 0.217 0.240 0.029 0.001 0.001 0.001 0.325 73 F 0.057 0.076 0.001 0.057 0.207 0.351 0.042 0.001 0.001 0.002 0.205 74 K 0.051 0.127 0.002 0.039 0.163 0.221 0.072 0.004 0.001 0.004 0.317 75 Q 0.067 0.086 0.003 0.040 0.078 0.173 0.069 0.011 0.001 0.006 0.467 76 N 0.197 0.043 0.007 0.033 0.064 0.110 0.083 0.014 0.001 0.018 0.430 77 V 0.230 0.039 0.064 0.050 0.058 0.073 0.089 0.004 0.001 0.016 0.378 78 M 0.034 0.022 0.015 0.096 0.098 0.128 0.148 0.004 0.001 0.005 0.450 79 T 0.090 0.023 0.010 0.112 0.073 0.214 0.062 0.002 0.001 0.010 0.404 80 T 0.049 0.023 0.009 0.139 0.067 0.121 0.103 0.002 0.001 0.004 0.482 81 D 0.018 0.010 0.002 0.018 0.025 0.023 0.317 0.001 0.001 0.005 0.579 82 A 0.013 0.017 0.006 0.026 0.006 0.015 0.121 0.001 0.001 0.003 0.791 83 E 0.003 0.013 0.001 0.004 0.002 0.005 0.766 0.001 0.001 0.001 0.206 84 K 0.145 0.032 0.001 0.003 0.002 0.003 0.657 0.001 0.001 0.009 0.149 85 S 0.092 0.783 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.099 86 F 0.058 0.799 0.007 0.003 0.004 0.005 0.026 0.006 0.001 0.001 0.092 87 H 0.035 0.780 0.009 0.005 0.004 0.005 0.023 0.004 0.001 0.001 0.136 88 D 0.051 0.756 0.013 0.005 0.008 0.012 0.024 0.011 0.001 0.002 0.118 89 I 0.142 0.730 0.006 0.007 0.014 0.013 0.011 0.013 0.001 0.001 0.063 90 R 0.049 0.792 0.008 0.007 0.026 0.022 0.008 0.010 0.001 0.001 0.078 91 L 0.098 0.509 0.044 0.034 0.029 0.051 0.031 0.019 0.001 0.001 0.184 92 N 0.102 0.365 0.005 0.027 0.106 0.092 0.066 0.045 0.001 0.007 0.185 93 R 0.104 0.077 0.039 0.020 0.007 0.022 0.034 0.010 0.001 0.008 0.679 94 D 0.017 0.030 0.008 0.014 0.024 0.024 0.439 0.009 0.001 0.007 0.427 95 E 0.472 0.006 0.030 0.010 0.015 0.016 0.135 0.001 0.001 0.071 0.243 96 D 0.042 0.047 0.003 0.025 0.023 0.034 0.250 0.002 0.001 0.007 0.566 97 I 0.040 0.012 0.007 0.045 0.260 0.467 0.045 0.001 0.001 0.006 0.118 98 Y 0.012 0.031 0.003 0.097 0.252 0.415 0.041 0.001 0.001 0.005 0.143 99 I 0.004 0.015 0.002 0.047 0.504 0.373 0.007 0.001 0.001 0.001 0.048 100 Q 0.010 0.016 0.001 0.090 0.237 0.551 0.010 0.001 0.001 0.001 0.084 101 L 0.016 0.015 0.001 0.093 0.347 0.416 0.008 0.001 0.001 0.001 0.103 102 N 0.007 0.015 0.001 0.078 0.297 0.413 0.027 0.001 0.001 0.003 0.158 103 F 0.016 0.019 0.010 0.081 0.172 0.398 0.058 0.002 0.001 0.005 0.238 104 K 0.014 0.015 0.002 0.042 0.047 0.136 0.282 0.002 0.001 0.004 0.456 105 S 0.054 0.008 0.002 0.012 0.015 0.037 0.329 0.003 0.001 0.020 0.521 106 S 0.243 0.052 0.004 0.015 0.009 0.014 0.112 0.003 0.001 0.009 0.540 107 F 0.118 0.075 0.008 0.020 0.010 0.017 0.160 0.005 0.001 0.006 0.581 108 Q 0.171 0.092 0.039 0.038 0.013 0.026 0.216 0.005 0.001 0.009 0.392 109 N 0.082 0.181 0.012 0.017 0.019 0.039 0.137 0.006 0.001 0.006 0.500 110 A 0.057 0.130 0.008 0.011 0.009 0.017 0.048 0.003 0.001 0.003 0.713 111 N 0.018 0.165 0.002 0.006 0.005 0.006 0.311 0.003 0.001 0.003 0.482 112 Y 0.165 0.182 0.012 0.012 0.005 0.013 0.338 0.008 0.001 0.008 0.257 113 V 0.115 0.711 0.003 0.008 0.008 0.014 0.032 0.003 0.001 0.002 0.104 114 A 0.029 0.734 0.008 0.005 0.011 0.008 0.036 0.002 0.001 0.001 0.166 115 V 0.045 0.775 0.005 0.005 0.005 0.006 0.019 0.005 0.001 0.001 0.135 116 L 0.081 0.827 0.001 0.004 0.006 0.011 0.008 0.008 0.001 0.001 0.053 117 E 0.095 0.764 0.006 0.005 0.006 0.012 0.017 0.022 0.001 0.001 0.072 118 E 0.107 0.619 0.040 0.007 0.008 0.017 0.020 0.042 0.001 0.003 0.138 119 N 0.252 0.358 0.016 0.008 0.015 0.016 0.026 0.064 0.001 0.004 0.241 120 P 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.978 121 Y 0.038 0.027 0.028 0.015 0.014 0.033 0.384 0.012 0.001 0.007 0.444 122 L 0.484 0.027 0.019 0.021 0.015 0.026 0.081 0.004 0.001 0.010 0.314 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 124 K 0.022 0.013 0.005 0.026 0.032 0.066 0.103 0.001 0.001 0.004 0.730 125 H 0.128 0.028 0.001 0.024 0.022 0.033 0.060 0.001 0.001 0.004 0.698 126 I 0.161 0.073 0.003 0.033 0.047 0.060 0.070 0.001 0.001 0.003 0.548 127 E 0.075 0.100 0.004 0.029 0.039 0.054 0.149 0.002 0.001 0.004 0.543 128 V 0.093 0.141 0.003 0.022 0.030 0.051 0.104 0.002 0.001 0.004 0.550 129 N 0.052 0.267 0.002 0.013 0.021 0.037 0.125 0.003 0.001 0.004 0.475 130 E 0.101 0.223 0.005 0.007 0.007 0.012 0.116 0.003 0.001 0.004 0.521 131 K 0.045 0.395 0.004 0.004 0.003 0.007 0.150 0.003 0.001 0.002 0.388 132 D 0.062 0.533 0.005 0.003 0.006 0.012 0.107 0.005 0.001 0.003 0.265 133 R 0.029 0.818 0.002 0.001 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.120 134 L 0.011 0.893 0.002 0.001 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.069 135 L 0.021 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.036 136 A 0.021 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.016 137 E 0.015 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.019 138 R 0.015 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.027 139 F 0.014 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.029 140 L 0.017 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.028 141 E 0.015 0.930 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.036 142 E 0.029 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.045 143 S 0.013 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 144 V 0.019 0.911 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.050 145 F 0.015 0.926 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.040 146 S 0.021 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.038 147 F 0.016 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.035 148 R 0.022 0.902 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.056 149 R 0.016 0.915 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.046 150 E 0.013 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.050 151 R 0.014 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.061 152 L 0.014 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.032 153 L 0.017 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 154 K 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 155 Q 0.030 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.033 156 I 0.007 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 157 D 0.003 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 158 E 0.003 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.022 159 A 0.026 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.012 160 L 0.024 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 161 D 0.035 0.927 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.018 162 K 0.094 0.805 0.016 0.002 0.001 0.001 0.007 0.030 0.001 0.001 0.044 163 Q 0.219 0.501 0.012 0.002 0.001 0.001 0.032 0.084 0.001 0.001 0.147 164 D 0.114 0.310 0.027 0.001 0.001 0.002 0.155 0.055 0.001 0.002 0.333 165 K 0.008 0.170 0.013 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.774 166 E 0.002 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.348 167 A 0.067 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.648 0.003 0.001 0.001 0.126 168 F 0.019 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 169 H 0.007 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 170 R 0.008 0.961 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 171 L 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 172 T 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 173 A 0.006 0.895 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.084 174 E 0.024 0.820 0.004 0.001 0.001 0.001 0.056 0.014 0.001 0.001 0.081 175 L 0.065 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.017 176 K 0.018 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.027 177 M 0.062 0.778 0.045 0.002 0.001 0.002 0.015 0.017 0.001 0.001 0.077 178 L 0.147 0.761 0.011 0.003 0.004 0.005 0.005 0.014 0.001 0.001 0.049