# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.004 0.011 0.007 0.010 0.023 0.003 0.924 2 N 0.031 0.006 0.022 0.018 0.042 0.077 0.009 0.795 3 T 0.267 0.005 0.043 0.035 0.037 0.080 0.011 0.522 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 5 V 0.036 0.002 0.135 0.091 0.140 0.184 0.003 0.410 6 S 0.033 0.006 0.028 0.014 0.024 0.174 0.004 0.718 7 V 0.029 0.016 0.076 0.023 0.123 0.039 0.003 0.692 8 N 0.006 0.011 0.015 0.005 0.008 0.309 0.002 0.644 9 E 0.075 0.017 0.008 0.004 0.004 0.479 0.013 0.399 10 K 0.157 0.475 0.009 0.005 0.013 0.070 0.006 0.265 11 K 0.037 0.685 0.005 0.003 0.009 0.046 0.004 0.210 12 D 0.030 0.695 0.003 0.002 0.006 0.032 0.006 0.227 13 F 0.037 0.852 0.003 0.001 0.004 0.009 0.006 0.089 14 V 0.015 0.907 0.002 0.002 0.003 0.019 0.003 0.049 15 K 0.010 0.910 0.007 0.001 0.003 0.032 0.003 0.035 16 W 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 17 F 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 18 L 0.013 0.965 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 19 N 0.031 0.901 0.007 0.003 0.003 0.004 0.019 0.030 20 N 0.161 0.664 0.016 0.004 0.007 0.008 0.063 0.078 21 Y 0.303 0.363 0.051 0.009 0.007 0.035 0.087 0.145 22 Q 0.087 0.122 0.178 0.032 0.017 0.138 0.027 0.401 23 L 0.036 0.070 0.136 0.051 0.050 0.148 0.009 0.500 24 K 0.052 0.091 0.053 0.031 0.051 0.146 0.009 0.569 25 Q 0.043 0.121 0.033 0.017 0.033 0.100 0.007 0.646 26 R 0.022 0.144 0.028 0.008 0.018 0.045 0.004 0.731 27 E 0.046 0.252 0.020 0.011 0.020 0.121 0.008 0.521 28 C 0.052 0.529 0.019 0.006 0.015 0.125 0.008 0.244 29 V 0.017 0.826 0.015 0.005 0.013 0.033 0.002 0.089 30 W 0.007 0.910 0.005 0.001 0.003 0.009 0.001 0.063 31 I 0.007 0.957 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.024 32 L 0.004 0.980 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 33 N 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 34 Y 0.038 0.909 0.004 0.001 0.001 0.009 0.011 0.028 35 L 0.091 0.867 0.005 0.001 0.001 0.003 0.011 0.019 36 M 0.127 0.757 0.019 0.002 0.002 0.011 0.027 0.054 37 S 0.190 0.440 0.028 0.004 0.005 0.041 0.094 0.199 38 H 0.237 0.244 0.058 0.004 0.009 0.026 0.050 0.372 39 D 0.007 0.039 0.010 0.002 0.001 0.064 0.005 0.871 40 Q 0.032 0.044 0.027 0.005 0.004 0.599 0.008 0.282 41 L 0.154 0.478 0.011 0.008 0.009 0.111 0.008 0.223 42 M 0.067 0.755 0.013 0.009 0.019 0.022 0.003 0.112 43 H 0.068 0.630 0.032 0.032 0.039 0.020 0.017 0.162 44 K 0.270 0.298 0.031 0.024 0.026 0.026 0.070 0.255 45 V 0.146 0.268 0.090 0.079 0.079 0.017 0.033 0.288 46 H 0.018 0.031 0.527 0.175 0.121 0.038 0.008 0.083 47 F 0.011 0.028 0.312 0.100 0.096 0.060 0.005 0.388 48 V 0.005 0.009 0.428 0.143 0.296 0.018 0.002 0.098 49 E 0.007 0.030 0.098 0.080 0.113 0.079 0.004 0.588 50 H 0.018 0.036 0.127 0.052 0.118 0.120 0.010 0.518 51 A 0.113 0.081 0.072 0.071 0.151 0.117 0.020 0.376 52 K 0.133 0.098 0.034 0.060 0.067 0.113 0.029 0.467 53 Y 0.241 0.062 0.020 0.028 0.056 0.074 0.050 0.470 54 C 0.300 0.030 0.025 0.037 0.040 0.081 0.010 0.477 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 R 0.024 0.004 0.047 0.126 0.178 0.169 0.004 0.448 57 G 0.264 0.014 0.104 0.056 0.111 0.050 0.008 0.393 58 L 0.035 0.018 0.321 0.310 0.198 0.029 0.003 0.087 59 V 0.008 0.013 0.433 0.154 0.285 0.025 0.002 0.079 60 M 0.009 0.014 0.357 0.235 0.295 0.011 0.002 0.077 61 S 0.004 0.016 0.226 0.209 0.441 0.025 0.003 0.076 62 A 0.017 0.039 0.097 0.193 0.297 0.064 0.009 0.283 63 N 0.029 0.032 0.058 0.105 0.173 0.261 0.024 0.319 64 C 0.237 0.024 0.043 0.049 0.087 0.136 0.055 0.370 65 V 0.145 0.090 0.049 0.056 0.094 0.186 0.016 0.363 66 K 0.028 0.024 0.026 0.030 0.051 0.141 0.008 0.692 67 D 0.092 0.022 0.022 0.018 0.050 0.096 0.023 0.677 68 T 0.205 0.018 0.030 0.051 0.058 0.104 0.009 0.525 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 70 F 0.025 0.007 0.047 0.139 0.261 0.108 0.004 0.409 71 H 0.102 0.029 0.082 0.158 0.255 0.043 0.005 0.325 72 F 0.046 0.068 0.060 0.222 0.242 0.033 0.004 0.325 73 F 0.037 0.057 0.097 0.161 0.348 0.034 0.005 0.261 74 K 0.035 0.069 0.057 0.221 0.312 0.040 0.007 0.259 75 Q 0.019 0.042 0.025 0.072 0.120 0.077 0.015 0.630 76 N 0.157 0.052 0.042 0.052 0.100 0.118 0.038 0.442 77 V 0.290 0.082 0.064 0.049 0.065 0.099 0.026 0.325 78 M 0.069 0.033 0.124 0.091 0.111 0.163 0.014 0.396 79 T 0.042 0.018 0.127 0.093 0.191 0.070 0.011 0.448 80 T 0.034 0.017 0.113 0.058 0.112 0.133 0.008 0.526 81 D 0.013 0.015 0.032 0.020 0.042 0.295 0.005 0.578 82 A 0.014 0.017 0.031 0.006 0.025 0.089 0.004 0.815 83 E 0.006 0.013 0.004 0.003 0.004 0.763 0.003 0.205 84 K 0.194 0.067 0.007 0.005 0.006 0.520 0.019 0.183 85 S 0.042 0.882 0.002 0.001 0.003 0.009 0.002 0.059 86 F 0.026 0.890 0.006 0.005 0.018 0.008 0.003 0.045 87 H 0.028 0.816 0.010 0.014 0.021 0.021 0.012 0.078 88 D 0.064 0.743 0.010 0.016 0.021 0.019 0.024 0.103 89 I 0.081 0.747 0.022 0.023 0.029 0.013 0.012 0.073 90 R 0.069 0.527 0.138 0.039 0.047 0.029 0.023 0.128 91 L 0.105 0.251 0.200 0.079 0.081 0.030 0.032 0.221 92 N 0.103 0.150 0.062 0.083 0.080 0.111 0.038 0.372 93 R 0.051 0.038 0.044 0.033 0.057 0.044 0.018 0.713 94 D 0.014 0.011 0.033 0.017 0.017 0.386 0.013 0.509 95 E 0.377 0.006 0.028 0.037 0.032 0.140 0.055 0.326 96 D 0.163 0.044 0.049 0.068 0.084 0.146 0.013 0.435 97 I 0.022 0.011 0.116 0.329 0.281 0.082 0.003 0.156 98 Y 0.004 0.004 0.159 0.273 0.479 0.021 0.001 0.059 99 I 0.002 0.003 0.118 0.416 0.420 0.005 0.001 0.035 100 Q 0.001 0.002 0.185 0.246 0.526 0.005 0.001 0.035 101 L 0.003 0.004 0.177 0.364 0.378 0.011 0.002 0.062 102 N 0.003 0.004 0.153 0.247 0.459 0.025 0.003 0.108 103 F 0.013 0.006 0.089 0.170 0.416 0.047 0.005 0.252 104 K 0.018 0.012 0.061 0.081 0.234 0.171 0.007 0.416 105 S 0.035 0.010 0.019 0.021 0.060 0.159 0.009 0.687 106 S 0.094 0.032 0.017 0.013 0.031 0.167 0.011 0.637 107 F 0.187 0.056 0.023 0.016 0.041 0.140 0.015 0.522 108 Q 0.161 0.076 0.029 0.016 0.023 0.204 0.016 0.475 109 N 0.137 0.088 0.017 0.013 0.028 0.147 0.016 0.555 110 A 0.078 0.132 0.023 0.008 0.025 0.057 0.008 0.669 111 N 0.033 0.095 0.015 0.008 0.011 0.366 0.009 0.463 112 Y 0.132 0.147 0.023 0.009 0.016 0.376 0.021 0.276 113 V 0.068 0.686 0.018 0.011 0.024 0.031 0.005 0.157 114 A 0.032 0.750 0.007 0.007 0.013 0.042 0.005 0.144 115 V 0.051 0.758 0.009 0.008 0.015 0.024 0.011 0.123 116 L 0.055 0.860 0.008 0.010 0.017 0.005 0.007 0.038 117 E 0.086 0.708 0.016 0.025 0.023 0.020 0.021 0.102 118 E 0.148 0.480 0.042 0.017 0.026 0.029 0.080 0.178 119 N 0.362 0.289 0.046 0.027 0.029 0.023 0.031 0.192 120 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 121 Y 0.030 0.011 0.055 0.020 0.029 0.158 0.015 0.681 122 L 0.519 0.013 0.057 0.021 0.026 0.052 0.010 0.302 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 124 K 0.023 0.006 0.053 0.027 0.072 0.128 0.003 0.688 125 H 0.136 0.013 0.022 0.018 0.023 0.068 0.007 0.713 126 I 0.096 0.043 0.049 0.054 0.085 0.083 0.007 0.583 127 E 0.044 0.052 0.028 0.028 0.046 0.150 0.005 0.647 128 V 0.069 0.093 0.027 0.023 0.054 0.122 0.008 0.604 129 N 0.043 0.160 0.018 0.015 0.033 0.179 0.007 0.544 130 E 0.059 0.228 0.014 0.007 0.015 0.131 0.009 0.537 131 K 0.046 0.470 0.011 0.004 0.010 0.133 0.008 0.318 132 D 0.037 0.722 0.007 0.002 0.010 0.065 0.006 0.151 133 R 0.010 0.847 0.003 0.001 0.002 0.012 0.002 0.123 134 L 0.007 0.900 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.060 135 L 0.015 0.926 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.029 136 A 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 137 E 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 138 R 0.016 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 139 F 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 140 L 0.014 0.951 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.019 141 E 0.010 0.943 0.004 0.001 0.001 0.006 0.004 0.032 142 E 0.019 0.932 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.035 143 S 0.020 0.941 0.002 0.001 0.001 0.007 0.005 0.025 144 V 0.019 0.926 0.011 0.001 0.001 0.008 0.004 0.030 145 F 0.014 0.905 0.006 0.001 0.001 0.014 0.005 0.052 146 S 0.025 0.872 0.004 0.001 0.001 0.016 0.008 0.072 147 F 0.016 0.925 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.045 148 R 0.011 0.925 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.042 149 R 0.010 0.915 0.004 0.001 0.001 0.012 0.003 0.054 150 E 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 151 R 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.027 152 L 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 153 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 154 K 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 155 Q 0.017 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 156 I 0.007 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 157 D 0.002 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 158 E 0.004 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 159 A 0.072 0.762 0.010 0.001 0.001 0.063 0.049 0.044 160 L 0.366 0.471 0.020 0.001 0.001 0.057 0.047 0.037 161 D 0.208 0.655 0.012 0.001 0.001 0.010 0.027 0.086 162 K 0.156 0.488 0.028 0.001 0.003 0.006 0.038 0.280 163 Q 0.115 0.142 0.020 0.002 0.002 0.220 0.124 0.375 164 D 0.332 0.086 0.038 0.003 0.004 0.208 0.071 0.259 165 K 0.051 0.297 0.027 0.001 0.002 0.069 0.004 0.549 166 E 0.009 0.113 0.003 0.001 0.001 0.516 0.003 0.354 167 A 0.072 0.342 0.005 0.001 0.001 0.329 0.008 0.242 168 F 0.032 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 169 H 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 170 R 0.022 0.926 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.041 171 L 0.021 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 172 T 0.007 0.966 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 173 A 0.003 0.913 0.010 0.001 0.001 0.005 0.002 0.066 174 E 0.005 0.904 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.069 175 L 0.027 0.903 0.002 0.001 0.001 0.044 0.005 0.019 176 K 0.032 0.941 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 177 M 0.084 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.031 178 L 0.177 0.729 0.003 0.001 0.001 0.002 0.050 0.038