# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.231 0.209 0.135 0.091 0.038 0.133 0.017 0.025 0.015 0.001 2 N 0.087 0.259 0.259 0.189 0.058 0.052 0.062 0.006 0.019 0.003 0.005 3 T 0.028 0.467 0.281 0.010 0.043 0.010 0.005 0.001 0.153 0.002 0.001 4 P 0.042 0.017 0.827 0.008 0.004 0.062 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 5 V 0.055 0.645 0.205 0.027 0.026 0.022 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 6 S 0.045 0.232 0.506 0.013 0.074 0.084 0.007 0.001 0.036 0.002 0.001 7 V 0.767 0.058 0.093 0.038 0.022 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 8 N 0.721 0.044 0.059 0.088 0.047 0.017 0.011 0.002 0.008 0.002 0.001 9 E 0.469 0.092 0.143 0.203 0.033 0.030 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 10 K 0.820 0.031 0.095 0.022 0.006 0.012 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 11 K 0.975 0.002 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.981 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.990 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.991 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.991 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 W 0.956 0.014 0.002 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 17 F 0.917 0.034 0.012 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 L 0.883 0.016 0.034 0.048 0.003 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 N 0.619 0.012 0.027 0.271 0.006 0.010 0.046 0.003 0.004 0.001 0.001 20 N 0.298 0.030 0.049 0.381 0.018 0.022 0.177 0.014 0.010 0.002 0.001 21 Y 0.329 0.131 0.185 0.188 0.027 0.024 0.089 0.007 0.016 0.003 0.001 22 Q 0.311 0.182 0.283 0.083 0.034 0.051 0.030 0.002 0.020 0.002 0.001 23 L 0.309 0.202 0.324 0.074 0.020 0.048 0.005 0.001 0.014 0.001 0.002 24 K 0.285 0.251 0.296 0.067 0.031 0.032 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 25 Q 0.334 0.108 0.345 0.064 0.038 0.059 0.020 0.001 0.027 0.003 0.002 26 R 0.662 0.059 0.157 0.054 0.020 0.020 0.011 0.002 0.011 0.002 0.001 27 E 0.723 0.053 0.092 0.080 0.018 0.016 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 28 C 0.759 0.103 0.045 0.042 0.025 0.011 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 29 V 0.825 0.111 0.041 0.008 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 W 0.881 0.074 0.014 0.008 0.014 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 I 0.964 0.022 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 L 0.974 0.011 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.960 0.004 0.004 0.015 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 34 Y 0.903 0.028 0.010 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 35 L 0.927 0.015 0.017 0.029 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 36 M 0.848 0.019 0.015 0.092 0.011 0.006 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 37 S 0.436 0.019 0.052 0.417 0.016 0.026 0.021 0.002 0.009 0.002 0.001 38 H 0.332 0.083 0.206 0.140 0.023 0.071 0.040 0.004 0.093 0.007 0.001 39 D 0.967 0.001 0.014 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.937 0.001 0.004 0.047 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.901 0.011 0.009 0.071 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 42 M 0.918 0.011 0.012 0.043 0.002 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 43 H 0.736 0.013 0.010 0.173 0.005 0.003 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 44 K 0.456 0.086 0.059 0.252 0.024 0.012 0.088 0.003 0.020 0.001 0.001 45 V 0.126 0.391 0.351 0.050 0.016 0.033 0.015 0.001 0.017 0.001 0.001 46 H 0.108 0.576 0.191 0.020 0.041 0.041 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 47 F 0.106 0.477 0.260 0.024 0.031 0.090 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 48 V 0.378 0.391 0.124 0.024 0.033 0.022 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 49 E 0.709 0.066 0.087 0.049 0.046 0.018 0.012 0.001 0.010 0.002 0.001 50 H 0.471 0.076 0.078 0.197 0.062 0.026 0.056 0.009 0.020 0.005 0.001 51 A 0.610 0.111 0.133 0.081 0.021 0.012 0.017 0.002 0.011 0.002 0.001 52 K 0.577 0.137 0.095 0.124 0.020 0.016 0.016 0.001 0.012 0.001 0.001 53 Y 0.217 0.112 0.172 0.352 0.043 0.030 0.040 0.006 0.022 0.004 0.001 54 C 0.024 0.162 0.356 0.009 0.049 0.013 0.014 0.002 0.349 0.023 0.001 55 P 0.320 0.003 0.555 0.020 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.082 56 R 0.225 0.107 0.150 0.383 0.047 0.017 0.040 0.021 0.007 0.002 0.001 57 G 0.068 0.276 0.138 0.055 0.344 0.016 0.032 0.042 0.017 0.013 0.001 58 L 0.022 0.631 0.272 0.008 0.027 0.030 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 59 V 0.015 0.736 0.171 0.003 0.013 0.051 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 M 0.025 0.687 0.157 0.007 0.061 0.033 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 61 S 0.046 0.494 0.245 0.018 0.090 0.053 0.005 0.001 0.047 0.001 0.001 62 A 0.374 0.201 0.204 0.064 0.080 0.030 0.013 0.002 0.027 0.003 0.002 63 N 0.262 0.129 0.127 0.288 0.085 0.024 0.049 0.009 0.018 0.009 0.001 64 C 0.145 0.112 0.185 0.160 0.114 0.044 0.134 0.036 0.035 0.033 0.001 65 V 0.403 0.192 0.192 0.139 0.020 0.020 0.012 0.002 0.014 0.003 0.003 66 K 0.391 0.090 0.198 0.205 0.027 0.028 0.040 0.004 0.011 0.005 0.001 67 D 0.192 0.068 0.145 0.321 0.062 0.050 0.093 0.036 0.018 0.013 0.002 68 T 0.065 0.308 0.439 0.010 0.029 0.009 0.007 0.001 0.129 0.002 0.001 69 P 0.285 0.012 0.628 0.013 0.003 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 70 F 0.235 0.417 0.185 0.066 0.049 0.023 0.006 0.003 0.015 0.001 0.001 71 H 0.240 0.428 0.169 0.032 0.093 0.016 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 72 F 0.207 0.410 0.141 0.066 0.109 0.028 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 73 F 0.184 0.384 0.244 0.051 0.058 0.033 0.005 0.001 0.037 0.001 0.001 74 K 0.345 0.191 0.267 0.085 0.032 0.037 0.016 0.001 0.020 0.002 0.003 75 Q 0.274 0.090 0.174 0.254 0.042 0.028 0.109 0.010 0.012 0.006 0.001 76 N 0.122 0.115 0.166 0.218 0.091 0.047 0.145 0.050 0.030 0.015 0.001 77 V 0.122 0.371 0.352 0.051 0.043 0.022 0.012 0.002 0.021 0.001 0.002 78 M 0.154 0.478 0.234 0.038 0.024 0.048 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 79 T 0.142 0.414 0.224 0.081 0.054 0.053 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 80 T 0.174 0.313 0.202 0.116 0.090 0.054 0.012 0.004 0.030 0.005 0.001 81 D 0.077 0.085 0.347 0.036 0.081 0.158 0.061 0.002 0.133 0.020 0.001 82 A 0.964 0.001 0.017 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.963 0.002 0.004 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.882 0.014 0.013 0.073 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 85 S 0.879 0.037 0.018 0.048 0.004 0.004 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 86 F 0.868 0.026 0.028 0.053 0.009 0.004 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 87 H 0.806 0.022 0.022 0.114 0.012 0.004 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 88 D 0.627 0.076 0.084 0.135 0.033 0.011 0.014 0.001 0.018 0.001 0.001 89 I 0.403 0.317 0.140 0.081 0.019 0.020 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 90 R 0.182 0.457 0.173 0.054 0.041 0.061 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 91 L 0.157 0.428 0.211 0.088 0.026 0.064 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 92 N 0.059 0.185 0.257 0.084 0.098 0.109 0.067 0.005 0.119 0.018 0.001 93 R 0.497 0.058 0.186 0.163 0.026 0.024 0.017 0.002 0.014 0.007 0.006 94 D 0.166 0.088 0.134 0.381 0.044 0.046 0.099 0.015 0.017 0.008 0.001 95 E 0.143 0.241 0.287 0.086 0.074 0.024 0.040 0.015 0.075 0.011 0.004 96 D 0.072 0.211 0.567 0.053 0.029 0.039 0.009 0.001 0.011 0.001 0.008 97 I 0.014 0.701 0.185 0.024 0.040 0.020 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 98 Y 0.006 0.770 0.120 0.005 0.071 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 99 I 0.001 0.907 0.039 0.001 0.037 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 100 Q 0.002 0.715 0.169 0.001 0.011 0.096 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 101 L 0.003 0.754 0.143 0.003 0.025 0.055 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 102 N 0.010 0.715 0.124 0.010 0.059 0.053 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 103 F 0.020 0.310 0.316 0.016 0.122 0.094 0.023 0.001 0.090 0.006 0.001 104 K 0.616 0.059 0.169 0.078 0.030 0.013 0.007 0.001 0.012 0.007 0.008 105 S 0.310 0.064 0.132 0.212 0.111 0.044 0.066 0.020 0.020 0.019 0.001 106 S 0.450 0.102 0.160 0.189 0.029 0.026 0.020 0.005 0.016 0.003 0.002 107 F 0.423 0.119 0.200 0.139 0.023 0.040 0.029 0.005 0.016 0.004 0.001 108 Q 0.381 0.110 0.209 0.197 0.029 0.039 0.015 0.002 0.013 0.002 0.001 109 N 0.305 0.099 0.224 0.105 0.053 0.100 0.036 0.005 0.058 0.013 0.001 110 A 0.942 0.004 0.029 0.015 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 N 0.925 0.003 0.006 0.055 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 112 Y 0.886 0.025 0.010 0.065 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 113 V 0.973 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.980 0.007 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 V 0.948 0.011 0.006 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 116 L 0.899 0.016 0.024 0.051 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 117 E 0.868 0.019 0.023 0.058 0.006 0.007 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 118 E 0.324 0.036 0.069 0.527 0.006 0.013 0.018 0.002 0.005 0.001 0.001 119 N 0.039 0.120 0.296 0.024 0.039 0.019 0.063 0.004 0.379 0.019 0.001 120 P 0.702 0.002 0.227 0.018 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 121 Y 0.294 0.041 0.089 0.492 0.013 0.039 0.016 0.010 0.005 0.001 0.001 122 L 0.044 0.222 0.512 0.012 0.020 0.012 0.005 0.001 0.171 0.002 0.001 123 P 0.160 0.005 0.748 0.014 0.002 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 124 K 0.313 0.205 0.287 0.104 0.027 0.033 0.008 0.003 0.018 0.001 0.002 125 H 0.194 0.182 0.385 0.083 0.062 0.050 0.010 0.002 0.027 0.003 0.002 126 I 0.339 0.262 0.239 0.059 0.046 0.023 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 127 E 0.339 0.198 0.278 0.059 0.036 0.062 0.008 0.001 0.016 0.001 0.002 128 V 0.363 0.227 0.192 0.121 0.037 0.032 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 129 N 0.348 0.139 0.185 0.109 0.090 0.054 0.033 0.007 0.027 0.008 0.001 130 E 0.666 0.064 0.124 0.071 0.022 0.028 0.012 0.002 0.009 0.002 0.001 131 K 0.806 0.029 0.058 0.071 0.009 0.016 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 132 D 0.870 0.019 0.030 0.052 0.006 0.014 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 133 R 0.983 0.002 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.970 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.983 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.980 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 E 0.968 0.002 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.961 0.006 0.007 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.982 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 F 0.987 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 S 0.981 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 F 0.961 0.003 0.003 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 R 0.974 0.003 0.005 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 R 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 K 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.849 0.002 0.002 0.143 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 156 I 0.844 0.024 0.023 0.078 0.002 0.008 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 157 D 0.917 0.008 0.031 0.026 0.002 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 158 E 0.977 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.915 0.001 0.004 0.073 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.625 0.009 0.018 0.318 0.002 0.004 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 161 D 0.501 0.018 0.046 0.122 0.006 0.026 0.266 0.004 0.007 0.003 0.001 162 K 0.398 0.049 0.058 0.384 0.005 0.025 0.072 0.003 0.005 0.001 0.001 163 Q 0.333 0.047 0.138 0.277 0.017 0.048 0.112 0.009 0.013 0.005 0.001 164 D 0.183 0.087 0.258 0.184 0.026 0.149 0.027 0.002 0.077 0.005 0.001 165 K 0.976 0.001 0.015 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 R 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.966 0.003 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 172 T 0.993 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 E 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 L 0.945 0.002 0.002 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 176 K 0.958 0.003 0.003 0.021 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 177 M 0.852 0.023 0.013 0.089 0.008 0.003 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 178 L 0.764 0.036 0.094 0.077 0.006 0.010 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001