# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.187 0.100 0.048 0.195 0.034 0.037 0.070 0.055 0.122 0.062 2 N 0.148 0.116 0.061 0.044 0.187 0.037 0.045 0.047 0.050 0.178 0.085 3 T 0.038 0.421 0.252 0.028 0.153 0.016 0.016 0.021 0.017 0.024 0.014 4 P 0.227 0.123 0.038 0.006 0.455 0.007 0.017 0.032 0.025 0.036 0.034 5 V 0.064 0.500 0.128 0.007 0.226 0.007 0.008 0.013 0.010 0.019 0.017 6 S 0.041 0.568 0.164 0.006 0.153 0.004 0.006 0.023 0.014 0.006 0.016 7 V 0.021 0.026 0.006 0.002 0.024 0.004 0.015 0.501 0.355 0.030 0.017 8 N 0.009 0.023 0.009 0.008 0.017 0.015 0.038 0.655 0.143 0.073 0.008 9 E 0.034 0.121 0.022 0.002 0.071 0.003 0.008 0.580 0.056 0.091 0.012 10 K 0.007 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.807 0.138 0.027 0.005 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.889 0.096 0.003 0.001 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.047 0.006 0.001 13 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.018 0.011 0.001 14 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.034 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 16 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.010 0.003 0.001 17 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.017 0.013 0.001 18 L 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.865 0.091 0.009 0.002 19 N 0.004 0.020 0.013 0.015 0.007 0.020 0.114 0.626 0.152 0.025 0.004 20 N 0.030 0.030 0.035 0.015 0.034 0.009 0.036 0.271 0.130 0.354 0.056 21 Y 0.056 0.262 0.064 0.005 0.136 0.009 0.031 0.195 0.132 0.082 0.029 22 Q 0.121 0.164 0.031 0.008 0.201 0.011 0.044 0.188 0.100 0.070 0.060 23 L 0.202 0.080 0.019 0.006 0.218 0.013 0.051 0.228 0.081 0.059 0.044 24 K 0.064 0.170 0.091 0.041 0.136 0.067 0.099 0.154 0.059 0.081 0.039 25 Q 0.158 0.102 0.056 0.021 0.168 0.012 0.016 0.229 0.086 0.095 0.056 26 R 0.009 0.030 0.021 0.014 0.022 0.019 0.038 0.622 0.186 0.029 0.009 27 E 0.040 0.037 0.017 0.005 0.046 0.007 0.022 0.558 0.113 0.122 0.032 28 C 0.060 0.057 0.004 0.001 0.062 0.002 0.008 0.648 0.104 0.033 0.023 29 V 0.043 0.019 0.002 0.003 0.065 0.009 0.016 0.795 0.037 0.005 0.007 30 W 0.047 0.029 0.002 0.001 0.078 0.002 0.003 0.811 0.019 0.007 0.003 31 I 0.022 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.900 0.018 0.016 0.007 32 L 0.018 0.008 0.001 0.001 0.015 0.002 0.007 0.883 0.054 0.005 0.007 33 N 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.004 0.013 0.863 0.094 0.008 0.002 34 Y 0.006 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.007 0.841 0.093 0.025 0.002 35 L 0.011 0.014 0.003 0.001 0.014 0.002 0.042 0.747 0.105 0.054 0.006 36 M 0.016 0.052 0.030 0.015 0.027 0.017 0.080 0.602 0.105 0.042 0.013 37 S 0.029 0.076 0.050 0.032 0.044 0.034 0.085 0.347 0.078 0.191 0.033 38 H 0.042 0.195 0.167 0.016 0.100 0.007 0.012 0.255 0.103 0.084 0.019 39 D 0.003 0.008 0.004 0.003 0.005 0.004 0.014 0.513 0.421 0.021 0.005 40 Q 0.006 0.021 0.007 0.001 0.010 0.003 0.027 0.688 0.184 0.049 0.004 41 L 0.011 0.012 0.003 0.001 0.011 0.002 0.035 0.623 0.195 0.095 0.012 42 M 0.041 0.017 0.005 0.003 0.037 0.007 0.042 0.540 0.247 0.039 0.023 43 H 0.014 0.023 0.012 0.006 0.024 0.026 0.062 0.659 0.134 0.033 0.008 44 K 0.083 0.054 0.013 0.002 0.098 0.004 0.041 0.495 0.054 0.125 0.031 45 V 0.246 0.104 0.012 0.001 0.408 0.004 0.016 0.124 0.042 0.011 0.031 46 H 0.117 0.142 0.016 0.005 0.283 0.019 0.026 0.309 0.029 0.019 0.035 47 F 0.212 0.057 0.004 0.001 0.185 0.003 0.014 0.383 0.030 0.066 0.045 48 V 0.065 0.066 0.019 0.016 0.121 0.026 0.053 0.490 0.079 0.033 0.031 49 E 0.027 0.036 0.014 0.014 0.046 0.024 0.049 0.644 0.110 0.026 0.011 50 H 0.029 0.023 0.011 0.004 0.036 0.006 0.032 0.533 0.198 0.112 0.017 51 A 0.021 0.035 0.013 0.004 0.037 0.010 0.043 0.428 0.310 0.086 0.014 52 K 0.040 0.070 0.025 0.010 0.060 0.017 0.125 0.386 0.171 0.070 0.026 53 Y 0.060 0.063 0.054 0.024 0.056 0.031 0.114 0.134 0.084 0.328 0.053 54 C 0.069 0.350 0.216 0.017 0.187 0.007 0.010 0.037 0.022 0.054 0.029 55 P 0.087 0.079 0.037 0.013 0.112 0.016 0.048 0.323 0.217 0.034 0.035 56 R 0.029 0.046 0.035 0.027 0.043 0.061 0.108 0.323 0.173 0.125 0.031 57 G 0.216 0.180 0.019 0.003 0.323 0.005 0.019 0.096 0.043 0.055 0.041 58 L 0.203 0.088 0.006 0.001 0.632 0.005 0.008 0.036 0.007 0.006 0.009 59 V 0.223 0.080 0.007 0.001 0.629 0.003 0.004 0.020 0.003 0.006 0.023 60 M 0.361 0.091 0.011 0.003 0.394 0.006 0.011 0.023 0.009 0.017 0.074 61 S 0.122 0.255 0.130 0.036 0.265 0.028 0.026 0.050 0.016 0.018 0.053 62 A 0.095 0.090 0.033 0.026 0.107 0.034 0.066 0.261 0.149 0.083 0.058 63 N 0.037 0.133 0.074 0.073 0.083 0.059 0.101 0.127 0.103 0.167 0.041 64 C 0.129 0.140 0.091 0.028 0.174 0.016 0.026 0.074 0.063 0.182 0.076 65 V 0.083 0.171 0.080 0.028 0.136 0.030 0.048 0.165 0.132 0.082 0.046 66 K 0.059 0.105 0.075 0.074 0.094 0.066 0.136 0.145 0.100 0.110 0.036 67 D 0.138 0.090 0.072 0.042 0.160 0.024 0.030 0.060 0.051 0.249 0.083 68 T 0.042 0.362 0.229 0.030 0.142 0.020 0.025 0.063 0.038 0.029 0.020 69 P 0.193 0.137 0.037 0.011 0.279 0.015 0.041 0.110 0.063 0.063 0.051 70 F 0.195 0.185 0.029 0.004 0.435 0.006 0.011 0.049 0.033 0.024 0.029 71 H 0.179 0.128 0.018 0.004 0.489 0.012 0.018 0.076 0.025 0.019 0.033 72 F 0.231 0.131 0.030 0.004 0.387 0.007 0.020 0.081 0.022 0.036 0.050 73 F 0.217 0.109 0.055 0.017 0.250 0.023 0.038 0.105 0.032 0.074 0.081 74 K 0.053 0.269 0.135 0.126 0.103 0.084 0.054 0.099 0.031 0.024 0.024 75 Q 0.032 0.088 0.063 0.181 0.038 0.102 0.089 0.139 0.083 0.136 0.047 76 N 0.069 0.081 0.068 0.043 0.087 0.020 0.022 0.067 0.094 0.325 0.123 77 V 0.125 0.246 0.040 0.007 0.283 0.008 0.020 0.113 0.066 0.054 0.040 78 M 0.170 0.140 0.027 0.013 0.298 0.021 0.047 0.094 0.049 0.068 0.074 79 T 0.256 0.080 0.035 0.016 0.273 0.017 0.024 0.087 0.030 0.092 0.092 80 T 0.033 0.235 0.133 0.098 0.093 0.099 0.073 0.110 0.026 0.075 0.026 81 D 0.123 0.299 0.166 0.008 0.338 0.002 0.003 0.026 0.008 0.014 0.014 82 A 0.007 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.350 0.607 0.007 0.005 83 E 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.006 0.047 0.749 0.154 0.021 0.004 84 K 0.017 0.023 0.007 0.001 0.020 0.003 0.024 0.712 0.133 0.053 0.007 85 S 0.011 0.053 0.005 0.001 0.024 0.002 0.012 0.754 0.063 0.068 0.007 86 F 0.056 0.014 0.005 0.005 0.043 0.007 0.023 0.620 0.150 0.056 0.022 87 H 0.014 0.024 0.007 0.002 0.022 0.007 0.033 0.653 0.214 0.017 0.007 88 D 0.040 0.024 0.006 0.002 0.040 0.004 0.075 0.579 0.125 0.094 0.012 89 I 0.090 0.196 0.021 0.002 0.218 0.005 0.024 0.267 0.098 0.055 0.024 90 R 0.172 0.041 0.011 0.007 0.178 0.016 0.079 0.239 0.087 0.097 0.072 91 L 0.079 0.114 0.054 0.060 0.142 0.069 0.103 0.122 0.059 0.161 0.036 92 N 0.210 0.110 0.088 0.012 0.491 0.005 0.008 0.022 0.011 0.028 0.017 93 R 0.051 0.046 0.024 0.007 0.084 0.016 0.038 0.248 0.406 0.058 0.020 94 D 0.115 0.074 0.043 0.021 0.144 0.027 0.075 0.136 0.110 0.185 0.070 95 E 0.095 0.222 0.101 0.012 0.216 0.020 0.031 0.100 0.082 0.074 0.048 96 D 0.207 0.124 0.033 0.013 0.298 0.019 0.036 0.075 0.032 0.080 0.083 97 I 0.214 0.171 0.015 0.002 0.548 0.003 0.010 0.009 0.007 0.004 0.016 98 Y 0.269 0.050 0.002 0.001 0.652 0.004 0.005 0.005 0.001 0.002 0.009 99 I 0.242 0.066 0.003 0.001 0.675 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 100 Q 0.346 0.024 0.001 0.001 0.595 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.024 101 L 0.238 0.137 0.015 0.004 0.525 0.006 0.006 0.007 0.003 0.006 0.052 102 N 0.235 0.115 0.033 0.015 0.338 0.019 0.024 0.015 0.008 0.045 0.153 103 F 0.144 0.231 0.126 0.040 0.217 0.024 0.016 0.051 0.031 0.064 0.058 104 K 0.031 0.143 0.082 0.089 0.068 0.083 0.140 0.174 0.112 0.053 0.025 105 S 0.041 0.102 0.088 0.065 0.062 0.033 0.044 0.189 0.172 0.171 0.033 106 S 0.038 0.103 0.040 0.010 0.079 0.013 0.043 0.275 0.234 0.130 0.035 107 F 0.077 0.073 0.031 0.010 0.099 0.014 0.058 0.349 0.134 0.111 0.046 108 Q 0.044 0.166 0.082 0.036 0.080 0.053 0.072 0.228 0.073 0.133 0.034 109 N 0.089 0.196 0.125 0.021 0.150 0.009 0.011 0.220 0.067 0.074 0.039 110 A 0.007 0.015 0.005 0.002 0.011 0.004 0.015 0.681 0.246 0.011 0.005 111 N 0.007 0.017 0.006 0.002 0.011 0.006 0.030 0.743 0.110 0.058 0.009 112 Y 0.021 0.018 0.002 0.001 0.017 0.001 0.008 0.768 0.103 0.047 0.015 113 V 0.008 0.009 0.002 0.001 0.013 0.005 0.017 0.844 0.086 0.012 0.004 114 A 0.008 0.009 0.002 0.001 0.011 0.003 0.016 0.838 0.097 0.015 0.002 115 V 0.005 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.769 0.147 0.041 0.003 116 L 0.013 0.015 0.004 0.001 0.020 0.002 0.025 0.619 0.266 0.029 0.007 117 E 0.016 0.011 0.004 0.001 0.017 0.004 0.120 0.620 0.147 0.053 0.007 118 E 0.036 0.173 0.061 0.010 0.080 0.018 0.104 0.193 0.072 0.232 0.020 119 N 0.122 0.234 0.105 0.007 0.353 0.006 0.008 0.053 0.045 0.047 0.022 120 P 0.020 0.027 0.010 0.002 0.039 0.006 0.030 0.327 0.500 0.027 0.012 121 Y 0.058 0.052 0.027 0.006 0.080 0.011 0.199 0.156 0.109 0.269 0.034 122 L 0.039 0.496 0.218 0.007 0.138 0.005 0.007 0.021 0.013 0.036 0.020 123 P 0.079 0.235 0.129 0.025 0.158 0.020 0.027 0.147 0.089 0.048 0.042 124 K 0.039 0.181 0.071 0.016 0.096 0.017 0.035 0.304 0.160 0.066 0.014 125 H 0.050 0.094 0.035 0.012 0.103 0.012 0.031 0.302 0.156 0.167 0.040 126 I 0.085 0.127 0.033 0.005 0.172 0.008 0.019 0.334 0.118 0.067 0.032 127 E 0.083 0.080 0.023 0.007 0.134 0.013 0.034 0.413 0.102 0.076 0.034 128 V 0.060 0.141 0.031 0.010 0.108 0.016 0.031 0.416 0.080 0.082 0.025 129 N 0.037 0.081 0.044 0.020 0.062 0.017 0.023 0.477 0.107 0.095 0.037 130 E 0.024 0.036 0.011 0.002 0.037 0.003 0.010 0.705 0.121 0.040 0.012 131 K 0.007 0.016 0.003 0.001 0.012 0.002 0.011 0.845 0.076 0.022 0.005 132 D 0.009 0.014 0.004 0.002 0.010 0.003 0.007 0.841 0.083 0.022 0.005 133 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.928 0.045 0.010 0.001 134 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.957 0.028 0.007 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.062 0.010 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.901 0.089 0.004 0.001 137 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.922 0.065 0.004 0.001 138 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.943 0.039 0.008 0.001 139 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.902 0.066 0.018 0.002 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.896 0.087 0.008 0.001 141 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.925 0.062 0.004 0.001 142 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.921 0.058 0.009 0.001 143 S 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.929 0.044 0.011 0.001 144 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.943 0.040 0.009 0.001 145 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.034 0.004 0.001 146 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.036 0.005 0.001 147 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.026 0.004 0.001 148 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.022 0.005 0.001 149 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.031 0.003 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.001 0.001 151 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.003 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.054 0.007 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.073 0.004 0.001 154 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.046 0.001 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.930 0.027 0.020 0.001 156 I 0.006 0.027 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 0.813 0.106 0.028 0.006 157 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.875 0.109 0.004 0.001 158 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.881 0.111 0.002 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.673 0.211 0.035 0.001 160 L 0.005 0.015 0.004 0.001 0.007 0.001 0.009 0.663 0.248 0.044 0.003 161 D 0.006 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.069 0.602 0.241 0.058 0.006 162 K 0.017 0.047 0.019 0.002 0.028 0.004 0.067 0.611 0.114 0.083 0.008 163 Q 0.017 0.105 0.046 0.013 0.039 0.022 0.044 0.393 0.061 0.231 0.030 164 D 0.112 0.142 0.060 0.004 0.196 0.003 0.005 0.289 0.063 0.092 0.032 165 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.729 0.250 0.007 0.002 166 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.895 0.087 0.003 0.001 167 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.847 0.108 0.023 0.001 168 F 0.005 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.896 0.042 0.031 0.002 169 H 0.005 0.006 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.910 0.053 0.008 0.002 170 R 0.006 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.013 0.888 0.047 0.018 0.003 171 L 0.017 0.043 0.004 0.001 0.020 0.002 0.012 0.731 0.073 0.086 0.012 172 T 0.009 0.031 0.013 0.005 0.015 0.003 0.006 0.795 0.102 0.013 0.008 173 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.887 0.105 0.001 0.001 174 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.867 0.060 0.054 0.001 175 L 0.007 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.654 0.300 0.015 0.004 176 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.769 0.183 0.004 0.001 177 M 0.009 0.007 0.003 0.001 0.009 0.001 0.064 0.728 0.110 0.067 0.002 178 L 0.039 0.183 0.039 0.002 0.097 0.005 0.060 0.349 0.108 0.097 0.021