# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.6098 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.747 0.173 0.046 0.024 0.009 0.002 0.001 2 N 0.795 0.162 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 3 T 0.654 0.231 0.079 0.029 0.005 0.001 0.001 4 P 0.568 0.307 0.096 0.024 0.005 0.001 0.001 5 V 0.167 0.137 0.228 0.300 0.138 0.029 0.001 6 S 0.334 0.300 0.188 0.099 0.061 0.017 0.001 7 V 0.207 0.264 0.267 0.178 0.068 0.015 0.001 8 N 0.507 0.383 0.077 0.023 0.008 0.001 0.001 9 E 0.109 0.227 0.246 0.247 0.140 0.029 0.002 10 K 0.041 0.067 0.160 0.266 0.307 0.146 0.012 11 K 0.218 0.381 0.240 0.113 0.039 0.009 0.001 12 D 0.248 0.387 0.214 0.117 0.028 0.005 0.001 13 F 0.009 0.025 0.071 0.175 0.317 0.351 0.052 14 V 0.009 0.020 0.042 0.123 0.312 0.415 0.081 15 K 0.041 0.199 0.346 0.268 0.107 0.037 0.003 16 W 0.023 0.089 0.195 0.283 0.271 0.125 0.014 17 F 0.005 0.014 0.035 0.087 0.230 0.532 0.097 18 L 0.020 0.047 0.135 0.332 0.296 0.150 0.020 19 N 0.316 0.452 0.142 0.057 0.025 0.008 0.001 20 N 0.218 0.319 0.220 0.163 0.060 0.018 0.001 21 Y 0.090 0.112 0.179 0.267 0.256 0.092 0.005 22 Q 0.235 0.400 0.207 0.102 0.044 0.012 0.001 23 L 0.109 0.107 0.189 0.268 0.231 0.086 0.009 24 K 0.194 0.253 0.230 0.176 0.106 0.037 0.003 25 Q 0.309 0.277 0.184 0.128 0.071 0.028 0.003 26 R 0.224 0.252 0.222 0.174 0.094 0.030 0.004 27 E 0.090 0.165 0.190 0.225 0.194 0.112 0.024 28 C 0.025 0.039 0.069 0.148 0.291 0.327 0.101 29 V 0.044 0.101 0.183 0.257 0.235 0.152 0.028 30 W 0.033 0.067 0.145 0.207 0.263 0.205 0.081 31 I 0.004 0.006 0.010 0.026 0.075 0.368 0.511 32 L 0.006 0.013 0.029 0.077 0.207 0.407 0.261 33 N 0.032 0.133 0.252 0.272 0.173 0.108 0.030 34 Y 0.015 0.038 0.087 0.228 0.327 0.261 0.043 35 L 0.012 0.022 0.044 0.113 0.249 0.478 0.083 36 M 0.058 0.151 0.282 0.312 0.155 0.039 0.003 37 S 0.304 0.404 0.173 0.076 0.033 0.010 0.001 38 H 0.159 0.187 0.212 0.268 0.129 0.041 0.003 39 D 0.505 0.291 0.116 0.056 0.025 0.006 0.001 40 Q 0.334 0.379 0.175 0.088 0.019 0.004 0.001 41 L 0.066 0.117 0.219 0.259 0.234 0.095 0.009 42 M 0.063 0.083 0.147 0.264 0.276 0.149 0.018 43 H 0.175 0.341 0.207 0.135 0.098 0.039 0.004 44 K 0.040 0.118 0.196 0.292 0.213 0.118 0.024 45 V 0.009 0.016 0.028 0.061 0.214 0.507 0.165 46 H 0.035 0.114 0.177 0.260 0.231 0.145 0.038 47 F 0.014 0.029 0.062 0.141 0.259 0.354 0.141 48 V 0.018 0.043 0.087 0.168 0.299 0.314 0.071 49 E 0.098 0.194 0.228 0.215 0.174 0.081 0.011 50 H 0.116 0.258 0.254 0.210 0.107 0.048 0.006 51 A 0.095 0.134 0.221 0.269 0.202 0.072 0.006 52 K 0.294 0.292 0.199 0.138 0.057 0.019 0.001 53 Y 0.153 0.223 0.235 0.191 0.141 0.052 0.005 54 C 0.103 0.128 0.157 0.246 0.226 0.121 0.018 55 P 0.159 0.241 0.242 0.182 0.117 0.053 0.007 56 R 0.064 0.144 0.253 0.279 0.148 0.092 0.020 57 G 0.025 0.032 0.054 0.112 0.245 0.379 0.153 58 L 0.008 0.010 0.016 0.039 0.117 0.416 0.396 59 V 0.012 0.029 0.064 0.122 0.184 0.312 0.277 60 M 0.007 0.014 0.026 0.054 0.167 0.370 0.363 61 S 0.013 0.039 0.059 0.104 0.216 0.392 0.177 62 A 0.050 0.141 0.224 0.247 0.206 0.112 0.019 63 N 0.075 0.211 0.279 0.252 0.125 0.054 0.004 64 C 0.056 0.132 0.234 0.279 0.206 0.087 0.005 65 V 0.067 0.072 0.163 0.289 0.292 0.110 0.007 66 K 0.507 0.372 0.082 0.027 0.010 0.002 0.001 67 D 0.496 0.353 0.098 0.039 0.011 0.003 0.001 68 T 0.164 0.261 0.249 0.224 0.080 0.020 0.002 69 P 0.064 0.166 0.227 0.274 0.182 0.080 0.007 70 F 0.030 0.042 0.075 0.160 0.329 0.314 0.050 71 H 0.044 0.157 0.256 0.272 0.172 0.088 0.010 72 F 0.020 0.040 0.070 0.146 0.287 0.354 0.085 73 F 0.028 0.076 0.149 0.223 0.270 0.214 0.040 74 K 0.078 0.144 0.227 0.271 0.190 0.079 0.011 75 Q 0.270 0.317 0.195 0.122 0.064 0.027 0.004 76 N 0.238 0.242 0.188 0.175 0.106 0.045 0.005 77 V 0.193 0.174 0.202 0.204 0.145 0.073 0.010 78 M 0.236 0.254 0.198 0.156 0.096 0.053 0.007 79 T 0.202 0.172 0.179 0.191 0.155 0.087 0.015 80 T 0.268 0.227 0.180 0.163 0.108 0.048 0.007 81 D 0.227 0.266 0.211 0.143 0.096 0.046 0.010 82 A 0.117 0.109 0.121 0.207 0.225 0.169 0.053 83 E 0.179 0.233 0.206 0.174 0.131 0.066 0.011 84 K 0.134 0.220 0.258 0.222 0.097 0.055 0.014 85 S 0.033 0.039 0.064 0.133 0.250 0.346 0.136 86 F 0.032 0.045 0.074 0.150 0.226 0.330 0.142 87 H 0.062 0.115 0.158 0.196 0.206 0.198 0.065 88 D 0.082 0.153 0.192 0.222 0.195 0.122 0.034 89 I 0.036 0.040 0.053 0.119 0.254 0.400 0.098 90 R 0.103 0.215 0.256 0.198 0.148 0.072 0.008 91 L 0.084 0.166 0.251 0.290 0.145 0.060 0.004 92 N 0.181 0.204 0.255 0.207 0.121 0.031 0.001 93 R 0.477 0.268 0.131 0.084 0.032 0.008 0.001 94 D 0.715 0.232 0.036 0.011 0.005 0.001 0.001 95 E 0.434 0.304 0.141 0.090 0.024 0.006 0.001 96 D 0.247 0.372 0.212 0.106 0.047 0.014 0.001 97 I 0.020 0.041 0.092 0.212 0.351 0.249 0.036 98 Y 0.022 0.052 0.127 0.220 0.289 0.235 0.055 99 I 0.005 0.011 0.019 0.041 0.142 0.521 0.261 100 Q 0.018 0.055 0.142 0.238 0.256 0.207 0.084 101 L 0.007 0.025 0.054 0.093 0.254 0.448 0.119 102 N 0.029 0.115 0.234 0.293 0.205 0.105 0.019 103 F 0.018 0.036 0.085 0.224 0.361 0.254 0.023 104 K 0.251 0.351 0.208 0.122 0.054 0.012 0.001 105 S 0.527 0.330 0.092 0.037 0.012 0.003 0.001 106 S 0.335 0.350 0.195 0.093 0.022 0.005 0.001 107 F 0.147 0.129 0.250 0.285 0.155 0.032 0.001 108 Q 0.432 0.324 0.151 0.063 0.024 0.006 0.001 109 N 0.341 0.303 0.180 0.111 0.049 0.015 0.001 110 A 0.259 0.273 0.210 0.160 0.076 0.021 0.001 111 N 0.190 0.318 0.235 0.155 0.078 0.022 0.002 112 Y 0.031 0.072 0.124 0.210 0.291 0.231 0.042 113 V 0.023 0.062 0.125 0.243 0.319 0.207 0.021 114 A 0.067 0.242 0.276 0.226 0.132 0.053 0.004 115 V 0.018 0.057 0.140 0.285 0.316 0.168 0.017 116 L 0.021 0.037 0.080 0.168 0.317 0.335 0.041 117 E 0.135 0.256 0.263 0.217 0.098 0.028 0.002 118 E 0.390 0.361 0.143 0.073 0.025 0.008 0.001 119 N 0.233 0.247 0.234 0.193 0.074 0.019 0.001 120 P 0.364 0.319 0.158 0.096 0.048 0.014 0.001 121 Y 0.164 0.175 0.226 0.234 0.151 0.047 0.003 122 L 0.244 0.222 0.223 0.177 0.102 0.031 0.002 123 P 0.403 0.287 0.171 0.094 0.035 0.009 0.001 124 K 0.532 0.273 0.109 0.057 0.023 0.006 0.001 125 H 0.382 0.283 0.162 0.106 0.051 0.015 0.001 126 I 0.232 0.199 0.209 0.199 0.118 0.040 0.003 127 E 0.304 0.265 0.204 0.137 0.065 0.023 0.002 128 V 0.295 0.240 0.198 0.150 0.083 0.030 0.002 129 N 0.349 0.245 0.179 0.132 0.070 0.024 0.002 130 E 0.364 0.253 0.178 0.123 0.061 0.020 0.002 131 K 0.340 0.260 0.201 0.125 0.052 0.020 0.002 132 D 0.252 0.189 0.197 0.191 0.121 0.046 0.004 133 R 0.438 0.327 0.139 0.061 0.025 0.008 0.001 134 L 0.204 0.230 0.231 0.207 0.094 0.031 0.003 135 L 0.100 0.155 0.208 0.233 0.195 0.099 0.011 136 A 0.077 0.119 0.174 0.267 0.232 0.120 0.011 137 E 0.259 0.355 0.195 0.108 0.061 0.020 0.001 138 R 0.108 0.241 0.262 0.242 0.110 0.034 0.003 139 F 0.038 0.064 0.120 0.227 0.323 0.207 0.020 140 L 0.047 0.104 0.217 0.324 0.225 0.077 0.005 141 E 0.354 0.376 0.156 0.072 0.033 0.008 0.001 142 E 0.322 0.343 0.189 0.104 0.034 0.007 0.001 143 S 0.147 0.196 0.207 0.249 0.154 0.045 0.002 144 V 0.144 0.195 0.294 0.228 0.110 0.028 0.001 145 F 0.247 0.267 0.249 0.161 0.063 0.013 0.001 146 S 0.467 0.371 0.113 0.034 0.012 0.002 0.001 147 F 0.131 0.155 0.242 0.319 0.130 0.022 0.001 148 R 0.387 0.312 0.185 0.077 0.032 0.007 0.001 149 R 0.285 0.281 0.228 0.152 0.044 0.010 0.001 150 E 0.611 0.311 0.059 0.015 0.004 0.001 0.001 151 R 0.110 0.330 0.307 0.206 0.041 0.006 0.001 152 L 0.023 0.043 0.081 0.167 0.410 0.259 0.017 153 L 0.011 0.074 0.230 0.424 0.201 0.059 0.001 154 K 0.273 0.481 0.154 0.061 0.025 0.005 0.001 155 Q 0.041 0.150 0.297 0.339 0.150 0.022 0.001 156 I 0.008 0.017 0.025 0.066 0.312 0.513 0.058 157 D 0.034 0.145 0.340 0.309 0.140 0.031 0.001 158 E 0.200 0.437 0.258 0.091 0.012 0.003 0.001 159 A 0.063 0.107 0.235 0.306 0.225 0.063 0.002 160 L 0.051 0.064 0.146 0.298 0.325 0.112 0.003 161 D 0.374 0.419 0.148 0.041 0.017 0.002 0.001 162 K 0.646 0.311 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 163 Q 0.549 0.317 0.090 0.036 0.007 0.001 0.001 164 D 0.320 0.220 0.257 0.152 0.046 0.005 0.001 165 K 0.597 0.293 0.081 0.023 0.005 0.001 0.001 166 E 0.750 0.236 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 167 A 0.083 0.242 0.313 0.282 0.070 0.011 0.001 168 F 0.055 0.076 0.164 0.233 0.348 0.120 0.003 169 H 0.129 0.329 0.336 0.157 0.043 0.005 0.001 170 R 0.306 0.428 0.186 0.063 0.014 0.002 0.001 171 L 0.027 0.057 0.152 0.327 0.303 0.130 0.003 172 T 0.095 0.157 0.285 0.306 0.136 0.019 0.001 173 A 0.671 0.293 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 174 E 0.532 0.351 0.083 0.028 0.005 0.001 0.001 175 L 0.184 0.128 0.249 0.287 0.132 0.020 0.001 176 K 0.720 0.226 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 177 M 0.804 0.169 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 178 L 0.524 0.184 0.137 0.106 0.041 0.008 0.001