# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.5976 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.003 0.001 0.015 0.015 0.036 0.128 0.001 0.001 0.019 0.772 2 N 0.021 0.007 0.001 0.009 0.033 0.053 0.115 0.003 0.001 0.036 0.722 3 T 0.018 0.005 0.001 0.029 0.161 0.155 0.100 0.001 0.001 0.036 0.495 4 P 0.005 0.006 0.001 0.021 0.042 0.119 0.105 0.001 0.001 0.025 0.675 5 V 0.003 0.025 0.001 0.046 0.150 0.085 0.108 0.001 0.001 0.015 0.567 6 S 0.127 0.734 0.001 0.004 0.012 0.011 0.009 0.010 0.001 0.037 0.055 7 V 0.026 0.882 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.003 0.001 0.018 0.052 8 N 0.007 0.729 0.002 0.003 0.009 0.009 0.016 0.001 0.001 0.119 0.106 9 E 0.003 0.949 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.021 0.015 10 K 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 11 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 12 D 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 13 F 0.003 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.028 0.007 14 V 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.004 15 K 0.006 0.336 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.615 0.026 16 W 0.007 0.263 0.016 0.004 0.002 0.002 0.027 0.002 0.003 0.619 0.054 17 F 0.148 0.526 0.023 0.005 0.005 0.004 0.037 0.050 0.004 0.074 0.125 18 L 0.140 0.188 0.036 0.010 0.004 0.007 0.077 0.011 0.012 0.087 0.428 19 N 0.059 0.158 0.004 0.010 0.004 0.010 0.094 0.004 0.001 0.025 0.630 20 N 0.058 0.173 0.003 0.011 0.004 0.014 0.100 0.006 0.001 0.027 0.603 21 Y 0.063 0.120 0.010 0.027 0.040 0.042 0.116 0.006 0.001 0.062 0.514 22 Q 0.040 0.137 0.004 0.039 0.019 0.046 0.108 0.003 0.001 0.063 0.540 23 L 0.039 0.226 0.004 0.027 0.029 0.028 0.079 0.004 0.001 0.037 0.525 24 K 0.044 0.649 0.002 0.016 0.012 0.011 0.025 0.005 0.001 0.036 0.199 25 Q 0.030 0.860 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.024 0.068 26 R 0.008 0.880 0.001 0.005 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.031 0.053 27 E 0.002 0.948 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 0.020 28 C 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 29 V 0.002 0.747 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.235 0.006 30 W 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.005 31 I 0.010 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.014 0.010 32 L 0.007 0.935 0.003 0.005 0.001 0.004 0.006 0.003 0.001 0.017 0.018 33 N 0.013 0.382 0.003 0.006 0.002 0.005 0.024 0.001 0.001 0.497 0.066 34 Y 0.027 0.289 0.013 0.009 0.003 0.005 0.051 0.004 0.002 0.498 0.100 35 L 0.109 0.372 0.017 0.016 0.006 0.008 0.085 0.022 0.002 0.120 0.243 36 M 0.028 0.250 0.013 0.020 0.007 0.013 0.106 0.004 0.002 0.024 0.532 37 S 0.026 0.599 0.004 0.002 0.003 0.002 0.027 0.006 0.001 0.014 0.316 38 H 0.097 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.008 0.033 39 D 0.103 0.674 0.007 0.002 0.002 0.002 0.023 0.011 0.002 0.081 0.094 40 Q 0.083 0.315 0.117 0.006 0.006 0.008 0.043 0.006 0.020 0.131 0.263 41 L 0.454 0.072 0.011 0.010 0.006 0.010 0.072 0.023 0.004 0.065 0.271 42 M 0.119 0.032 0.009 0.027 0.011 0.023 0.094 0.007 0.003 0.090 0.585 43 H 0.014 0.016 0.002 0.042 0.012 0.025 0.097 0.001 0.001 0.028 0.765 44 K 0.011 0.022 0.002 0.084 0.019 0.062 0.124 0.002 0.001 0.069 0.607 45 V 0.013 0.024 0.002 0.120 0.130 0.130 0.110 0.004 0.001 0.067 0.401 46 H 0.007 0.040 0.001 0.369 0.096 0.126 0.051 0.001 0.001 0.062 0.245 47 F 0.029 0.102 0.003 0.287 0.073 0.095 0.050 0.005 0.001 0.072 0.283 48 V 0.092 0.101 0.005 0.301 0.050 0.057 0.061 0.013 0.003 0.050 0.267 49 E 0.130 0.069 0.022 0.122 0.032 0.062 0.069 0.013 0.015 0.049 0.416 50 H 0.288 0.035 0.004 0.034 0.019 0.046 0.077 0.015 0.003 0.048 0.432 51 A 0.311 0.006 0.002 0.014 0.018 0.022 0.069 0.004 0.001 0.045 0.508 52 K 0.020 0.006 0.002 0.033 0.024 0.049 0.115 0.001 0.001 0.032 0.719 53 Y 0.017 0.006 0.001 0.013 0.011 0.020 0.092 0.001 0.001 0.024 0.813 54 C 0.244 0.012 0.003 0.013 0.070 0.044 0.120 0.006 0.001 0.061 0.426 55 P 0.020 0.007 0.001 0.035 0.015 0.041 0.133 0.002 0.001 0.043 0.703 56 R 0.006 0.006 0.001 0.126 0.099 0.274 0.096 0.001 0.001 0.050 0.340 57 G 0.002 0.002 0.001 0.233 0.098 0.315 0.039 0.001 0.001 0.109 0.200 58 L 0.001 0.002 0.001 0.306 0.246 0.307 0.015 0.001 0.001 0.041 0.082 59 V 0.001 0.002 0.001 0.406 0.256 0.201 0.010 0.001 0.001 0.056 0.067 60 M 0.002 0.002 0.001 0.220 0.354 0.255 0.014 0.001 0.001 0.045 0.106 61 S 0.019 0.010 0.001 0.255 0.180 0.240 0.037 0.004 0.001 0.089 0.163 62 A 0.054 0.012 0.002 0.114 0.137 0.193 0.077 0.006 0.002 0.067 0.335 63 N 0.032 0.008 0.005 0.075 0.094 0.174 0.093 0.005 0.004 0.067 0.444 64 C 0.104 0.006 0.002 0.034 0.055 0.096 0.113 0.004 0.002 0.063 0.521 65 V 0.151 0.004 0.003 0.030 0.034 0.041 0.132 0.004 0.001 0.099 0.502 66 K 0.012 0.005 0.001 0.019 0.017 0.042 0.110 0.001 0.001 0.019 0.773 67 D 0.038 0.017 0.001 0.012 0.013 0.030 0.126 0.002 0.001 0.031 0.731 68 T 0.037 0.054 0.002 0.026 0.112 0.112 0.142 0.006 0.001 0.059 0.450 69 P 0.025 0.078 0.001 0.034 0.049 0.128 0.101 0.005 0.001 0.069 0.510 70 F 0.015 0.079 0.001 0.059 0.165 0.318 0.053 0.004 0.001 0.055 0.250 71 H 0.018 0.049 0.002 0.074 0.185 0.285 0.050 0.002 0.001 0.091 0.243 72 F 0.010 0.018 0.016 0.108 0.208 0.258 0.047 0.002 0.007 0.123 0.203 73 F 0.106 0.022 0.005 0.074 0.139 0.165 0.063 0.009 0.003 0.099 0.317 74 K 0.283 0.016 0.002 0.030 0.043 0.054 0.060 0.009 0.001 0.067 0.434 75 Q 0.020 0.006 0.001 0.041 0.029 0.060 0.110 0.002 0.001 0.066 0.666 76 N 0.009 0.007 0.001 0.038 0.028 0.092 0.112 0.001 0.001 0.083 0.627 77 V 0.015 0.011 0.002 0.029 0.166 0.091 0.097 0.003 0.001 0.062 0.523 78 M 0.037 0.019 0.002 0.092 0.080 0.072 0.084 0.003 0.001 0.052 0.559 79 T 0.038 0.033 0.002 0.038 0.035 0.057 0.099 0.004 0.001 0.064 0.630 80 T 0.017 0.086 0.002 0.058 0.031 0.041 0.121 0.003 0.001 0.025 0.614 81 D 0.078 0.460 0.003 0.009 0.011 0.012 0.043 0.010 0.001 0.180 0.193 82 A 0.050 0.715 0.002 0.003 0.006 0.005 0.035 0.013 0.001 0.084 0.087 83 E 0.035 0.549 0.004 0.004 0.010 0.011 0.028 0.004 0.001 0.227 0.127 84 K 0.029 0.529 0.010 0.009 0.016 0.021 0.035 0.004 0.002 0.200 0.145 85 S 0.073 0.726 0.006 0.006 0.009 0.012 0.027 0.022 0.001 0.032 0.088 86 F 0.087 0.471 0.012 0.017 0.016 0.036 0.048 0.017 0.004 0.054 0.238 87 H 0.068 0.279 0.008 0.032 0.028 0.065 0.077 0.005 0.002 0.051 0.384 88 D 0.076 0.108 0.009 0.055 0.027 0.120 0.115 0.013 0.002 0.123 0.352 89 I 0.087 0.021 0.008 0.049 0.083 0.088 0.127 0.006 0.002 0.121 0.406 90 R 0.020 0.011 0.005 0.046 0.058 0.123 0.119 0.003 0.002 0.066 0.548 91 L 0.015 0.007 0.001 0.030 0.028 0.044 0.092 0.002 0.001 0.029 0.751 92 N 0.449 0.013 0.004 0.015 0.020 0.023 0.068 0.007 0.002 0.119 0.280 93 R 0.046 0.007 0.001 0.007 0.011 0.017 0.102 0.003 0.001 0.027 0.777 94 D 0.064 0.008 0.001 0.009 0.007 0.021 0.120 0.002 0.001 0.026 0.741 95 E 0.009 0.006 0.001 0.031 0.229 0.250 0.095 0.001 0.001 0.028 0.348 96 D 0.003 0.003 0.001 0.045 0.066 0.248 0.094 0.001 0.001 0.050 0.490 97 I 0.001 0.001 0.001 0.057 0.267 0.609 0.008 0.001 0.001 0.015 0.041 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.120 0.289 0.363 0.015 0.001 0.001 0.076 0.133 99 I 0.001 0.001 0.001 0.085 0.520 0.340 0.004 0.001 0.001 0.020 0.031 100 Q 0.003 0.001 0.001 0.175 0.273 0.346 0.012 0.001 0.001 0.081 0.109 101 L 0.001 0.001 0.001 0.129 0.456 0.323 0.010 0.001 0.001 0.024 0.056 102 N 0.004 0.004 0.001 0.146 0.243 0.301 0.032 0.001 0.001 0.080 0.187 103 F 0.064 0.027 0.003 0.072 0.132 0.118 0.090 0.010 0.002 0.115 0.367 104 K 0.193 0.061 0.003 0.041 0.033 0.028 0.095 0.022 0.002 0.094 0.428 105 S 0.064 0.047 0.004 0.018 0.012 0.030 0.091 0.008 0.002 0.113 0.610 106 S 0.092 0.054 0.002 0.019 0.012 0.019 0.096 0.005 0.001 0.082 0.619 107 F 0.048 0.038 0.003 0.021 0.023 0.028 0.127 0.003 0.001 0.202 0.505 108 Q 0.012 0.193 0.003 0.015 0.012 0.012 0.100 0.003 0.001 0.066 0.584 109 N 0.052 0.870 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.001 0.014 0.043 110 A 0.024 0.865 0.001 0.002 0.004 0.003 0.017 0.002 0.001 0.026 0.055 111 N 0.006 0.886 0.002 0.003 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.027 0.052 112 Y 0.024 0.881 0.001 0.006 0.004 0.013 0.013 0.006 0.001 0.018 0.035 113 V 0.027 0.785 0.004 0.018 0.013 0.023 0.020 0.006 0.001 0.042 0.060 114 A 0.057 0.474 0.013 0.030 0.031 0.066 0.032 0.005 0.005 0.085 0.200 115 V 0.120 0.135 0.016 0.028 0.030 0.043 0.093 0.015 0.004 0.147 0.370 116 L 0.203 0.012 0.009 0.026 0.035 0.039 0.118 0.006 0.003 0.203 0.345 117 E 0.013 0.006 0.002 0.012 0.009 0.023 0.114 0.001 0.001 0.025 0.794 118 E 0.017 0.008 0.001 0.008 0.005 0.010 0.089 0.002 0.001 0.012 0.849 119 N 0.540 0.006 0.001 0.004 0.010 0.008 0.074 0.004 0.001 0.053 0.297 120 P 0.008 0.005 0.001 0.008 0.006 0.014 0.126 0.001 0.001 0.015 0.818 121 Y 0.010 0.015 0.001 0.011 0.006 0.012 0.082 0.001 0.001 0.012 0.851 122 L 0.203 0.107 0.003 0.023 0.053 0.026 0.113 0.016 0.001 0.059 0.395 123 P 0.094 0.140 0.002 0.014 0.009 0.013 0.091 0.008 0.001 0.037 0.592 124 K 0.056 0.231 0.003 0.027 0.029 0.048 0.076 0.004 0.001 0.037 0.489 125 H 0.069 0.176 0.002 0.027 0.028 0.064 0.095 0.006 0.001 0.098 0.434 126 I 0.038 0.244 0.007 0.040 0.058 0.059 0.100 0.006 0.002 0.066 0.380 127 E 0.066 0.371 0.003 0.019 0.033 0.035 0.050 0.006 0.001 0.026 0.390 128 V 0.065 0.508 0.006 0.011 0.015 0.016 0.040 0.007 0.001 0.029 0.303 129 N 0.056 0.776 0.002 0.005 0.004 0.005 0.018 0.007 0.001 0.014 0.113 130 E 0.031 0.856 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.005 0.086 131 K 0.012 0.899 0.002 0.002 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.008 0.063 132 D 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.013 0.019 133 R 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 134 L 0.005 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.031 135 L 0.004 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.012 136 A 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 137 E 0.008 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.020 0.018 138 R 0.005 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.023 139 F 0.013 0.259 0.012 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.668 0.026 140 L 0.008 0.641 0.021 0.001 0.001 0.001 0.019 0.016 0.003 0.263 0.026 141 E 0.016 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.011 0.044 142 E 0.014 0.478 0.012 0.002 0.001 0.002 0.021 0.002 0.001 0.374 0.093 143 S 0.004 0.644 0.006 0.003 0.001 0.002 0.035 0.005 0.001 0.251 0.048 144 V 0.009 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.017 0.020 145 F 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.026 146 S 0.006 0.880 0.001 0.003 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.031 0.061 147 F 0.005 0.911 0.004 0.004 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.013 0.047 148 R 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 149 R 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 150 E 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 151 R 0.019 0.839 0.031 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.043 0.048 152 L 0.076 0.829 0.012 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.002 0.022 0.030 153 L 0.081 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.008 0.043 154 K 0.015 0.701 0.002 0.003 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.014 0.245 155 Q 0.010 0.872 0.004 0.004 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.007 0.086 156 I 0.061 0.791 0.009 0.002 0.002 0.001 0.014 0.019 0.002 0.026 0.072 157 D 0.075 0.854 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.002 0.011 0.029 158 E 0.142 0.775 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.007 0.057 159 A 0.069 0.711 0.036 0.004 0.001 0.002 0.015 0.007 0.003 0.034 0.116 160 L 0.156 0.328 0.078 0.011 0.003 0.005 0.059 0.047 0.028 0.078 0.207 161 D 0.504 0.118 0.002 0.004 0.002 0.002 0.029 0.010 0.001 0.038 0.291 162 K 0.033 0.134 0.002 0.015 0.004 0.006 0.060 0.002 0.001 0.009 0.735 163 Q 0.004 0.191 0.001 0.011 0.002 0.002 0.051 0.001 0.001 0.017 0.721 164 D 0.029 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.009 0.011 165 K 0.037 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.035 0.015 166 E 0.004 0.938 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.026 167 A 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.012 168 F 0.003 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.891 0.008 169 H 0.002 0.528 0.002 0.002 0.002 0.002 0.020 0.001 0.001 0.393 0.047 170 R 0.009 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.012 0.057 171 L 0.010 0.941 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.009 0.017 172 T 0.025 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.035 0.034 173 A 0.067 0.750 0.025 0.002 0.002 0.002 0.014 0.006 0.004 0.030 0.097 174 E 0.229 0.523 0.021 0.004 0.002 0.003 0.027 0.025 0.004 0.025 0.137 175 L 0.252 0.081 0.078 0.012 0.005 0.009 0.091 0.011 0.019 0.111 0.331 176 K 0.104 0.029 0.004 0.015 0.006 0.012 0.112 0.003 0.001 0.035 0.678 177 M 0.023 0.013 0.001 0.011 0.003 0.007 0.071 0.002 0.001 0.015 0.853 178 L 0.070 0.015 0.006 0.020 0.021 0.015 0.154 0.003 0.001 0.031 0.664